日本时刻警惕美国的粮食阴谋。
乌拉圭回合之后，迫于美国的压力，日本承诺每年进口77万吨大米，这对国内大米是一个冲击。为此，日本政府在1995年再次对粮食政策做出调整，制定了《关于主要粮食需求及价格稳定之法律》，这也被称为《新粮食法》。政府开始有计划地退出收购，同时增加自主流通米的数量，政府只设立专项储备，解除大米种植户与政府之间的收购合约。至1999年，日本的大米贸易实现完全自由化——这似乎又回到了20世纪20年代的自由化状态，但这只是表面，实质上日本仍以专项储备制度时刻保持着大米的高自给率，通过大米政府收购量来调节市场上的大米供应量。
日本对大米的市场始终保持宏观调控，其建立了完整有效的一系列调控手段，主要手段有：一，首先对大米的生产和流通都公布清晰的指导信息，每年都由农林水产省制定和公布粮食供需以及稳定计划，把粮食需求量、流通量、品质要求、价格等信息完整、明确地公布给种植户以及流通产业中的企业；二，提高市场的自由化程度，保证市场内粮食可以自由流通；三，对粮食价格进行干预，确保价格相对稳定。为了保证价格符合市场波动，日本建立了全国性的大米价格形成中心，由农林水产省与财团法人共同确定。这一价格就成为日本各地大米交易价格的基准价和调节杠杆。这三种调控手段再加上政府的专项储备制度，就能保证大米供应充足而又不会被投机性炒作。
控制大米价格是防止大米出现剧烈波动的最直接手段。在1972年以前，日本一直按照《物价统制令》对大米的收购价格和销售价格实行政府定价，此后日本按照现代粮食交易机制，废除了政府直接定价的方式，改用在交易中心招投标的方式形成价格。这显然是建立在60年代大米产量丰足的基础上的。每年7月，日本都举行一次大米交易，由此形成当年的大米价格。具体的交易方式有传真交易、网上交易、现场交易、邮递交易四种。日本政府对交易双方以及交易程度、方式等都有明确的设定，对卖方的规定有：一，规定卖方必须为县级以上农协或者粮食集团企业；二，必须拥有8000吨以上的大米收购量；三，收购量的1/3必须进入价格中心交易；四，每次交易量必须在200吨以上。对买方的规定是买方必须为政府特许的批发商。按照买卖双方的规定，卖方共有40家左右，买方共有300家左右。交易方式上，价格中心要对卖方提出最高价格限定，一般是以上年度最后三笔交易的平均数为最高限价；对买方没有限制。交易的结果还要由价格中心审查同意。
粮食补贴是任何国家对保护和支持本国农业最基本的手段之一。日本过去的粮食补贴多为补贴粮食的生产和流通环节，现在则转而倾向于提高农民收入和针对农业结构调整进行补贴。日本的补贴方式共有五类，一，直接对田间生产者进行补贴，以稳定其收入为主。为此，日本政府建立了稳定基金，由政府和种植户按照3：1的比例共同出资建立；当种植农户遭遇低价使得收入低于通常收入的80%的时候，其余部分由基金补贴；二，对粮农生产的各种基础设施进行补贴，如农户修建水渠、购买抽水机、购买农用机械、购买农用飞机等，可以获得一定补贴；三，对生产结构进行调整性补贴，如大米产量过剩，需要改种大豆时，就对种植大豆进行补贴；四，对一些农业环境较差的地方，比如土壤贫瘠地区、高寒地区、水源匮乏地区以及出现自然灾害时，都制定了相应的补贴政策；五，对进出口农产品贸易有针对性地补贴等；六，对粮食流通环节进行补贴。
在粮食储备的具体措施上，按照1995年制定的《新粮食法》，日本政府的粮储量要保证民众2-3个月的消费量，其规模以150万吨左右，实际上通常在60万吨至200万吨之间。粮食的存储通常是由政府和民间仓储公司共同承担，政府直接管理的仓库可以储备15万吨，共计10个仓库，分布在全国各地；其余部分由通过公开招标获得资格的私营仓储企业负责代储。粮食仓储的费用由政府补贴，私营仓促企业从政府那里得到保存费用。
日本粮食仓储技术相当先进，现在已经多采取低温仓储，这就最大程度地避免了虫害，另外也能够使得储存的大米良好保存2-3年，此后仍能食用，而以往仓储大米需要熏蒸，这不但需要不少资金，而且这样储存的大米往往不能食用，只能用作饲料或者工业用料。
即便如此，突然而至的粮食危机还是让日本大惊失色，日本农林水产省2011年8月11日公布了2010年度粮食自给率，以热量为准计算为39%，比上年度下降1个百分点。粮食自给率已连续2年下降，近4年来首次跌破40%。创下1960年有数据以来的历史第二低纪录。这让日本深感担忧，于是加快了在海外购置粮食种植地的计划。
早在19世纪末，日本就曾与墨西哥等中美国家签订协议，允许日本贫民移民墨西哥，主要从事农业生产，从1899年开始，日本又开始向秘鲁派出农场工人；1908年，日本还在巴西也建立了农场，日本东棉株式会社与巴西殖民合作组织合作，在亚马逊河谷和圣保罗建起了农业聚居区；另外，日本还与哥伦比亚、巴拉圭等都有类似的合作，这就是日本历史上的“农业殖民”，至今拉美还有不少日本移民的后裔。20世纪30年代，日本占领中国东北后进行了大量移民，其主要目的之一就是要在东北进行粮食生产，为日军和日本本土提供粮食。太平洋战争爆发后，日本又曾在东南亚建立农场。现在，日本再次开启“农业殖民”，先后与阿根廷、俄罗斯、乌克兰、中国、印尼、新西兰、美国、巴西等国的一些农场签订农业合作，种植玉米、甘蔗、小麦、棉花等。当然，新“农业殖民”只有农业合作，没有殖民。
为了防止粮食完全被美国垄断，日本一直在暗中支持三井物产（Mitsui＆Co）、伊藤忠（Itochu）和丸红（Marubeni）等拓展粮食贸易，三大商社因而多年来一直积极进军大豆、棕榈油、小麦和玉米等农产品领域。三菱（Mitsubish）和住友（Sumitomo）也正在研究向粮食进军。
细致入微的日本人甚至已经在注意“蜂群崩溃综合症”这样的问题，因为蜜蜂是植物授粉的主要媒介昆虫，它的衰竭将对农业生产产生影响。