清顺治三年八月二十九日（1646），桂王在广东肇庆被广西巡抚瞿式耜和两广总督丁魁楚等拥立为监国。参与拥立的还有检讨方以智、户部郎中周鼎瀚、肇庆知府朱治恫等人。丁魁楚担任东阁大学士兼戎政尚书，瞿式耜为大学士兼吏部右侍郎，摄尚书事。由于清军攻陷赣州，桂王监国政权于九月十日迁往梧州。这样，抗清的势力便又有了一个新的中心。但是，就在桂王被拥立为监国的那一天，另一位藩王也被拥立为监国，这就是隆武帝之弟唐王朱聿锷。原来，隆武帝殉国后，隆武朝东阁大学士苏观生和唐王朱聿锷、大学士何吾驺先后来到广州。这样一来，他们便与布政使顾元镜、侍郎王应华、曾道唯等先是立唐王为监国，接着于九月五日又拥唐王即帝位，改元绍武。苏观生被封为建明伯，掌兵部事，何吾驺等也被任命为不同的官职。这样就又出现了一个南明小朝廷。但是，在这个国家危亡的时候，这些明朝的大臣们却还是整天想着自己的利益，仍然不停地争斗。当时，丁魁楚等人不服，他们随即于九月十八日拥立监国桂王即帝位，改明年号为永历元年。他们派遣兵科给事中彭耀到广州去颁诏，陈述按宗室谱牒辈分和称监国的先后，都是桂王在先，而且大敌当前，应同心协力，结果因激怒了苏观生，导致彭耀被杀。苏观生等甚至发兵进攻肇庆。鹬蚌相争时，清军进逼广东，进而开进广州，苏观生自缢而死，唐王逃跑被俘，也投缳而亡。
正当这两个政权相互争斗之时，清军挥军直下。唐王政权灭亡后，清军就又少一个对手，于是就更加猖狂地进攻。而此时的桂王政权已经无力和强大的清军抗衡了。危机之下，桂王永历政权逃往桂林，又从桂林逃往岳州，后又转回肇庆。曾跟着唐王向南逃的辅明侯林察从广东逃回安平。他向郑成功报告了桂王被拥立的经过。郑成功非常兴奋地说：“吾有君矣！”这句话的意思很明显，虽然他想反清复明，但是威望显然是不够的，并且当时的势力有很多，如果没有一个人来约束和统领，那么，这些势力之间难免会有厮杀，到那时后果不堪设想。而此时，有了桂王，郑成功就可以名正言顺的领导这诸多势力了。
郑成功当即派陈思明、郑宏远为朝贺团首席官员，当天赶赴肇庆奉送朝贺之礼。永历帝大喜过望，敕封郑成功为威远侯，勉励他竭诚为明室努力作战。朝贺团返回后，禀明了圣旨。郑成功无比欣慰，立即召开高级将领会议传达永历帝的旨意，同时宣读了义军的治军宗旨和纪律。郑成功怀着喜悦的心情说：“上有永历皇上的圣旨，下有诸位将领的支持和众兄弟的拥护、追随，我郑某甘愿做一名马前卒，冲锋历险在先，哪怕前面是万丈悬崖，也决不后退半步！”郑成功态度决绝，但面容蔼然可亲。他娓娓道来：“惠城与金门隔海相望，是南澳的门户。因此，应先拿下惠城，威逼泉州、南安，为全面开拓闽南根据地创造有利条件。诸位意下如何？”
众将皆无异议。郑成功当即下令，命甘辉为先锋，率大军向惠城进发。甘辉领命，第二天便抵达惠城。城上乱箭齐射，战鼓擂响，城门大开，冲出一队清兵，为首的将领怒骂：“来者什么人？胆子不小，竟敢来犯老子的领地！”
“鞑子，未闻爷的大名吧，告诉你会吓个半死！我便是威远侯、招讨大将军国姓爷郑成功的先锋官甘辉。你是何人？快报上名来，我的丈八蛇矛不杀无名小卒！”
“老子是惠城守将祈光秋部将王庭。”说完，王庭策马奔来。
甘辉将手一挥，怒吼：“快滚回去，叫祈光秋出来受死！”
王庭大怒，抡起大刀便砍，使出浑身力气与甘辉厮杀起来。甘辉猛地一抽身，闪过了大刀，回身一矛搠去，王庭欲躲，但为时已晚，风响矛到，王庭立即人仰马翻。在城头观战的清军看到此种场景，无不吓得缩回了头。说到此，甘辉只用一个回合便轻取王庭首级，兴奋得手抖着长矛哈哈大笑。清军没有将领敢出来应战。甘辉士气大振，对着清军呐喊：“甘某奉命前来收复惠城，愿献城投降者，可免一死！若不识时务，斩尽杀绝！”
