不过，造成春运难的还有另一个关键因素——户籍制度。
既然回家这么困难，而且千里迢迢很耗时间，旅途也使人疲惫，那么在沿海城市工作的人们为何还要返乡呢？他们为何不把家人接到自己工作的城市，在这里安家立业？能够在工作的城市安家立业也是每个流民的愿望，只是现行的户籍制度使这一切实施起来困难重重。
香港自1997年回归中国以来，按道理讲应该开放自由行，从而证明它与中国的从属关系，但实际上内地人的赴港通行受到严格限制。这是因为，香港的经济已经高度发达，内地与它的差距十分明显，一旦开放自由行，那么贫困的内地人必定会大量涌入香港谋求工作机会，而香港只是一个面积狭小的城市，资源十分有限，能够养活的人口也十分有限。如果受到内地13亿人的冲击，香港的经济一定会发生严重衰退。中国的东部沿海城市与内陆城市的关系基本也是这个原理，一旦中国放开户籍管制，那么相对贫困的中西部人一定会纷纷要求加入东部城市的户籍，这是因为在东部地区可以享受更好的医疗服务、教育资源，以及各种生活配套设施。一旦一线城市的人口达到上限，如果政府不采取措施制止新加入人口，那么这些城市的发展就会陷入失控，城市管理将会陷入瘫痪状态，社会处于严重的动乱中。因为一个城市不可能无限制地提供医院和学校，当1个学生名额有20个人来竞争的时候，一定会导致社会治安问题。所以，为了保护一线城市的有限资源，政府不得不延续了户籍制度。
由于户籍制度造成的同一个城市中不同人的不同待遇，取消户籍制度的呼声也不断高涨，但只要这种区域发展差距不被缩减，户籍制度就不会被取消，因为大量人口的疯狂涌入一定会造成一个城市的瘫痪。
于是，在区域发展失衡的情况下，我们只能忍受户籍制度这一畸形产物，以及它所造成的种种不公，这种不公非但表现在社会保障体系上，还表现在其他的方方面面。生活在同一片蓝天下的人们却有着截然不同的待遇，这恐怕是世界上最为荒谬的事情。在城市中，户籍人口享有完善的医疗保障等社会福利体系，非户籍人口却不享有任何名额，这造成了社会主义制度下人人看得见感受得着的赤裸裸的不公。户籍人口的孩子可以自由选择自己喜欢的学校，享有优越的师资配置，而非户籍人口的孩子却要忍受各种“借读费”才能接受教育。在社保体系之外，非户籍人口还要忍受着莫名其妙的单单是针对他们的限购、限贷等对住房和汽车的合法消费权。这两种反差明显的待遇激化了两个阶层的矛盾，已经获得所在地户籍的幸运人口为了争夺有限的“福利”名额而有意地维护政府这一荒谬制度，而非户籍人口则因自己被反复排挤而憎恶能够轻松享有各种权利的户籍人口，甚至演变为一种不健康的“仇富”心理（富人比穷人更容易获得户籍）。他们总是认为，别人能够享有的优越生活是否是通过一些不干净的手段来获得。事实上，想要取得一个人口已经饱和的城市的户籍也的确需要通过额外的行贿等手段才能办到，所以即便你真是一个白手起家的传奇人物，也会因为这种不公平的制度而遭受怀疑，整个社会便形成一种不健康的价值观。当然，受伤的永远都是弱势群体，流动人口在城市里工作和生活，付出不比任何一个户籍人口少，但却从来没有是这个城市的主人公的感觉，在城市的反复排挤下，人们便逐渐失去奋斗的动力，并很容易变得消沉和不思进取，甚至使人们开始对自己产生怀疑。久而久之，一直受挫的自信心也会彻底消失。这种畸形制度不仅会使流动人口无法享受正常的物质生活，还严重伤害了他们的精神，甚至还会破坏他们的家庭幸福。就像异地恋往往以失败告终一样，分居的婚姻也很难维持，而中国的大量农民工，很多都是男方到城市中打工赚钱，女方留在家里耕田和持家，仅在春节期间才得以相见。由于分开的时间太长，很容易造成夫妻的感情生疏，甚至会面临一些不必要的考验。男方难免会因为寂寞而想要寻求刺激，女方亦会因为男方的疏忽和怠慢而产生怀疑，他们的婚姻平白无故地增添了诸多猜疑。
这种因为区域发展失衡采取的户籍制度更加深了区域经济的发展差异。与一线城市由于人口负担过重造成的种种乱象相比，三、四线城市却表现出了明显的空城化趋向。
由于三、四线城市的经济十分滞后且发展缓慢，当地政府的财政收入也十分有限，他们没有足够的财力进行基础建设，公路、学校、医院、绿化等生活配套设施很不健全，所以当地的富人情愿搬到生活配套设施良好的一线城市中，同时将资本带进一线城市。由于资本的流失，三、四线城市的发展更加缓慢。即便是对普通的打工族，这些城市也没有足够的吸引力将他们留住。首先这些小城市的工作机会十分有限，它们无法解决全市人口的就业问题，而在仅有的企业中，由于求职者的数量远远多于工作机会，这造成了企业在用工方面的腐败现象，公司的管理也十分官僚，使得效率低下，能够提供的员工待遇完全无法与一线城市的企业竞争。另一方面，由于近些年来资本大鳄不断对全国各地的固定资产进行投机炒作，使得房价被炒作到脱离当地的经济发展水平，三、四线城市在这股投机风的波及下，房价也紧跟着上涨，而它薄弱的经济基础根本无法支撑起资本大鳄的金融游戏，使得真正的实住型购买者无法负担正常的住房需求，造成了这些小城市居民的生活压力甚至高于一线城市居民，他们被迫向一线城市流动。由于上述种种原因造成的资本流失和人才流失，使得三、四线城市的经济发展进入了没有出路的恶性循环，并表现出空城化的倾向。
