他，革旧鼎新，疏通京杭运河，编撰永乐大典；他，建立了世界第一大舰队，开通海上贸易，建巨型舰队出访海外，与世界各国沟通。是的，从振兴大明朝廷的角度分析，朱棣是一位英明神武的皇帝。在大明的历史上，凡是影响后世的历史功绩，几乎都出自朱棣之手，他是一位功勋卓著的皇帝。
明成祖称帝之后，对建文帝旧臣进行了疯狂的杀戮。尤其是他的所谓“诛十族”和“瓜蔓抄”，手段极为残忍，在历史上颇有影响。
建文四年（1402年）六月，朱棣攻陷京师，清宫三日，对齐泰、黄子澄、方孝孺等一大批忠于建文朝廷的文臣武将用尽极刑。兵部尚书齐泰和太常寺卿黄子澄，都是洪武进士，共参朝政，他们由于建议削藩而招致亡族惨祸。当时，黄子澄被列为“首恶”中的第一人。明成祖亲自审问，黄子澄守节不屈。明成祖大怒，命将他宗族老少65人、妻族外亲380人全部带至，一时“哀号震天”。明成祖命他将自己的罪过写于纸上，他奋笔写道：
“本为先帝文臣，不职谏削藩权不早，以成此凶残。后嗣慎不足法。”
明成祖见此极为恼怒，立命将他的双手砍去，接着又说道：“汝虽未入岛夷，足迹已至海上。”遂命再将他的两足砍去。这时的黄子澄已手足全无。并当即被磔杀。他一家人不分老少，全被斩首，姻亲都被谪戍边疆。
因黄子澄曾躲藏在致仕的袁州知府杨任家中，杨任受到株连，亦被磔杀，两个儿子也被斩首，亲属谪戍边疆。建文遗臣中有许多人惨烈死去。尤其令人目不忍睹的是，他们的妻女也受到百般凌辱。例如，黄子澄的妹妹和齐泰的一个姐姐、两个外甥媳妇都被发往教坊司，在那里被任意凌辱，有的还生了孩子。这些女子都被刺了字，在教坊司被人任意糟踏。
齐泰常骑白马，为了避免别人认出他来，就将马用墨涂黑。马走了稍远路程后出汗，墨迹便掉了，有认出他的马的人说：“这是齐尚书的马”，齐泰因此被捕。
在明成祖屠戮建文遗臣过程中，最惨烈、被明成祖“诛十族”的，就是方孝孺了。
方孝孺是建文帝最亲近的大臣之一，建文帝对他十分尊重，言听计从。方孝孺视建文帝为知遇之君，忠心不二。金川门之变后，方孝孺拒不迎降，闭门不出，并为建文帝穿丧服，昼夜啼哭。
明成祖召用他，他不肯屈从。被强迫着来见明成祖时，他身着丧服，当廷号哭。明成祖从殿上走下来问道：“先生无自苦，予欲法周公辅成王耳。”方反问道：“成王安在？”成祖道：“彼自焚死。”方问：“何不立成王之子？”成祖道：“国赖长君。”方说：“何不立成王之弟？”成祖道：“此朕家事。”成祖一边说，一边示意左右，让他们把笔札交给方孝孺，并说：“诏天下，非先生草不可。”方孝孺投笔于地，且哭且骂说：“死即死耳，诏不可草！”成祖按捺着火气道：“即死，独不顾九族乎？”方孝孺以更大的声音答道：“便十族奈我何！”成祖顿时大怒，恨其嘴硬，立命左右将方孝孺的嘴割破，直割到两耳，复下狱中，大捕其宗族门生。每逮系一人，就让他到方孝孺跟前，让方孝孺看一看，但方孝孺却连头都不回。
明成祖这时也横下了一条心，除诛方孝孺“九族”外，将其朋友门生又列为一族，共称所谓“十族”。当差役奉诏逮系其妻郑氏时，郑氏和诸子已自缢而死。受此案株连被逮系的人甚多，仅被磔杀于市的即达873人，谪戍荒徼者不可胜计。
方孝孺最后受戮，磔杀于聚宝门外。他就刑时气宇轩昂，并留下《绝命词》一首：
天降乱离兮孰知其由，
奸臣得计兮谋国用猷。
忠臣发愤兮血泪交流，
以此殉君兮抑又何求？
呜呼哀哉，庶不我尤！
方孝孺有两个女儿，都还年轻，尚未婚嫁，被逮系至京时，二人联袂投秦淮河而死。
在方孝孺之前，中国没有所谓“诛十族”之说，最重的也只是“诛九族”，这种株连已是极为残暴了。历代从来未把朋友门生作为一族，株连到他的朋友门生。明成祖竟诛方孝孺“十族”，确是空前绝后的残暴！
