朱棣在位期间进一步强化君主专制。永乐初，曾先后复周、齐、代、岷诸王旧封，但当其皇位较巩固时，又继续实行削藩。
建文帝的三个弟弟吴王朱允熥、衡王朱允熞、徐王朱允（火熙）尚未就藩，朱棣将他们降为郡王并让朱允熥、朱允熞就藩，但当年就将二人召到燕京，废为庶人，禁锢于凤阳，只留朱允（火熙）给朱标奉祀。削齐王护卫及官属，不久废为庶人；迁宁王于南昌；徙谷王于长沙，旋废为庶人；削周、岷、代、辽诸王护卫。他还继续实行朱元璋的徙富民政策，以加强对豪强地主的控制。永乐初开始设置内阁，选资历较浅的官僚入阁参与机务，解决了废罢中书省后行政机构的空缺。朱棣重视监察机构的作用，设立分遣御史巡行天下的制度，鼓励官吏互相告讦。他利用宦官出使、专征、监军、分镇、刺臣民隐事，设置镇守内臣和东厂衙门，恢复洪武时废罢的锦衣卫，厂卫合势，发展和强化了专制统治。
在明太祖时，朱元璋为了避免后世的效法，已有削弱锦衣卫权力的行为。谁知到成祖时，锦衣卫又呈反弹之势。特别是在永乐十八年（1420年）八月，成祖又在北京东安门设置东厂。其与锦衣卫合称“厂卫”，形成了较为完备的特务系统。
鉴于历代宦官专权，危害朝政的教训，明初的宦官不允许参政，宦官职位不允许超过四品，月俸一石，衣食于内庭。朱元璋曾对侍臣讲：“此曹善者千百中不一二，恶者常千百。若用为耳目，即耳目蔽；用为心腹，即心腹病；驭之之道，在使之畏法，不可使有功。畏法则检束，有功则骄恣”。并于洪武十七年（1384年）将这一禁令刻在宫门的铁牌上，上写：“不得干预政事，预者斩！”又敕诸司均不得与宦官机构进行文件往来，定制宦官“不许读书识字”。措施实在是十分的严厉。
矛盾的是，出于对官僚集团的监督和加强中央集权的考虑，朱元璋又有意识地加强宦官机构，并赋予了其广泛的权力。从至正二十七年（1367年）始置内使监增设都知临和银作局，花费了31年建成了包括十二监、四司、八局即所谓二十四衙门的庞大宦官机构。十二监指司礼监、内官监、御用监、司设监、御司监、神官监、尚膳监、尚宝监、印绶监、直殿监、尚衣监、都知监。四司指惜薪司、钟鼓司、宝钞司、混堂司。八局则为兵仗局、银作局、浣衣局、巾帽局、针士局、内织染局、酒醋面局、司苑局。同时，宦官又被赋予种种超越其职权的特权。如洪武八年（1375年）五月，朱元璋派宦官赵成往河州市马。洪武十一年（1378年）正月，派宦官陈能至安南国吊祭国王陈惴之丧。宦官陈景及校尉于洪武十二年（1379年）三月被派向靖江王朱守谦宣读谕旨，命令他们严格守法而正身，还当场逮捕了朱守谦身边一些为非作歹之人。蓝玉案发生于洪武二十六年（1393年）三月，当时派宦官与驸马去山西，传旨晋王朱：“说与王，把那三个侯碎砍了，家人、火者、成丁男子都砍了。家财头口交与王府。妇女、王府差内使起解。钦此。”
建文帝在位期间的宦官没有什么权力。在他刚即位的时候，就曾晓谕各地方官吏严密监督外出内侍，有不法之处可将其械送治罪。在宫中对内监管束也非常紧，稍有违忤，立即严惩不贷。这种严厉政策，令很多宦官不安，因而，“靖难之役”期间，不少宦官都投奔了燕王或者为其提供军事情况。
