郑成功日夜操练军队，不断壮大自己的势力，以待有朝一日可以和清军决一死战，一来报国仇，二来报杀母之仇。清廷在实施诱降计划失败后，就开始不断的对郑军进行征剿。面对这样危急的局势，郑成功没有坐以待毙，而是主动进攻。郑军一路势如破竹，接连收复了数城。然而，郑成功很快就被胜利冲昏了头脑，犯了兵家大忌，在南京之战中受到重创，元气大伤。在随后的时间里，郑成功的处境一度非常的被动。郑成功深感复国大计难成，在严峻的形势下，他动了进军台湾的念头。
清廷在多次劝降失败后，决定对郑成功的义军实行海禁。但是，郑成功并没有坐以待毙，而是主动对清宣战。顺治十三年（1656）四月，郑清两军的战争在泉州附近海上爆发了。海战中郑军一直占上风，不习水性的清军被狂风巨浪弄得溃不成军，这就是著名的“围头海战”。
战争打响之后，郑成功一鼓作气，积极备战。郑成功在清理了内部之后，着手扩大抗清基地，督师在海澄磁灶地方，以待战机。这时，清朝漳州总镇王邦俊率领海澄马军、步军数千人，也来到磁灶扎营，与郑军对垒，企图打击郑军的发展势头。郑成功与诸将分析，打败漳州这一路兵马，会震慑清军，又能促进集兵征饷，鼓舞将士的抗清热情。
于是，经过和众谋士商议后，郑成功布置了具体的作战方案，等待时机发动攻击。这一次，郑成功利用清军的冒进心理布下了一个圈套，准备等清军进入后，正面进行猛烈攻击，然后再进行包抄，一鼓作气把清军消灭掉。按照郑成功的部署，各部兵马很快就到位了。果然如郑成功所料，没过几天，王俊邦就带兵进入郑军包围圈，被郑军一鼓作气打得溃不成军，清兵死伤无数，丢下了大量的辎重马匹。几天后，郑成功等回到厦门中左所，对参加这次战斗的人员论功行赏。一律按照此前颁布的《杀虏大敌中敌赏格》中规定的中敌赏格加以奖赏。这是金、厦奠基后的首役，可谓旗开得胜，郑军人心为之大振。由于郑军得到地方民众和明军残部风起云涌般的响应，在五月中旬才建立起来的明朝鲁王政权，到了七月末，业已聚集了十万庞大军队，势力范围也从湘东一隅，迅速扩展到浙东、浙西的大片地区。尽管纷纷加盟的这些府县基本上还处于各自为战的态势，而军队中的相当一部分亦属于临时凑合起来的壮丁，然而已经形成了一股颇为浩大的声势。这就迫使踌躇满志的清朝浙江总督张存仁惶悚不安，连忙收敛锋芒，全力以赴防卫杭州府，同时飞报南京，请求火速增援。
面对这种有利形势，诸大臣奏请鲁王顺应时势，抓住战机，拼死一搏，扭转乾坤。鲁王应允，并在绍兴召开了御前会议，决定派大学士兼兵部尚书刘绩担任督师，率领戍守在绍兴一线的各路明军，分别向有利地区集中。按照他们的计划，能一鼓作气收复多处失地，自然最好；就是一时做不到，也要打上几个漂亮的胜仗，以便震慑敌人，鼓舞明军士气，巩固业已取得的地盘。义军首领郑成功被空前大好的形势所激励，主动上疏朝廷请缨北伐，牵制洪承畴的清军，以便减轻清军对李定国部的压力，李定国是西南唯一的一支勤王劲旅，万万不可有闪失，如此行动，也是从整个战局着眼的。鲁王被郑成功这一忠君勤王的行为所感动，敕封他为延平王，并派刘绩来义军驻地宣诏并巡视三军军营。
到达郑成功的驻地后，刘绩在郑成功等的陪同下视察三军。他兴致勃勃地登上点将台，观看王老山演武场演武比赛，当即产生这么一个念头：“明军中缺少像郑成功这样的帅才来统率三军。倘早用此人，明朝的江山不会沦陷大半。明朝之所以有今日的可悲下场，不是天意而是人为！”刘绩为什么会产生这样的念头？缘由是郑成功的义军虽然是抗清复明的一支劲旅，但毕竟是地方军，不能与正规军相提并论。这让刘绩带着诸多遗憾去巡视其海军。分布在厦门诸岛海域的战舰如野鹜一般，黑压压的数不胜数。刘绩看了海军的阵势更使他心悦诚服。“有如此庞大的水军，何愁郑军不一天天强大起来？郑成功真将才也！”刘绩这么想着，不由扭过头来对郑成功勉励说：“朝廷水军也不过尔尔，足见兄台治军的功劳卓著。我敢断言，郑成功的大名一定会写进青史，永远被人传颂。”
