有的书中说在这一年，珍妃就因为此事被慈禧囚禁，直到投井。但有一篇名为《为珍妃平反》的文章考诸档案后，发现具体的史实情况是这样的。
光绪二十年，即1894年，因慈禧六旬万寿的大庆典，珍妃姐妹由嫔晋升为妃。懿旨档案如下：正月初三日光绪皇帝奉慈禧懿旨：“本年六旬庆典，妃嫔平日侍奉谨慎允宜，特晋荣封，瑾嫔著封为瑾妃，珍嫔著封为珍妃。”但之后1894年的十月二十九日，姐妹二人又双双降为贵人，真正原因前面也说到了。懿旨说“朕钦奉慈禧皇太后懿旨，本朝家法严明，凡在宫闱……皇帝深虑渐不可长……，以示薄惩，而肃内政。”就是前面提到的，不再全文转述。圣旨是不会妄拟的，每句话每个词都是“微言大义”，从这道圣旨的语气看绝对不像要把珍妃打入冷宫的样子，因为一来表扬了珍妃以前的表现还是很不错的，“承侍掖廷，向称淑慎”——有淑慎的字样，评价算很可以的了，这是为她们日后复升为妃留的后话。她们只是近来出了点问题，所以要“薄惩”一下——如果说打入冷宫囚禁起来只是薄惩，那什么算是严惩呢？过了两三天下的另一道谕旨就证明了这一点：“光绪二十年十一月初一日，奉皇太后懿旨，瑾贵人、珍贵人着恩准其上殿当差随侍，谨言慎行，改过自新。平素妆饰衣服，俱按宫内规矩穿戴，并一切使用物件，不准违例。皇帝前，遇年节照例准其呈进食物，其余新巧稀奇物件及穿戴等项，不准私自呈进。如有不遵者，重责不贷。特谕。”这道圣旨里面，话说得非常清楚明白，“奉皇太后懿旨，瑾贵人、珍贵人着恩准其上殿当差随侍，谨言慎行，改过自新”。这就已经无可置疑了，虽然被降为贵人，还是可以照常侍奉皇上和太后，相当于是给了个戴罪立功的机会。还能够上殿当差随侍，这就直接证明了珍妃当时并未失去行动自由，囚禁到北三所的冷宫。
接下来约一年后，光绪二十一年（1895年）十月十五日，敬事房传下的慈禧太后的另一道懿旨也能证明：“著加恩瑾贵人，赏还瑾妃。珍贵人，赏还珍妃。”因为假如1894年珍妃即被囚禁入冷宫，那是不可能为囚禁在冷宫的戴罪嫔妃恢复名号的。
珍妃利用光绪卖官鬻爵是事实，但不能否认，光绪帝还是那个她最敬最爱的人。
在与光绪帝相处的日子里，珍妃发现光绪帝不是甘当傀儡的人，他也希望能够励精图治，治国安民，只是由于长期受慈禧的压制，手中无权，大志难伸。早在光绪二十年（1894年），中日甲午战争爆发，中国惨败，与日本签订了丧权辱国的《马关条件》，大小帝国主义国家乘虚而入时，光绪帝面对甲午战争后日益沉重的民族危机，祖宗江山日益沦落的形势，对慈禧的专权就极为不满。他曾愤愤地说：“如果太后不把大权交还给我，我宁愿退位，也不做这亡国之君。”光绪和慈禧中间便开始了争夺权力的斗争。那些愤恨太后干预朝政的朝廷中的正直之士，出于愤懑与不平，便把光绪帝作为自己的寄托，向光绪帝靠拢，希望能做出一番救国救民的大事业。他们在清廷统治集团里逐渐形成一股新的政治势力，即帝党。帝党支持资产阶级维新派，掀起了戊戌变法运动。
珍妃对慈禧揽权干政，使光绪不得一展抱负的不满，也是显然的。所以她坚决支持皇帝变法，是“帝党”的重要成员，为皇帝出谋献策，不仅在精神上给光绪帝以巨大的支持，而且在行动上为变法做了很多实事。据珍妃的侄女在回忆中说：“珍妃支持戊戌变法，她常通过我父亲（即志锐的幼弟）把宫中的一些秘事告知维新党人。”另据太监张兰德回忆说：“甲午年以后，光绪皇上要变法，每次召见完王公大臣，退朝后，总到珍主儿那里商量国事，珍主儿也总帮他拿主意。”
不愿做亡国之君的光绪，发动了戊戌维新运动，希望通过变法自强，从慈禧手中夺回政权。可惜的是变法的参与者只有官衔，没有实权，所以遭到了以慈禧为首的顽固势力的竭力反对。在变法后期最困难的时刻，身居九重宫禁的光绪帝，身边只有珍妃一个知己，珍妃成了他的精神支柱。由于袁世凯的告密，慈禧太后操纵朝政，变法很快失败了。同年九月，西太后发动政变，囚禁光绪帝于瀛台，也把珍妃打入了冷宫。
关于囚禁珍妃的冷宫在何处，历来众说纷纭，莫衷一是，至今仍是一大疑案。根据《清史研究》中的一篇文章《囚禁珍妃的冷宫在何处》介绍，《崇陵传信录》《清代轶闻》等书说：“囚景运门外之三所。”或说“在皇宫东南角的一个院子里”。也有人说囚于西三所。《清官述闻》等书根据刘姓老宫女所说，认为珍妃幽禁于建福宫。还有不少人说珍妃囚于北三所，如金水河在《旅游》杂志发表《冷宫在何处》的文章，说她关在“景棋阁北的北三所，在珍妃井旁西边的山门里。”但经过仔细推敲，以上说法都不成立，具体分析不一一列举。
现在有较多的人认为她囚于景祺阁后的西小院，位于后宫东路宁寿全宫的最北侧，现在珍宝馆的北面，它的西边就是珍妃井。分析者认为这个说法是正确的。第一，这个小院紧靠后宫东北侧宫墙，地方偏僻，人迹罕至，又是一个独立的小院，便于看管，适合作冷宫；第二，这个小院原是宫女住房，并无重要用场，便于改作冷宫；第三，珍妃投井不会舍近求远，其住所必定在被害地点附近。此小院即在珍妃井东邻，近在咫尺；第四，据说是亲身闻见珍妃被害的旧宫监唐冠卿等证实，珍妃是从景祺阁后被慈禧派人叫出，并命崔玉贵将她投入珍妃井的。可见冷宫极有可能就在景祺阁后的西小院。
据说珍妃被打入冷宫之后，不但失去了行动自由，还要经常遭受慈禧所派太监的虐待，生活很凄惨。她住的冷宫是紫禁城内最差的地方，连起码的生活条件都没有，据传当时的她头、脸都很脏，身上长满虱子，形如乞丐。珍妃之所以能在这样的环境中顽强地活下去，可能因为她还对光绪帝抱有希望，她期盼光绪帝有朝一日能重整朝纲，成为一代明主，到那时她就有了出头之日。有人说珍妃一直到死，也未能再见她心爱的夫君光绪帝一面。也有人说，后来在同情光绪皇帝的太监的帮助下，光绪帝曾不止一次地在月夜中偷偷地来到囚禁珍妃的地方，隔着被紧紧封锁的门窗，相对而泣。不过，珍妃再也没能和光绪帝一起生活，接下来等待她的，是死亡。