朱棣起兵，“刺探宫中事，多以建文帝左右为耳”。而他自己的宦官如狗儿等，在“靖难之役”中，更是出生入死，功不可没。所以，朱棣即位后，也很器重宦官，宦官的权势遂与日俱增。
永乐元年（1403年），“命内臣齐喜提督干布市舶”。永乐八年（1410年），内官王安被派往都督谭青营，又命马靖镇守甘肃。永乐十八年（1420年），置东厂，宦官先后拥有了市舶、监军、分镇、刺探臣民隐私等大权，宦官的权势又一次急速膨胀。至于宦官出使外国、安抚军民、查勘仓库、检免税收等，较洪武时期越发广泛和频繁。宦官手中权力越来越大，横行不法的事件也频频发生。如永乐五年（1407年），内使李进在山西以采天花为名，诈传圣旨，“伪作勘合……假公营私，大为军民害”。内官马骐于永乐二十二年（1424年）十月传旨谕翰林院，往交趾采办金银珠宝。这些违法事件最后虽被查处，但此时宦官集团的势力已充分表现出来了。
明初的特务机构有两个系统，一是东厂，一是锦衣卫，合称“厂卫”。
永乐十八年（1420年），“厂卫”的职责为“缉访谋逆妖言大奸恶”，由司礼监实行具体管理。东厂提督一般均由司礼监秉笔太监第二人戎第三人充任，他的下属把他称作督主，有关防一颗，篆文是“钦差总督东厂官校办事太监关防”。一般宦官外出，不得持有“钦差”二字的印信，仅称内官、内臣，而东厂关防特称钦差太监，用以表现其威信与重要。下属有掌刑千户一，理刑百户一，均为卫官。又有掌班、领班、司房四十余名及十二管事。役长也叫挡头，戴尖帽，穿青色素旋褶、系小绦、白皮靴，有一百多名，专门负责伺察。役长手下有番子一千余人为干事。
虽然东厂与锦衣卫是两个系统，但关系极密切。东厂办事人员悉取给于卫，“最轻黠猥巧者乃拨充之”，他们亦因此经常相互勾结，反过来，通常又是东厂的司礼太监亲信出任锦衣卫官。“然厂卫未有不相结者，狱情轻重，厂能得于内。而外廷有捍格者，卫则东西两司房缉之，北司拷问之，锻炼周内，始送法司”。即东厂所获，亦必移镇抚再鞫，而后刑部得拟其罪。因而东厂如果势强则锦衣卫就依附它，如果东厂的势力被削弱，锦衣卫就会凌驾其上。
除皇帝以外，上至官府下到民间的任何人都属东厂的侦缉范围。“每月旦，厂役数百人，掣签庭中，分瞰官府，其视中府诸外会审大狱、北镇抚司考讯重犯者日听记。城门得苛奸，胥吏疏白坐记者上之厂日打事件。至中华门，虽夤夜，投隙中以入，即羼人达至尊。以故事无大小，天子皆得闻之。家人米盐猥事，宫中或传为笑谑，上下惴惴无不畏打事件者。卫之法亦如厂，然须具疏，乃得上闻，以此其势不及厂远甚”。
虽说朱棣圆了自己的皇帝梦，可这皇帝的“梦乡”并不是十分甘甜，总是心生狐疑，猜忌着朝中的文武百官和京城百姓。因为他认为无处不有“篡弑”之嫌，所以，朱棣特别重视亲卫军。在他身边有纪纲、刘江、袁刚三个亲卫军指挥，可说是朱棣的绝对亲信，经常侍奉在身边。由于名字发音相近，朱棣每说起他们，就称“三纲”，并且说：“朕之生死，有赖三纲。”
在这样的背景下，永乐年间，朝野无人不怕“三纲”。特别是对“三纲”之首的纪纲，更是惧怕到了极点。这是什么原因呢？因为纪纲是锦衣卫的指挥使。