户籍制度造成的另一现象便是城市化的停滞。
2010年，中国城市化率达到50%，与1980年的20%相比，中国在30年间的城市化率增长了30%，即保持每年1%的稳定增长率。这怎么看都是一个非常乐观的数据，它说明我国城市化正在稳步进行，再过20年，我国的城市化率就能追上发达国家的水平。但如果我们仔细追究一下，就会发现其中的端倪。上文已经提到，中国存在着大量的流动人口，他们在户籍制度的作用下完全无法享受所在城市的户籍及福利。那么，这个城市化率在计算的时候是否将他们考虑在内？答案是肯定的。2010年，国家统计信息显示中国人口总数为13.7亿，城市常住人口为6.7亿，而户籍人口仅为3.5亿，如果以户籍人口计算城市化率，那么实际的数据应该是26%！也就是说，在改革开放30年的发展中，中国的城市化率仅上升6%，即平均每5年上升1个百分点。
有人可能会认为用户籍人口计算城市化率而不把流动人口包含在内有失真实性，因为流动人口也享有城市生活。我上文已经说到，这些流动人口只是在城市工作而已，他们并不能像户籍人口一样享受城市的福利，并在退休之后选择回老家养老。学校、医院甚至是公园均根据户籍人口的基数来建设，而占城市总人口48%的流动人口完全无法享有正常的医疗和教育资源。更加糟糕的是，流动人口占据城市常住人口的比例正在逐年增加：2010年，广州市流动人口占全市总人口的比例是36.5%，这比10年前的30%上升了6.5个百分点；上海2010年的数据是39%，与10年前相比上升19个百分点；北京的情况跟上海差不多，2010年流动人口的比例为36%，10年间上升了18个百分点。无论是流动人口的数量，还是城市总人口的数量，它们都在上涨是一个不争的事实，但与之对应地却是医疗教育等资源的不断缩水。2010年广州医院总数为216家，比10年前减少了36家；上海2010年的医院总数为306家，10年间减少了153家！而教育资源更加紧张。在城市总人口不断上涨的情况下，这些公共资源却在不断减少，解决户籍人口的需要已是十分勉强，流动人口的需要便被户籍制度狠狠地排挤在外，使得他们只能将子女留在老家，造成了严重的留守儿童现象，这些儿童长期得不到父母的关爱，更缺乏言行上的指导，有可能带来很多问题。
其实，当户籍制度把原本可以定居在城市的流动人口拒之门外之后，“城市化进程”就成了一句可笑的空话，而且，我国实现这一目标的唯一方式便是一线和二线城市的扩张，在扩张的过程中产生了大量的利益冲突，并造成了一个个社会悲剧。城市的扩张必然要涉及征地的问题，而政府在处理这一问题的过程中，表现出了对人民利益的极大不尊重，他们或者不予赔偿，或者只提供很少的赔偿，即便被拆迁户没有同意自己的土地被征用，政府依然采用粗暴的方式强行剥夺周遭农村居民的住房和耕地，强迫他们加入城镇户籍。而得到了光荣的城镇户籍后的农民，除了在反复的争取下能够获得一点少得可怜的赔偿金之外，却没有得到任何适应城市生活的技能培训，失去了土地，他们甚至不知道该怎样在城市里扎根。
世界许多国家的城市化进程都不是在这种粗暴的方式下进行的。为了避免日后的贫富差距日益扩大，在城市化进程之初，他们就比较注重城市的均衡发展，不同的城市开发各自的优势，发展出独立的支柱产业，带动整个城市及所辖的村镇的繁荣。随着农田的改良和生产力的提高，农民可以获得的土地剩余生产物越来越多，他们便可以购买更多的肉类和衣服。而且生产效率也大大提高，原本需要三个人完成的工作现在只需要两个人就可以完成。于是，剩下的一个人便到比较大的镇上去，在那里根据自己的技能可以从事木匠、铁匠、面包匠等单一的工作，并随着技能的熟练制造出更好的农具、更舒服的衣服和更可口的面包。而农民们购买到这些更好的农具之后，生产效率便会更加提高，于是又有多余的劳动力从农业生产中解放出来，他们来到镇上从事自己喜欢的工作，而农村由于人数的减少土地却保持不变使得每个人可以收获的土地产物更多，于是他们就可以在卖掉这些土地产物之后购买更多的生活用品，农民们有了更多的需求，就会滋生出更多的就业机会，镇上新增的人口便可以很快找到工作，他们便能生产出更多可供农民和其他从事单一工作的镇民消费的东西。小镇上的非农业人口越来越多，制造品也不断增加，他们不仅把这些制造品卖到农村，小镇本身就是一个极具活力的消费市场。而农村，随着镇上工业的发展，农业生产不断改进，每人可以耕作的土地不断增多，解放出来的农村劳动力便不断增多，由此形成了一个良性循环，大的镇便联合起来发展成为城市，城市又反哺农村。同时，城市由于工业的发展出现了环境恶化，富人为了改善自己的生活环境便搬回乡村，由此带动了乡村的发展，国家经济健康地向前发展。而我国城市的发展，除了珠三角个别城市（如东莞、中山）的城市建设是通过这种方式实现的，其余99%的城市都是建立在农村对城市的单项输出上，所以只能使两者的差距不断扩大。