天性聪慧的乌拉那拉氏很快就得到努尔哈赤的爱怜，尤其是随着叶赫贝勒纳林布禄同努尔哈赤关系的日益紧张，杨吉砮之女——叶赫那拉氏也就不那么得宠了，夹在娘家与夫家矛盾中的叶赫那拉氏郁悒成疾，在1603年——也就是阿巴亥嫁过来两年后撒手人寰，时年29岁。
叶赫那拉氏的去世愈发使得努尔哈赤把全部情感倾注在乌拉那拉氏的身上，老夫少妻恩爱有加。得到宠爱的乌拉那拉氏，在1605年——17岁时生下阿济格（第十二子），1612年生下多尔衮（第十四子），1614年生下多铎（第十五子）。
乌拉那拉氏的婚姻也受到他叔叔布占泰同努尔哈赤交恶的影响，在她生下阿济格不久，乌拉同建州开战。
其实乌拉那拉氏同叔叔之间并无太多的亲情，她4岁时叔叔被俘，等3年后叔叔回来时，她已经成为没人疼的孤女，至于她的婚姻也完全是叔叔布占泰在同建州部的关系中所布下的一个棋子。尽管如此，由于彼此交恶，她在好几年的时间里受到丈夫的冷落。好在她在乌拉部已经是无父、无母、无兄、无弟，不像叶赫那拉氏还有母亲、兄长需要牵挂，以致叶赫那拉氏在去世前想见母亲一面，都因丈夫与兄长关系紧张未能如愿，堪称是死不瞑目。
实际上，当乌拉那拉氏一踏上建州的土地，就像一个过了河的小卒，有进无退了，她必须把自己的命运完全寄托在丈夫的身上。尽管这是个比她大31岁的男人，但平心而论她的丈夫努尔哈赤的谋略胆识、在战争中的运筹帷幄以及在战争结束后对敌人的分化瓦解等在女真人中都是出类拔萃的，叶赫贝勒纳林布禄、乌拉贝勒布占泰、辉发贝勒拜音达礼全都望尘莫及。
明万历三十五年（1607年）也就是阿济格出生后两年，努尔哈赤出兵吞并了辉发。辉发地处叶赫与建州部之间，也摇摆于两者之间。在受到叶赫威胁时向努尔哈赤求援，而当危机解除后又试图摆脱努尔哈赤的控制，企图凭借牢固的城防来自保。
努尔哈赤当然不会放过这个力量最弱而又摇摆不定的近邻，突然发动袭击杀死拜音达里及其子，辉发遂灭亡。辉发的灭亡对布占泰来说是个更严重的刺激，虽然他想摆脱努尔哈赤，又很怕成为下一个被吞并的目标。因而在军事较量失败后，就又回到联姻的轨道，一再向努尔哈赤表示：对方如果能把女儿嫁给自己，就再也不心存二意、滋衅闹事、燃起狼烟。在布占泰的一再请求下，努尔哈赤将第四女13岁的穆库什在明万历三十六年（1608年）嫁给布占泰。
随着乌拉同建州关系的缓和，被忽略了数年的乌拉那拉氏又重新引起丈夫的瞩目，于是她又生下第二个孩子多尔衮。政治结盟一向难以预料，既没有永恒的朋友，也没有永恒的敌人，翻手为云覆手为雨实在是司空见惯。
就在多尔衮出生的那一年，曾经信誓旦旦的布占泰，却在叶赫部的诱惑下背信弃义，要背叛努尔哈赤而同叶赫部联手。毕竟他们都是海西部的子孙，都姓那拉，都曾联合攻打过努尔哈赤，都面临被建州部吞并的威胁，都为了能迎娶刚刚继任叶赫部贝勒的布斋（纳林布禄的堂弟，纳林布禄死于1612年）之女，表明同叶赫结盟的诚意，布占泰竟然残忍地用鸣镝射向穆库什。不要说当父亲的震怒了，就连乌拉那拉氏——这个同穆库什并无血缘关系的母亲也怒不可遏了，她是看着穆库什长大的，当年她刚嫁过来时穆库什还是个一脸稚气的女孩，几年后出脱得楚楚动人。
难道是穆库什命中就注定该有此一劫？到了该出阁的时候，偏偏又碰上布占泰一再向努尔哈赤求婚，为了巩固建州部同乌拉部的联盟，这位建州部首领不可能有其他的安排，只能把穆库什嫁到乌拉。
乌拉那拉氏理所当然能体会到穆库什在乌拉部的孤苦无助，更能体会到被丈夫冷落的辛酸，但她实在想不出当带响的箭射过来时的情景……她仿佛看到穆库什满脸的惊恐与愤怒，看到潸然而落的泪水与涔涔渗出的血水……直至此时乌拉那拉氏才真正感到自己是个幸运的女人，她比青春早逝的叶赫那拉氏幸运，更比被当成箭靶子的穆库什幸运……尽管她的叔叔几次挑起争端，尽管乌拉同建州有时也兵戎相见，但努尔哈赤从来没有迁怒于她……努尔哈赤同布占泰之间的战争不可避免地发生了，颇通兵贵神速的努尔哈赤要乘乌拉部同叶赫部的联盟还未牢固，以迅雷不及掩耳之势攻入乌拉，讨伐背信弃义的、残忍地以鸣镝射向自己的女儿并以此来凌辱自己的布占泰。
面对建州势如破竹的进攻，所谓叶赫的救援实际是远水不解近渴，援军还未出发，乌拉已经溃不成军，成为孤家寡人的布占泰仓皇逃亡叶赫，乌拉部不复存在，努尔哈赤在统一女真各部的过程中更向前推进一步。
布占泰的出逃、乌拉的灭亡，令乌拉那拉氏如释重负，她终于从建州部同乌拉部时而交好时而冲突的尴尬境地中解脱了出来，影响丈夫对她情绪波动的因素永远地消除了。
此时，她在夫家的地位仅次于富察氏。