锦衣卫在明朝永乐年间，是朱棣专以大批校尉四处探听消息，逮捕“有罪”官吏的一个机构，既不同于都察院也不同于法司等机构。
纪纲原是济阳的一名儒生，由于品行不好而遭罢黜。纪纲在燕军起兵攻打南京路过济阳时叩马投效，得到朱棣信用。纪纲虽然品行不好，但善骑射，很聪明，被朱棣视作人才，授他忠义卫千户。纪纲在朱棣登基后升至锦衣卫指挥使，典亲军、司诏狱。朱棣密旨纪纲：“广布校尉，日摘臣民阴事”奏告，把纪纲视作心腹，纪纲更是权为效忠皇帝，将大批校尉派出，监视官吏的一举一动，并及时禀报。
在重用锦衣卫的同时，朱棣还设置东厂宦官衙门。从此，一个能侦缉密察朝野动静的耳目网络，从制度上建立起来。通过锦衣卫和宦官的刺探与告密，皇帝得以了解朝野上下的一切活动。
实际上这是一个庞大的特务体系，不论是做事的命官、皇亲国戚还是京城土地上的百姓，朱棣都可以迅速得知他们的一举一动。
有一次，广东布政司官徐奇来京时带了些岭南土产分赠廷臣，还列了份详单。这单子立马被交到了朱棣手上。因为名单上没有杨士奇的名字，朱棣便把他单独招来相问，并准备以私交廷臣罪处置徐奇和名单上的人。杨士奇解释说，当徐奇要去广东做都给事时，很多廷臣作了诗文赠予他，故有此赠答。只因当时自己有病，没去送他，否则也肯定会被列入名单之上。徐奇这次所赠无非是些土产，而且不知廷臣是否都会接受他的礼物，经他这番解释，才免去一场官司。
甚至朱棣还能知道有人在文渊阁席地酣睡。一天，讲读文渊阁的庶吉士刘子钦借中午休息的时候，与几位朋友品酒，可能是多喝了点，回到文渊阁后席地而睡。哪知，睡得稀里糊涂的时候，模模糊糊听到有脚步声由外而来，高声喊道：“皇帝诏见刘子钦！”惊得他一骨碌爬起来，酒意吓得全没有了，随着太监去拜见皇帝。
朱棣见到刘子钦，斥责道：“吾书堂为汝卧塌耶？罚去其官，可就往为工部办事吏。”刘子钦不敢申辩，急忙谢恩，挽上胥吏巾服，去了工部。刘子钦刚刚在工部与群吏开始做事，皇帝又叫太监传见他。刘子钦哪敢耽误，身上穿着吏服，匆匆去皇宫拜见朱棣。朱棣对他嘲讽道：“你好没廉耻。”说完，让左右还他冠带，令归内阁读书去了。
朱棣除了控制官员的一举一动，甚至于京城百姓的活动，也在朱棣安排的秘密监视之中。据史书记载，京城街巷中发生了一起幼孙殴打祖母的家庭纠纷，朱棣立马知道了，那个幼孙差点被定成死罪。
明初东厂，是朱棣维护统治的得力武器。究竟为什么设了这个机构，史学界目前说法不一，因为在《明太宗实录》中没有详细记录。可能早在朱棣登基后就开始派官吏刺探消息了。后来，直到永乐十八年（1420年）迁都北京城，并在东安门外以北建立东厂衙门时，人们才略知一二。
明代政治生活中的一个显著特点是宦官专权与特务统治的紧密结合，厂卫的横行，造成了“士大夫不安其职，商贾不安于途，庶民不安于业”的人人自危的恐怖气氛，使社会风气和政治风气急转直下，所谓“自厂卫司讥访而告奸之风炽，自诏狱及士绅而堂廉之等夷，自人人救过不给而欺罔之习转盛，自事事仰承独断而谄谀风长，自三尺法不伸于司寇而犯者日众”，正是对这种现象的形象描述。