朱棣割兵部尚书铁炫耳鼻，令其自食，还将他投进油锅中烫死；灭户部侍郎卓敬三族；令礼部尚书陈迪食子鼻舌，且族诛180余人；对刑部尚书韦暴昭，先弄断了他的牙齿，又将他的手足砍断，最后砍断了脖子；御史大夫练子宁不屈，族诛151人，有几百人被贬官或发配边疆。次月，御史大夫景清，为报仇绯衣怀刃入，事泄，被磔于市，夷九族，先人的坟冢被挖开不说，又到他家乡去搜罗同他有关连的人，称之“瓜蔓钞”，村子被夷为平地。后又有邹谨之案，诛戮甚惨，其妻女或送教场司，或送兵营任士兵奸宿，手段极其残忍。燕王在朝中以此清除异己，消除了隐患，为自己登基和国家稳定打下了坚实基础，但是也杀戮了一批正直之士，对士风破坏很大。
明成祖屠戮建文遗臣既残酷，株连面又宽，不知有多少人含冤死去，这件事是明成祖一生的一块大心病。以致他后来时常为自己的残暴而忏悔。
建文四年（1402年）七月一日，朱棣在南郊隆重地行完祭祀天地的仪式后，回到奉天殿，诏令当年六月以后，仍旧使用洪武三十五年作为纪年，次年（1404年）为永乐元年。革除建文中所更改的祖宗成法，一切恢复旧制。七月三日，又诏令用洪武制替代建文时更定的官制。
九月四日及第二年（1403年）五月，朱棣两次大封靖难功臣。建文四年（1402年）十一月十三日，朱棣将妃徐氏册立为皇后。在恢复诸王爵禄后明成祖暗中开始“削藩”，让在边塞要地称王的迁徙回内地，减少诸王的护卫，同时把诸王对将帅、卫所军的节制指挥权收了回来；重申不许诸王擅役军民吏士的禁令；对地方事务不可过问，对犯有过失的诸王，先书面警告，不改的话再加以惩罚，仍旧不改就废为庶人或加以惩治。这一策略的实施较建文帝更隐蔽，也更从容，收到了削藩效果又不致酿成祸乱。
永乐元年（1403年），北平被改为北京，设北京行部诸衙门，将大宁都司迁到了保定。
其实，永乐盛世出现于明王朝统治的初期，它不仅是洪武开国历史的继续，也是洪武时期体制改革的继续。明代，规制多创于太祖朝。
永宣盛世出现于明王朝统治的初期，它不仅是洪武开国历史的继续，也是洪武时期体制改革的继续。明代，规制多创于太祖朝。如前所述，朱元璋建国之后，总结历史经验教训，为了加强封建的君主专制，他对封建统治的政治体制进行了一系列改革：他撤销了行中书省这一地方权力机构，设置了承宣布政使司、提刑按察使司、都指挥使司，分属于中央，加强了中央对地方的控制；他废除了中书省和丞相制，把大都督府改设为五军都督府，改御史台为都察院，设置了大理寺、通政使司、锦衣卫等机构，使中央的行政、军事、司法、监察大权都牢牢地控制在皇帝手里；他又设置四辅官和殿阁大学士以加强君权。
朱元璋对他手订的制度，充满自信，后世子孙不得稍有更改。洪武二十八年（1395）九月，朱元璋颁布《皇明祖训》，他敕谕礼部臣下说：“自古国家建立法制，皆在始受命之君，以后子孙不过遵守成法以安天下。盖创业之君，起自侧微，备历世故艰难，周知人情善恶。恐后世守成之君，生长深宫，未谙世故。山林初出之士，自矜己长。至有奸贼之臣，徇权利，作聪明。上不能察而信任之，变更祖法以败乱国家，贻害天下，故日夜精思，立法垂后，永为不刊之典。”接着他又说：“朕少遭乱离，赖皇天眷命，剪除群雄，混一天下。即位以来，劳神焦思，定立法制。革胡元弊政。至于开导后世，复为祖训一编，立为家法，俾子孙世世守之。尔礼部其以朕训颁行天下诸司，使知朕立法垂后之意，永为遵守。后世敢有言改更祖法者，即以奸臣论，无赦。”
朱元璋对于他创立的制度，简直到了迷信的地步。他在《皇明祖训》序言中要求：“凡我子孙，钦承朕命，勿作聪明，乱我已成之法，一字不可改易。”但是世移时迁，嗣位帝君在谨守祖制的基础上，也不失时机地变革家法，以适应新的形势发展的需要，如内阁制的设立与完善，督抚制的创建等。