随后，郑成功感叹说：“国难当头，君王难当。请大人回朝后代我面谒圣上，就说郑成功和十万义军竭尽全力匡扶明室，舍生忘死驱除鞑子，誓死捍卫圣上。明不兴，清不灭，我等挥军不止！”
听到郑成功的这一番慷慨陈词，刘绩心中顿生敬意，他激动地说：“延平王忠君之心，日月可鉴！令我万分敬仰。本官回京师后一定转禀圣上，备说延平王爱君之心无人可及。圣上一定高兴，龙体得慰藉，必然心宽体胖，光复我大明河山就更有希望矣！本官早知道延平王是言行一致的人，圣上更会信赖，不然的话，圣上怎么会要本官来宣布敕封‘延平王’的诏令呢。请将军放心，我会把所见所闻原原本本地上奏，让圣上全面真实地了解将军，今后会更好地嘉奖义军。”刘绩说完，口占一绝《咏大木》：挥戈策骥任驰骋，天马行空独一人。横扫江南无敌手，叱咤风云扬忠魂。刘绩激情满怀地说：“恭喜延平王！贺喜延平王！你前程无量。我大明天子得你这样的忠臣良将，实乃天幸也！”
和郑成功说了一阵话之后，刘绩迈着稳健的步伐，笑容可掬地朝排列整齐的将士们挥手致意。巡视完三军之后，时间已经不早了，于是，郑成功设宴招待刘绩。宴会上，气氛庄重而热烈。郑成功兴致勃勃地致辞：“刘绩大人满载皇恩而来，恰如是，‘石蕴玉而山辉，水含珠而川媚’也，使我军大放光彩！为此，我代表全军将士向刘大人致以最崇高的敬意……”刘绩起立，笑容可掬地环视众将士一眼，满腔热情地答谢说：“谢谢延平王的盛情美意！”
随即，宴会上的其他将领和谋士也纷纷发表自己的见解。众人附和的附和，反驳的反驳，一时间，宴会厅里热闹非凡，气氛十分融洽。郑成功站起来，大家立即安静了下来，说：“军人面对大刀、长矛都不怕，何以怕说话？我之辖地，我之营寨，允许畅所欲言；尤其对我郑某言无不尽，欢迎批评，没有过火之说，矫枉必须过正，不过正就不能矫枉！”郑成功一番慷慨陈词，众人无不被折服了：有这样的贤能之士何愁不成功！有这样的将帅何愁不胜利！
刘绩被郑成功和众将士的远见卓识所打动，也激奋地站起来说：列位的高谈阔论，让卑职洗心明目，真可谓受益匪浅。不虚此行，不虚此行！说到洪承畴其人，令我想起了丞相黄道周曾撰写过的一副讽刺他的对联，这对联我还记忆犹新，不妨念给大家饮酒助兴：史笔留芳，未能平虏忠可法；洪恩浩荡，不思报国反承畴。
“好！这对联不但文采斐然，对仗也极其工整，构思更具匠心，不愧是联坛上的佳作。”这是儒将张进在拊掌称快。他怕别人一时没听懂，解释说：“上联嵌入抗清名臣史可法的芳名，下联嵌入叛贼洪承畴的臭名。一文一武，一褒一贬，自成隽永，回味无穷，令人拍案叫绝。”
刘绩看众人被他逗得喷饭，自是乐意陶陶，于是，欲再来露一手。他略微思索了一下，即席口占一联脱口而出：“辛苦卓绝，匡扶社稷，灭胡驱虏，独弃疾忠心臣子；郑重其事，救亡图存，复明抗清，唯成功孤胆英雄。”说完，刘绩笑容可掬地站起来说：“请诸位将领一起举杯同饮！”
郑成功举起酒杯，彬彬有礼地谦和说：“刘大人才华横溢，令我非常佩服！但对卑职之誉言过其实了，在下实无什么建树，岂敢与如雷贯耳的英雄辛弃疾相提并论哉？惭愧，惭愧！”
“将军过谦了！论你的功绩，就目前说，业已高出其一端；从你的潜质而论，简直贵不可言，前程无法估量。你的大名将永垂青史，流芳千古，这已成定局，毋庸置疑。”刘绩说完，满斟一觥，一饮而尽，欣然畅饮，不觉酩酊，俩侍婢携扶归寝。
郑成功一面尽情地欢饮，但同时他也没有忘记眼前的形势。虽然自己现在的势力已有所增强，但是要想和清军在陆地上较量还是相差甚远的。此时，清廷也没有停止行动。清廷顺治帝曾在指派多尼、苏尔哈朗去厦门劝降之前便有圣谕：对永历和郑成功不应加害，并谕将福建的漳州、泉州和广东的潮州、惠州割让给郑成功。后来，由于去劝降的多尼、苏尔哈朗对厦门实地考察后，被其胜景迷惑，对圣旨产生质疑，回朝后向顺治帝建言此四地不能拱手相让，顺治也就动摇了，并派定远大将军济度统率三军，到福建对郑成功作战，以武力征剿郑成功。
