随着战事的发展和逼近，郑成功感觉到进军台湾已经迫在眉睫了。于是，他力排众议，并说服众将领决心攻台。随后，郑成功抓紧时间操练军队，做好一切部署和准备。很快，他们就按照当初的计划攻入台湾，随后慢慢地攻下了整个台湾。整个过程持续的时间很长，在进攻荷兰殖民者最后的阵地的时候，郑成功采取了进攻和持续围困的战略，并多次打退援军。最后，荷兰殖民者在无奈之下向郑成功投降。而经过这一次的战役，郑成功不仅为抗清大计争取了最后的机会，同时也成为中华民族的英雄，为后人所敬仰。
随着战事的发展，顺治十七年（1660），清元帅达素会合闽浙总督李率泰，分率水师自漳州和同安进攻厦门，并令广东降将许隆、苏利等会师厦门岛上。郑成功立即做了部署，令右虎卫镇陈鹏守住高崎，抵挡同安之师，郑泰兵出浯州，阻断广东之师，他则亲自率军扼守海门，迎击从漳州浮舟而来的清军主力。当时，在南京围城不久后，800艘清朝的戎克船就出现在厦门海域，郑成功带着所剩残军四百艘船前往迎击，五月十日，还不熟悉水战的清军被他引至受风处，沉了不少船，在接下来的几个星期里，厦门和金门的海滩上随处都是腐败了的尸体和破船的残骸，郑成功率领的义军抢了许多船只，胜利返回本部，并将4000名清军俘虏弄成残废，再送回陆上，借此表达自己誓死抗清的决心。
然而，尽管郑成功在这一次的海战中获胜，但是清廷的主力依然存在，并且随时有卷土重来的可能。而且这时清王朝已控制了中国的大部分国土，全国抗清斗争已转入低潮。为了彻底消灭郑成功的抗清力量，清廷开始对福建、浙江、广东等沿海五省实施禁海，迁界封锁政策，坚壁清野。规定濒海的居民一律内迁，任何船只不准下海，货物不准逾越疆界。企图孤立金门、厦门两岛，使郑成功军民无法获取粮食，对内陆的交通和信息也完全断绝。
在军事形势日见困蹙、孤军难守、危在旦夕的不利境况下，郑成功决定实现战略转移，“平克台湾，以为根本之地”。这样可以凭借海峡天险和海上力量的优势，建立新的稳定的抗清基地，不断积蓄力量，“然后东征西讨”，再图恢复明室之大业。
于是，郑成功召集兵官忠振伯洪旭、提督骁骑镇建威伯马信、前提督黄廷、五军总督戎政王秀奇、忠靖伯陈辉、协理中军戎政杨朝栋、忠定伯林习山、宣毅后镇吴豪、工官冯澄世、参军蔡鸣雷、薛联桂、陈永华等商议。
商议中，没人提出建议，但都认为“南北固守为对”。于是，郑成功说：“去年我军虽胜达素一仗，但清朝未必肯就此罢休。这样，我军南北征驰，眷属未免劳顿。台湾田园万顷，沃野千里，每年可得饷税数十万。当地百姓尤长于造船制器，可惜近被红毛夷（荷兰人）所占。但城中的红毛夷不足千人，攻之可以唾手而得。我欲攻取台湾，作为根本之地。怎么样？”
吴豪说：“台湾前乃旷野，故太师曾寄迹其间；今为红毛所踞。现筑城两座：一在赤嵌、一在鲲身，即台江内海的西南面七座沙汕，这里指的是一鲲身，即热兰遮城。临水设炮台，又打沉夹板数只，迂回曲折于港内。凡船欲入者，必由炮台前经过；若越此，则船必触犯沉夹板而破。坚固周密，将二十余载。取之，徒费其力。”郑泰等也认为攻台的时机尚未成熟，兵械和粮食也不充足，还有诸多障碍，所以劝他暂缓出征，不如等到割稻前一个月再发动。
郑成功说吴豪这话是常俗之见，“不足用于今日而佐吾之一臂也”。
前提督黄廷也附和吴豪的看法，说：“台湾地方闻甚广阔，实未曾到，不知情形。如吴豪所陈红毛炮火，果有其名。况船只又无别路可达，若必由炮台前而进，此所谓以兵与敌也。”这是因为大部分的将兵都重乡土，或者应该这么说，亦军亦商的郑军，尤其是漳州和泉州出身的将领多兼营事业，颇有私积，所以，多不愿远离兴贩基础的漳、泉等地。可是，郑成功已下定决心。