祈光秋原来是郑芝龙手下的将领，投降后奉命戍守惠城。一听是郑成功来收城，他吓得浑身发抖。这时，郑成功率大军兵临城下，命甘辉火速攻城。祈光秋见势不妙，打开城门逃跑了。甘辉见守将已经逃跑，就没有再追。就这样，义军一兵未损便收复了惠城。随后，甘辉和郑成功立即挥师直逼泉州。张进领命驻守惠城。
当时，泉州守将是博洛手下的红人，名叫巴尔孜。此人擅长攻守，谋略与勇武兼而有之，尤其擅长射箭，臂力超群，说他能百步穿杨毫不夸张。他获悉惠城失陷的消息，断定郑成功必会来争夺泉州，故而提前做好了准备。郑成功、甘辉率军来到泉州城下，巴尔孜闭城坚守。随即，他从身边取一弓箭来，搭弓便射，“嗖”的一声将郑军中的一面旗帜射落下来，相距有百步之遥。郑成功没被这小伎俩吓住，反而更威猛地下令攻城。城墙坚固，易守难破。义军虽数度猛烈攻城，但仍无法破城。郑成功正在思谋攻城策略时，忽然参军萧拱振来报军情。
萧拱振说，博洛一面向泉州派兵增援，一面暗派一路精兵急行军攻打惠城。博洛知道惠城只有张进的五千守城人马，又是一座孤城，易攻难守。军情十万火急！郑成功当即下令调水师急援惠城。谁知，水师来到石狮海域，却刮起飓风，船只受阻，贻误了战机。清军将广兵足，几乎两倍于义军。张进顽强抵抗，敌军屡攻不破。清军调来土炮数门，火力密集，轰城不止。城墙被炸开多处，清军潮水般涌进城内。义军终因寡不敌众，使得惠城再次落入敌手。
张进战斗失利，痛不欲生。但是，郑成功为了鼓舞士气，便对张进说：“此城之失，非将军之错。要说错，是天不助我也，陡起飓风，援军途中受阻，一座孤城在强大的敌军攻击下，岂能不破？况且，你作战勇敢，运筹有方，在强敌面前毫不气馁、毫不畏战，敌人屡攻不下，也足见你英雄本色也！”
惠城失守，泉州也没有攻下，这让郑成功感到非常的担忧。
与此同时，郑成功为了朝贺的人的安全着想，便命令丘缙、林壮猷、金作裕三将守卫同安，自己率领大队舟师到东山（即铜山），等候永历帝的诏旨。江于灿等向永历帝拜贺后，又向他陈述了郑成功关于双方会同心协力恢复明朝的方略。永历帝派太监刘玉前往福建向郑成功宣诏。在郑军攻克同安之后，清军提督赵国祚得到消息，飞报总督转奏朝廷。清朝皇帝立即下旨，派遣佟鼐、李率泰、陈锦三人督师恢复各处地方。
得知清军的这些情报之后，郑成功感到形势十分危急。郑家军把守同安的将领丘缙等得到清军攻击同安的报告，马上与叶翼云、陈鼎商议防守的对策。叶翼云说：“今新君登基，我延平王（指郑成功）志存勤王，以一城托我等，自当竭力御守。”随后叶翼云安排丘、林二将督兵守大盈岭，以阻挡泉州来的清军；金作裕把守芋溪岭，以阻挡漳州来的清军；同安城由叶翼云本人带兵把守。他们还通知郑芝豹在五陵出奇兵，从中截杀清军，以分散清军的兵力，同时他们又派人飞报“延平王”郑成功，请求郑成功回援。
清军将领佟鼐率军来到同安，丘缙、林壮猷列阵而待，被领旗黄有信带领的骁骑冲破。郑军三位将领又督军齐进，但因势单力孤，终难以抵抗强大的攻势。丘缙身中五箭，林壮猷独力难支，无奈之下，便退进了城中。金作裕听说丘缙、林壮猷战败，自己再空守芋溪岭于战局无益，便收军回返，与叶翼云、陈鼎分门死守同安。不久清军对同安城再次发起攻击，城墙上的雉堞都削平了。城终于被攻破，丘缙、林壮猷、金作裕与清军开展了巷战，但终因寡不敌众而力竭战死。城破时，叶翼云被俘，押解去见佟鼐。叶翼云从容自若，与陈鼎一起被杀。
