对于司刑平恕公道的官员，武则天即使在非常时期也都是任用的。她对徐有功、杜景俭、李日知这些人还是很敬重的。为了奖励徐有功敢于依法审案，并敢于同皇上争论，武则天还把他提拔为秋官郎中。周兴在被杀之前，曾与徐有功共审一件案子。徐有功与周兴又争起来，周兴就诬告徐有功把反囚放出，应当斩首。太后知道徐有功虽然冒犯她，但他办案事事有据，实际上是很称职的，因此没有杀他，只是把他的官免了。不久，她又起用徐有功为侍御史。徐有功伏在地上哭泣着推辞说：“臣听说鹿跑到山林里，但他的命仍掌握在庖厨手里，这是大势所造成的。陛下让臣当法官，臣不敢枉陛下之法，那么我一定会死在这个官职上。”武则天仍坚持要授官给他，远近听说者都为此而高兴。
武则天虽然开始宽刑，但对有谋反嫌疑的人仍然宁杀勿纵、防患于未然；对来俊臣等其他酷吏也还未做处理。天授二年（691年）正月，侍御史来子珣诬告尚衣奉御刘行感兄弟谋反。武则天认为宫廷内的官员如果谋反，非同小可，所以断然诛之。纳言史务滋是武则天的亲信，与来俊臣共审此案，来俊臣奏言史务滋与刘行感很亲密，想掩盖刘行感谋反的事实。武则天让来俊臣审讯他，史务滋因恐惧而自杀。
武则天的另一亲信、赐姓武氏的玉钤卫大将军张虔勗傲慢自得、言辞不逊，被人告发。来俊臣审理此案，张虔勗害怕会遭酷刑问成死罪，赶紧到徐有功处自诉。来俊臣恼羞成怒，命卫士以乱刀杀死，枭首于市，然后立假案上奏。天授二年（691年），鸾台侍郎同平章事乐思晦、右卫将军李安静等也相继被诛。李安静在武则天称帝的时候，独不上表劝进。来俊臣审他时，他说：“以我唐家老臣，须杀即杀。若问谋反，实无可对。”同时被杀的有宰相岑长倩、格辅元，以及司礼卿兼判纳言事欧阳通等数十人，都以谋反罪而被杀。因此，尽管制狱稍衰，但朝廷内外官吏仍然诚惶诚恐，莫不畏服。
长寿元年（692年）初，左台中丞来俊臣受武承嗣指使，又罗告众宰相任知古、狄仁杰、裴行本等人谋反，还有司礼卿崔宣礼、前文昌左丞卢献、御史中丞魏元忠、潞州刺史李嗣真等人也被牵连进去。以前，来俊臣曾奏请降敕，一问就承认反者可以免死。这些人下狱后，来俊臣以此引诱他们承认谋反。狄仁杰老谋深算，不打自招道：“大周革命，万物惟新，我们是唐室旧臣，甘愿受诛，反是实事。”来俊臣如获至宝，对他们稍稍放松了一些。判官王德寿对狄仁杰说：“尚书一定不会被处死了。我受人指使，想请你把宰相杨执柔也牵连进来，可以吗？”狄仁杰说：“皇天后土一定会谴责我做这种无耻之事！”说完就用头去撞木柱，血流满面。王德寿赶紧抱住他说：“不牵扯他就算了，狄公何必如此呢？”他毕竟胆小怕事，被狄仁杰吓坏了，以后对狄仁杰的态度也尊敬多了。
侯思止审问魏元忠，魏元忠是一倔强之人，他辞气不屈、怒发冲冠，不能自制。侯思止还没见过这么刚烈的人，命人把他拖倒在地，倒曳而走。魏元忠还在大骂。侯思止越怒，施以重刑。魏元忠怒道：“侯思止，你小子若须要砍我魏元忠的头，你来取好了，何必一定要让我承认谋反呢！”
狄仁杰既然承认了谋反，法司准备上报处以死刑，对他们不复严备。狄仁杰乃把被面撕下来书写冤状，放在棉衣里面，对王德寿说：“天正热，请你转告我的家人，让他们把棉花取出再给我送来。”王德寿很乐意地去办了。狄仁杰之子狄光远拿到棉衣，听王德寿转述的父亲之言，知道父亲有机密事嘱他办，拆开棉衣，果然得书。狄光远乃持书说要告密，得到神皇武则天的召见。武则天把狄仁杰的信看了一遍，就追问来俊臣怎么能搞逼供。来俊臣说：“狄仁杰等人下狱，臣未尝去其巾带，吃睡都安排得很好，如果真无谋反之事，怎么肯招认呢？”武则天不相信，又派通事舍人周琳去看情况。来俊臣事先伪装好现场，让周琳去看。周琳害怕来俊臣，根本不敢看，唯唯诺诺不敢发一言就去报告武则天。来俊臣又诈写狄仁杰等人的谢死表，让周琳带给武则天。武则天被假相蒙蔽，以为来俊臣说的都是对的。