建文帝朱允炆在位四年，谨守祖制，对朱元璋所订制度，并无大的改变，只是变了些名称罢了。郑晓说他“得方孝孺，专行周官法度，辄改高皇帝约束”。实际上也是因人而异，不为常制。《明史》记载说：“惠帝即位，召（方孝孺）为翰林侍讲。明年，迁侍讲学士，国家大政事辄咨之。帝好读书，每有疑，即翟使讲解。临朝奏事，臣僚面议可否，或命孝孺就宸（屏风）前批答。……更定官制，改文学博士。燕兵起，廷议讨之，诏檄皆出其手。”这一记载表明，方孝孺是皇帝的顾问、导师和重要文件的撰稿人。其官职，仅是翰林院的文学博士，论品级，是从五品官。而其能“参预机务”，是与皇帝对他的特殊信任有关，不为常制。同时，殿阁大学士设置上虽有变化，但其制仍存，并未违背朱元璋罢中书省后的严格规定，只是稍作调整而已。
永乐时期，辅政形式已大异从前，其主要标志是内阁制度在这一时期基本形成。明成祖即帝位后，仍用翰林官辅政，并使之制度化、固定化。辅政地点在文渊阁。不设殿阁大学士，以后又把殿阁大学士作为阁臣进职、升职、兼职的官位。建文四年（1402）八月，朱棣命侍读解缙、黄淮、胡广，修撰杨荣，编修杨士奇，检讨金幼孜、胡俨入直文渊阁，“并预机务”。文渊阁（指南京故宫文渊阁）在午门之内，文华殿南面，地处外廷，于是称内阁。
永乐时期的内阁有以下几个特点：
一是阁臣品秩不高，但已有上升的趋势。解缙等人入直文渊阁时尚不及正五品，品秩仍协较低。但建文四年九月二十二日，朱棣赐解缙等七人五品官服后，皇后召见了解缙等人的妻子，并“训劳备至，皆赐五品冠服。”表示了极大的恩宠。十二月，朱棣在奉天殿赐给六部尚书、侍郎等主要官员金织文绮衣各一套，并且封赐解缙等六人“衣与尚书同”。解缙等人对这次异乎寻常的恩典表示感谢。这时，朱棣解释说：“朕于卿等非偏厚；代言之司，机密所寓！况卿等六人旦夕在朕左右，勤劳助益，不在尚书下。故于赐赍必求称其事功，何拘品级！”他还从“祖制”中找到理由，说：“朕皇考初制，翰林长官品级与尚书同，卿等但尽心职任！”这里说明两个问题：一是赏赐要与功益相称，因为解缙等人所起作用“不在尚书下”，所以赐赏是一样的。二是有祖制依据，即使看做二品官，也是应该的。这两点说明其品秩有提高的趋势。
二是内阁事权有扩大，已渐接近尚书。永乐时内阁已有参决政事的职能，这比以前仅备顾问是一个质的飞跃。阁臣的职权主要是“参预机务，典纶绰”。参预机务主要是指：“日百官奏事退，内阁臣造宸前密勿谋划，率漏下数十刻始退，诸六部大政，咸共平章。”所谓纶缚，是指皇帝的诏令，典纶缚，就是掌内制，即代皇帝起草诏敕。
永乐五年（1407年）七月，“皇后徐氏崩”。皇后生前曾问朱棣：朝夕与陛下“共图政理者”是些什么人？朱棣回答说：“六卿治政务，翰林职论思，典词命，皆朝夕左右者也。”朱棣将解缙等人列入侍臣之内，而且明确说他们的职责是“论思，典词命”，这已大大超出“备顾问”的职权，而具有参与决策的功能。从政治的实际运转上看，也主要是六部尚书和学士们起关键作用。如辅导皇太孙，辅导监国等，都是这两部分人。永乐七年，皇太子监国，命吏部尚书兼詹事蹇义、兵部尚书兼詹事金忠，左春坊大学士兼翰林侍读黄淮，左谕德兼翰林侍讲杨士奇辅导监国。朱棣对他们说：“居守事重，今文臣中留汝四人辅寻监国，若唐太宗简辅监国必付房元龄等，汝宜识朕此意，敬恭无怠。”命学士胡广、侍讲杨荣、金幼孜及户部尚书夏原吉等扈从。此后成祖多次出征、巡察，京师留守及扈从重臣也多由这些人充任。由此也可见阁臣事权之大，与尚书所差无几。
永乐时期，阁臣的设置成为常制，成为一个稳定的官僚机构，并且明确规定其职责是“参预机务”。所以从职责和名称来看，明朝的内阁制度，这时已基本形成。经洪熙、宣德两朝，内阁制度才趋完备。