由于郑芝龙的阻挠，郑成功虽然一心死守仙霞关，但最后还是因为没有粮草供应而暂时退守福州，以图再进。经过一段时间的准备之后，郑成功率领的大部队再次夺回仙霞关。形势虽然暂时稳住了，但是仍然不容乐观，还需要有长远地打算。
风平浪静地过了一段日子，有人向皇上禀报，称南京方面对郑芝龙催得很紧，洪承畴还暗中派人到了福建，来诱劝郑芝龙尽快弃明投清，说时间十分紧迫，毋庸迟疑，要当机立断，南京马上要出兵福建，横扫沿海内陆，到时候想投还投不成了。又有人散布说：“若郑芝龙能把隆武帝的首级献给清廷作为见面礼，清廷便当即敕封郑芝龙为三府总兵兼监军。”
隆武帝听到这些禀报，深知郑芝龙投降清廷的决心已定，当前唯一可以依赖的将领就是郑成功了。于是，他立即宣郑成功前来商议。此时的隆武帝已经在汀州驻扎，而郑成功则是守住主要的关隘，以挡清军。郑成功接到隆武帝的宣见之后，立即马不停蹄地赶到汀州面见皇上。其实，在来之前，郑成功的心里已经知道了一些事情。见到隆武帝之后，隆武帝免了君臣之礼，就拉着郑成功的手，将探子禀报的事情都一一的和郑成功说了。听完这些话，郑成功并没有感到惊慌，反而显得很镇静。
隆武帝说完后，心中甚是惶恐，郑成功说：“陛下，不必太过担忧，切莫为了我父而伤了龙体。既然我父另有他图，就不必强求了。我父肯定会吃大亏，悔之晚矣的那天不会太远，说不定就在眼前！不过，我要尽一个做儿子的责任，回去劝父亲不要弃明投清。我去去就回，请皇上放心，不必多虑。”听完郑成功的这番话，隆武帝并没有感到轻松。因为他知道郑芝龙是一个很难听进别人的意见的人，并且在这件事情上，他更是知道要想让郑芝龙回心转意、一心抗清也是不太可能的。但是，事情已经到了这个地步，他也无计可施了，只好全靠郑成功了。此时的隆武帝双眉紧锁，满脸愁云，但还是故作镇静地对郑成功说：“事到如此地步，也只好如此。你速去速回，朕相信你，途中多多保重。”
身负皇命的郑成功在此刻更加意识到事情的严重性，他知道如果这件事情处理不好，很有可能明朝的江山就会毁在他父亲的手里。于是，他快马加鞭赶到父亲的营地，到了之后他才知道，原来父亲真的是想投降清廷了。为了尽快复命，郑成功连夜离开父亲的营地，飞奔回汀州。刚到汀州，他就赶紧面见隆武帝，并且对隆武帝说：“吾父投清铁了心肠，我也劝服不了他，还请皇上早做决断，不要因为我的父亲而影响了抗清大计。”隆武帝缄口不语，闷闷不乐，沉吟片刻后，叫司礼太监拿出一箱投降信札给郑成功看。郑成功看后愤然道：“请皇上降旨，将他们统统抓来治罪，以儆效尤！”隆武帝不以为然地摇了摇头，切痛地说：“抓别的降臣容易，难道你能抓平国公郑芝龙吗？”
郑成功斩钉截铁地说：“当然可以！乱臣贼子，人人得而诛之。古人云：‘忠孝不能两全。’我跟皇上铁了心肠，海枯石烂心不变。请皇上不必顾及我们的父子之情！”
隆武帝听完郑成功的话，立即说：“此事事关重大，而且你的父亲手握兵权。再说事情已经到了这个程度，欲投清的远远不止你父亲一人，如果此时都将他们抓来一并问罪，事情可能会更加严重。到那时，后果将会不堪设想。”
隆武帝和郑成功回到福州后没过多久，郑芝龙也从安平返回福州，虽然他表面上一如既往，从容不迫，心里却怀着鬼胎，时刻想着怎样保全自己。有一天，大臣都来上朝。隆武帝命人抬出一箱降书，当众打开铜锁，取出三百多封信札。满朝大臣面面相觑，缄口无言，耷拉着脑袋，神情颓然。隆武帝端正了一下坐姿，挺起胸来，用无奈的目光梭巡着每个人的脸，然后说：“我本来无意登基，自知德才都不配，都是诸位的一番好意把我推到这个位子，既然众臣力举，我只得顺乎众意罢了。自即位以来，朕一刻不敢懈怠，宵衣旰食，竭尽心智，为国忘我操劳，没过一天皇帝的生活。之所以如此，别无他图，唯愿上对得起列祖列宗，下对得起臣民，在国难濒危之际，尽力完成光复我大明江山的使命罢了。这里有三百余封通敌信件，都是关卡呈送上来的。朕不想知道内情，书信均原封未开，是为了不查明谁人所为。现在统统付之一炬，永不追究。从今以后，各凭良心行事。”隆武帝讲到这里停了下来，瞥了一下郑芝龙，见他垂首静听，其他朝臣也都一副无精打采的样子。隆武帝加重语气说：“各位爱臣各凭良心行事，尽忠报国，论功行赏。朕平生爱才，凡朕身边的失节之人，只要他认识前非，不再干伤害国家民族的蠢事，回头是岸，朕绝不秋后算账，打击报复；但他若继续干那内奸外宄之事，我绝不轻饶！”