当时，济度率二十万精兵强将，杀奔南疆而来，气焰十分嚣张。其实，郑成功早已知道清廷的阴谋，并且很早就开始做了准备。参军冯澄世献计称：“清军分两路而来，仗其兵多将广，辎重充足，士气旺盛。而我军面临强敌攻打，鲁王又无力来增援；北面则有济度二十万大军的威胁，当前的战局十分严峻。末将建议不如退守厦门岛屿，以水战歼敌，发挥我们的海上优势。”
郑成功非常赞同参军的建议。于是郑成功下达作战命令：鉴于敌强我弱之势，暂把安平、漳州、惠州、连安、同安、南安等地的驻军全部撤走，只留下海澄一部不动。为什么要留下海澄驻军呢？因为它与厦门遥相呼应，形成掎角之势，可以牵制敌人，这是为应付大战考虑的，它势必成为消灭强敌的一着妙棋。但它也面临很多危险，必会成为敌人的眼中钉，清军会不惜一切代价去拔除它。陆军应着重戍守金门、镇海、厦门和附近几个州县，构筑好防御工事，做到退能守，攻能克。水军主力应放在海湾、围头堰等港口，那里是我水军基地，也必是敌人攻克的重点。各路人马不管水军或是陆军务必恪尽职守，务必相互接应，务必戮力同心，奋勇杀敌，做到人在阵地在。立功者重赏，临阵脱逃者斩，动摇军心者严惩不贷。这是我军历来的军纪军规，如今大敌当前，重新强调一下，是为引起将士们高度重视，希望今后不要有违令的事情发生。
在此次战争之前随着兵力扩大和作战的需要，郑成功进一步完善了军队的编制。郑成功不断地派兵攻打清朝在福建的各个据点。不久，他占领了长泰、海澄、诏安、平和。在作战中，郑军勇往直前，郑成功指挥若定，取得了一次又一次的胜利。每次战争之后，郑成功都按《杀虏大敌，中敌赏格》升赏杀敌有功人员，而对于临阵脱逃的，或在阵前就斩，或战后斩首。郑成功的赏罚分明，增强了将士们的凝聚力，使作战中的将士们奋勇杀敌，争立军功。在郑军围攻漳州城时，固山金砺率兵来解围。郑军退守海澄。清兵炮击海澄数月，海澄城内一片废墟。在郑成功的鼓舞和指挥下，趁清兵进攻之时，顽强防守，又布地炮阵阻击清军回撤。郑成功自隆武二年（1646）到顺治十年（1653），在海上起兵初期的七年里，巩固了金、厦根据地，扩大了外围据点，占领海澄、长泰、漳浦、潮州、潮阳、惠来等城，壮大了实力，为大举北伐打下了基础。十二月底，郑军打败了济度的军队，大振东南沿海抗清的热情。郑成功率军经过多年征战，不断取得胜利，成为反清复明斗争中力挽狂澜之师。他还要与其他抗清队伍联合，以图取得更大的抗清战果实现最终的目标。
顺治十二年（1655）夏，诡谲的云朵在闽南上空集结，骤然天空低沉，四周黢黑，腥臊的海风以迅雷不及掩耳之势向前推进。是时，清廷定远大将军济度趾高气扬，率大军席卷南疆而来，扑向泉州。当时，按照郑成功的部署，军队都已经撤到了海上，而泉州只是一座空城，清军一箭未发便唾手而得，这更使济度得意起来。“我军所向披靡，敌军闻风丧胆，不战而退。”他这么想着，抑制不住兴奋之情，于是又挥军扫荡，连连获胜，许多城池几乎是不费吹灰之力就被拿下来。连连获胜的济度此时不免骄傲起来，而且很轻敌。本来济度就没有将郑成功的义军放在眼里。看到眼前这样的大好形势，济度自大地说：“人说郑成功用兵如神，原来也不过如此，耳闻不如目见。这么好的城池，都是兵家必争之地，郑成功为什么不重兵防守，难道郑军真的害怕我定远大将军的虎威，一触即溃，逃之夭夭了么？那么这些军队退守到何处了呢？他们一定是去岛上了，郑成功以为我济度怕海畏水，不敢去追讨他。我偏偏要在海上与你决一雌雄，让人看看我济度所率军队的厉害。”随后，虽然有部下建议不可轻敌，济度不仅没有听取建议，反而将提出意见的部下捆了起来。于是，他一面下令赶造战船，一面四处抢夺渔船，欲乘胜进攻厦门及其附近岛屿，一举歼敌，大获全胜。他简直急不可耐地要与郑成功决战。
在战略上，济度是蔑视郑成功的。但在战术上，他对郑军的水上优势却是有所顾忌的，甚至连接近都不敢。冒进是军家的大忌，这一点众人皆知，更何况他是个驰名大江南北的军事将领。他亲自视察了南疆诸地，尤其对战略要塞作了详尽的了解后，几度改变进攻计划，直至第二年孟夏才调数百艘战船，由大将韩尚率领进攻厦门岛，企图全歼郑军主力。