当时，被杀的宰相乐思晦有个儿子还未满10岁，很机灵，被籍没在司农为奴仆。他说有机密事上告武则天。武则天召见他，问他有何事。他说：“臣父已死，臣家已破，但惜陛下之法已为来俊臣等所任意操纵。陛下如果不相信臣下的话，可以择朝廷中很清正、陛下平时又很信任的人，假说他们谋反试一试。只要经过来俊臣之手，无不承认谋反。”太后一听大惊：“竟有这事？”狄仁杰就是这样一个大臣，现在承认谋反，不正与这小孩之言相合吗？她恍然大悟，立即召见狄仁杰等人，问他们说：“你们承认谋反，这是为什么呢？”他们回答说：“如果不承认谋反，早就死在他们严刑拷打之下了。”武则天还不解，说：“那你们为何写谢死表呢？”他们都说没有写。武则天让人拿出谢死表给他们看。他们说：“这全是伪造的，可以对笔迹。”太后才知其诈，于是把这7人放出来。来俊臣、武承嗣见狄仁杰等7人被赦免，大为恼怒，很不甘心，一连数次到武则天处坚请诛之。武则天说：“命令已下，怎么能反悔呢？”武承嗣不好再争，怏怏退出，让台官等联名上表，请诛狄仁杰等7人。来俊臣还想各个击破，就对武则天说：“裴行本叛迹已明，其罪犹重，请诛之。”秋官郎中徐有功反驳道：“明主已有再生之恩，而俊臣等想违抗圣旨，执意诛杀，岂不是要置皇上于无恩无信之地？”武则天说：“我意已决，众卿不用再争了。”谁知侍御史霍献可又面陈道：“陛下不杀裴宣礼，臣请效死于阶前。”他边说边以头触殿阶，血流沾地。霍献可是裴宣礼的外甥，希图通过此举讨好武承嗣、来俊臣，又可以表明自己为人臣而不偏私亲戚，求宠于武则天。武则天心内厌恶，不予理睬。以后霍献可每次上朝以绿头巾裹其额头之伤，故意还露出伤迹，丑态百出。他想让武则天看到，认为他忠心可嘉，谁知武则天漠然不理。这位无耻小人的头白白碰伤一回，实在是不值得。
不过，酷吏仍在施展淫威，告密之风仍然盛行，来俊臣向左卫大将军泉献诚索贿，没有得逞，就诬告他谋反，伪造证据，并先斩后奏。武则天受到蒙蔽，仍然重用来俊臣，认为他很忠心。泉献诚是高丽泉男生之子，同契苾何力、黑齿常之、李谨行等人同为少数民族名将，在唐朝为将十多年，竟也死在酷吏之手。
长寿元年（692年）五月，武则天因重佛教，命令在全国禁止屠宰及捕鱼虾。当时，左拾遗张德添了一个男孩，为了表示庆祝，生子的第三日，私自杀羊宴请同僚，补阙杜肃也赴宴。他悄悄地藏了一块羊肉，宴散后上表告密。次日，百官上朝，武则天对张德说：“听说爱卿生了一男孩，向你贺喜。”张德拜谢。武则天又问：“从哪里弄的肉请客的啊？”张德一听，魂飞魄散，忙伏地叩头请罪。武则天说：“朕禁屠宰，但红白喜事宴请并不限制，此乃人之常情。不过，爱卿今后宴请客人，须要加以选择啊。”乃把杜肃之奏表出示给他看。杜肃羞愧得无地自容，百官皆欲向他吐唾沫。从这件事上，官员们看出，现在皇上武则天已开始鄙视起这种告密求宠的小人之举了。
狄仁杰等人被宽刑免死以及武则天厌倦告密，使众臣得到鼓舞，一些大臣再度上疏言酷吏之害，请求宽刑。
长寿元年五月辛亥，万年县主簿徐坚上疏说：“经书中有‘五听’之道（《周礼·小司寇》记：审案者以五听听狱讼，求民情：一曰辞听，观其所出言，不直则烦；二曰色听，观其颜色，不直则赧然；三曰气听，不直则喘；四曰耳听，观其反应，不直则惑；五曰目听，观其眼色，不直则躲闪），令三次反复上奏案情方能定案。窃见近来按敕令审讯谋反者案件，派使者去检查审讯情况得实，就立即处斩，这很不妥当。人命至重，死不再生，万一冤枉，也只能忍气吞声，合族受累，太让人心寒了。此不足以肃清奸逆而明正刑典，只能助长威福，让天下人心怀疑惧。臣希望放弃这种做法，应按法行事。而且对法官应加以选择。有用法宽平、为百姓所称道的法官，臣请皇上信任并使用他们；有处事残酷，为人怨望之人，请皇上疏远而斥退他们。”
右补阙朱敬则认为武则天过去想用严刑和威严来禁止对她称皇的异议，今天既已称帝，众心已定，应该省刑罚、崇尚宽简，于是上疏武皇说：“李斯做秦国的宰相，用刻薄变诈屠杀诸侯，不懂得用宽和的办法来安定人心，终于导致秦朝土崩瓦解，此乃不知变通而造成的。汉高祖定天下，陆贾、叔孙通以礼仪治天下，使汉朝传了十二代，这是知变通的好处。自文明年号（即684年，那一年武则天临朝称制）以来，韩、霍诸王与徐敬业为乱，不设铜匦，无以应天顺人；不施严刑，不能摧毁奸诈，平息暴乱。所以采取这些措施，使曲直能明，包藏祸心者暴露出来。但走得太远就没有好的脚印，快弹就减少了和声，过去好的策略在今天就变成了坏东西。请您观察秦、汉之得失，考虑时情是否合宜，审察哪些糟粕可以去掉。卡住奸人险恶之锋芒，堵塞罗织罪名的根源，扫除结党徇私之迹象，使天下百姓安居乐业，岂不是令人愉快的事吗？”武则天看了奏疏，大为赞赏。
紧接着，侍御史周矩又敲边鼓，进言说：“负责审讯的官吏，都常常使用酷刑来虐待囚犯，无所不用其极。囚犯只求眼前少吃苦，所以只得认罪。臣暗地听众人议论，都说现天下太平，何苦要反呢！何况这些被诬告的人哪里尽是英雄豪杰，个个想当帝王呢，不过是怕苦刑而自己诬招罢了。请陛下详察。现满朝文武官员都忐忑不安，怕陛下在早上与他们还是亲密无间的，到晚上就变成了仇人，性命不保。请陛下少用刑罚，多施仁政，天地之大幸也！”