很明显，隆武帝这样做是为了让那些还想着投降清廷的人回心转意。隆武帝的这一招恩威并施果然奏效，朝中那些干过坏事而又要掩盖的大臣，见隆武帝这样豁达大度，莫不由衷地感激起来。就连心怀异念已久的郑芝龙在这个时候也感到有些悔意，甚至开始恨自己“鬼迷心窍，几度抗旨，有财不捐，有兵不发，不发军饷，以至军营哗变，对抗清复明造成了难以弥补的损失。”想到了这些，郑芝龙觉得自己确实有愧，于是他暗暗地自责后对隆武帝说：“皇上，是微臣糊涂，杀千万次也抵消不了所犯下的罪孽。臣罪该万死。”说完这些话，他当着朝中文武大臣的面说：“为了弥补罪臣的过错，臣愿意交出一部分兵权，望皇上恩准。”隆武帝听到这样的话，虽然心中有一些高兴，但是很快就又担忧起来。其实，他知道郑芝龙说交出一部分兵权，但是到底交多少，那还是郑芝龙自己说了算。仔细想想，郑芝龙的这个把戏很容易就能够看透了。但是，既然是郑芝龙自己提出来的，隆武帝心想虽然交出的兵权不多，但是也是有用的，于是就恩准了。这就算是对郑芝龙的惩罚吧，他明白除了这样做他也不能有更大的动作。随后，郑芝龙交出的兵卒拨给了郑鸿逵部和郑彩部，各三万人马。这六万人马是郑芝龙自己花钱养的兵中的一小部分。
郑芝龙的这招瞒天过海非常的高明，而隆武帝又何尝不知他的用意！此时的隆武帝已经深深地感觉到郑芝龙对他的威胁，于是，为了安全考虑，他决定离开福建，欲转战至广州，并让郑成功驻守仙霞关。明隆武二年（1646），隆武帝择吉日登坛授将，将两枚将军印授予郑鸿逵和郑彩；又命郑成功随驾亲征，而郑芝龙仍留守福州。隆武帝的大学士张肯堂，在这个时候便把巡抚的位子让给了郑芝龙。张肯堂率军北伐，带了几只兵船到厦门，郑芝龙不给他军饷，而且不让他和隆武帝通消息。此时的郑芝龙暗地里与洪承畴打得火热。看到这样的情景，隆武帝知道再也无力支配郑芝龙。于是，他就派另一位大学士黄道周到江西去招兵买马。黄道周到了江西，很快便招了十几万人马，一路上和清军不断交战，打到江西与安徽毗连的婺源的时候，不幸中了埋伏被俘，后被清军所杀。得到这一消息，隆武帝非常悲痛，黄道周的死对他来说是非常大的损失，他的抗清大计又蒙上了一层阴霾。痛定思痛，隆武帝决定御驾延平，同时命郑鸿逵攻浙江，郑彩攻江西。此时，郑芝龙照旧不给军饷。在这样的局势下，将士士气低落，在与清军交战后不久，很多士兵都纷纷逃窜。不久，浙江也失守了。清军拿下浙江以后，乘胜追击，逼进仙霞岭。在这个时刻，隆武帝只好退至汀州。
清军为了更快地攻下南方，用尽了办法。清军要想进入福州，首先就要经过仙霞岭，而此处的守将正是郑成功。郑芝龙知道，虽然仙霞岭易守难攻，但是清军志在必得。同时他也不想让儿子受到伤害。再加上洪承畴差人送清顺治帝手谕给郑芝龙，要他尽快降清，并以实际行动取悦清廷。在这样的逼迫下，郑芝龙就差人送信至仙霞关给郑成功，称其母病危。郑成功是个极讲孝道之人，当天便回到安平探母。而此时郑芝龙乘郑成功探母之机，命守关副将施天祥把仙霞关拱手送给清军驻扎在仙霞山山麓的队伍。郑成功得到仙霞岭已失的消息后，痛心疾首。此时在汀州的隆武帝也很快得知这个消息。因为仙霞岭是福州以及南方诸地的屏障，一旦失守，清军定当长驱直入。此后，隆武帝几日无食，数夜未寐。同时他对郑芝龙不再抱任何幻想，并为提防他使坏，移军湘西。皇上被迫迁徙，百姓仰颜而泣，跪地乞求他不要离开汀州。此情此景令隆武帝万分悲伤，他决定留守两天，以示皇上与民同受灾难，慰藉士民。然而，让他没有想到的是，他这一犹豫竟断送了自己的性命和南明的江山。当清军得知隆武帝在汀州后，便穷追猛打，很快就占领了汀州。随后隆武帝被俘，终因不愿投降绝食而死。