同安失陷的时候，郑成功正在铜山整顿船只，训练士卒，忽然接到叶翼云等从同安发出的告急请援文书，便立即率大队舟师回救同安。然而，天公不作美，海上逆风，航船难于驾驶，郑成功带兵五天后才抵达金门。而这时探军来报告说同安城已被攻破，诸将战死，叶、陈不屈被杀，全城惨遭屠杀。郑成功不禁放声痛哭。他设坛遥祭阵亡将士和被杀的军官、百姓，三军无不为之动情感愤。郑军不能再北上，于是便移师于镇海、铜山一带。
顺治九年（1652），郑成功终于成为强大的郑氏集团的首领。郑成功经多年奋战，对外抗拒清庭势力，对内要和其家族成员竞争。经过多年努力，郑成功成为出类拔萃的人物；郑成功意志坚定，性格果敢决断，极其精明善虑，道德高尚。这些特点使他能公正地推行峻法严规，赏罚分明，对家族近亲、功臣高官或普通士卒，无一例外。对所定法规，他率先遵行，以身作则，因此获得部属的尊重和敬畏。郑成功能力超凡，性格坚毅，富有抗争精神，这使他在当时全国反清诸人物中脱颖而出。他是少数几个人中，甚至可能是唯一的能聚集仍然存在于中国南部地区反清力量的人物。在他的指挥下，一支经严酷训练的强大部队成长了起来。
郑成功成功地使他的支持者承担具体而又明确的义务：在他“管辖”的地区，他实行规范化饷税制度，分正饷、助饷、乐输等名目。在他的势力范围内，他是具有绝对权威的统治者。如果他认为有必要，他也和永历朝廷或其他效忠明朝的力量在意见、利益一致时协同行动，但也是在他的意志下进行的。而且南明小朝廷不在他的领地时，他也就不会卷入其内部的宗派争端。郑氏政权的结构具有独一无二的军事性质，无人能享有特权或额外待遇，其职权仅在其责任范围内。从“官僚机构”角度看，郑氏政权是一个极为有效的军事实体，其军队的组织更是如此。
郑成功的势力日渐壮大，但是经过这么多次的交战之后，郑成功依然感觉自己没有一个可以依靠的根据地。随着抗清斗争的继续深入，郑成功更是感觉到找一个进可攻退可守的阵地的重要性和紧迫性。后来，经过郑氏集团内部的商议之后，郑成功决定利用自己的优势，那就是回到海上来与清军抗衡。郑成功了解到满洲人实际上极少或根本没有海上作战的经验。在这种情况下，清军要想进攻，他们面临的第一个难题就是如何到达沿海地区。无论是要发动对扼守山隘的敌方哨所的突袭，或是停下来休整，恢复长途跋涉消耗的体力，清军都是处于劣势地位。即使到达了沿海地区，也很难守住已占领的地区。如果在当地合适的地区建立和保持牢固的长期性军事基地，则在经济上是沉重的负担，而且军需供应也成问题。
再者，闽南地区被崇山阻隔，不易从外省进入。而当地粮食无法自给，更遑论供给外来的军队了，组织长期的军需供应相当困难。南中国海岸曲折，到处是岬角，港湾和小岛，是走私和海盗活动的理想位置。如清军占领了某地而又军需不继，这意味着迟早还要得而复失，留给敌人。即使追击逃窜的敌人，也意味着要在海上作战和交锋，而这些对于郑成功来说，却是一种优势。
后来，虽然清廷虽然多次派兵征讨，但是都是无功而返，并且损失惨重，耗费也是十分巨大。经过数次交锋之后，清廷感觉要想一时消灭郑氏的势力，已经是不可能的了。于是，权衡之下，清廷选择了进行旷日持久的谈判策略，其实这也是一种缓兵之计。然而，清廷没有想到，这也给郑成功的军队提供了休整和扩张的机会。很快，郑成功在中国东南地区的势力达到顶峰。此后很长的一段时间里，东南沿海地区就成为了郑成功的抗清阵地了。