提督骁骑镇建威伯马信建议先派人试探一下，再决定是否进攻，他说：“延平王所虑者，诸岛难以久拒清朝，欲先固其根本，而后壮其枝叶，此乃终始万全之计。信，北人也，委实不知。但以人事而论，蜀有高山峻岭，尚可攀藤而上、卷毡而下；吴有铁缆横江，尚可用火烧断。红毛虽桀黠，布置周密，启无别计可破？今乘将士闲暇，不如统一旅前往探望；倘可进取，则并力而攻；如果利害，再作相商，亦未为晚。此信之管见也。”郑成功认为这只是“因时制宜、见机而动”之论。
吴豪又坚持说：“台湾实豪屡经之地，岂不知其详？既知其详而不阻谏，徒附会其说以误延平王大事，豪负罪多矣。”
当时反对最强烈的是张煌言。他认为怎么可以放弃闽、浙千万生灵，而只去攻占一个岛？若取台湾岛则金门无法守，失去了金门就失去了天下人心。张煌言像许多抗清志士一样，对郑成功进军台湾极不理解。他认为军队有进无退，退到台湾，等于是自绝于大陆，将自己孤悬海外，脱离整个抗清的大业。他希望郑成功能保住目前拥有的几块抗清地盘。他还说：“思明（厦门）者，根柢也；台湾者，枝叶也；无思明，是无根柢矣，安能有枝叶乎？”因此他认为舍金、厦而取台湾是“舍本逐末”，对于恢复大明江山毫无意义。其他多数部将对东征台湾也持有异议：有的认为荷军船坚炮利，又筑堡置炮，封锁港口，郑军难以登陆；有的认为，台湾尚未开发，瘴气弥漫，水土不适；有的则说，举兵东渡，金、厦空虚，容易被清兵攻占，到时进退两难。在这次的商议中，表示支持东征的只有马信、陈永华及杨朝栋，不过其信心也不足。
郑成功看部将们的反应不甚热烈，加上得知巴达维亚当局已派兵增援台湾，东征计划就搁置了下来，但比以前更严厉地禁止船只自中国内陆到台湾。
清顺治十八年（1661）大年初七，郑成功收到情报，得知清顺治皇帝在这一天猝然长逝，8岁的康熙皇帝继位。得知这一情报后，郑成功认为这是一个进攻台湾的大好机会，因为新皇登基，近期不会用兵。于是，郑成功坚定了攻台的决心。郑成功“传令大修船只，听令出征”，并再度召集诸侯、伯、提督、镇将、参军等文武官员秘密会议，准备攻打台湾。
这次的商议，郑成功更加的坚决。在商议中，郑成功力排众议，他说：“本藩（郑成功自称延平王）矢志，切念中兴，恐孤岛之难居，故冒波涛，欲辟不服之区，暂奇军旅，养晦待时，非为贪恋海外（指台湾）苟延安乐。”
郑成功先向众人分析了当前敌我情势，他说：“天未厌乱，闰位犹在，使我南都之势，顿成瓦解之形。去年虽胜达虏一阵，伪朝未必遽肯悔战，则我之南北征驰，眷属未免劳顿。”接着又说：“前年何廷斌（即何斌）所进台湾一图，田园万顷，沃野千里，饷税数十万，造船制器，吾民麟集，所优为者。近为红夷占据，城中夷伙，不上千人，攻之可垂手得者。我欲平克台湾，以为根本之地，安顿将领家眷，然后东征西讨，无内顾之忧，并可生聚教训也。”
由于形势紧迫，郑成功认为，“附近无可措足，惟台湾一地离此不远，暂取之，并可以连金、厦而抚诸岛，然后，广通外国，训练士卒，进则可战而恢复中兴，退则可守而无内顾之忧。”
看到郑成功如此坚决，并且已经有了详细计划，诸将不敢再开口辩驳了。这时参军陈永华说：“凡事必先尽之人，而后听之天。宣毅后镇所言，是身经其地，细陈利害，乃守经之建，亦爱主也，未可为不是；如建威伯之论，大兴舟师前去，审时度势，乘虚觑便，此乃行权将略也。试行之以尽人力，悉在延平王裁之。”就在这时，协理中军戎政杨朝栋也主张出兵，内心早有打算的郑成功见杨朝栋也赞成，马上下结论，他非常高兴地说：“朝栋之言，可破千古疑惑。着礼官择日，命世子经监守各岛。台湾非吾亲征不可。”到此，郑成功谋划已久的攻台计划正式确定了下来。
决定攻打台湾的郑成功下令召回所有船舰，紧锣密鼓地准备着。同年三月，“提师驻扎金门城，候理船只，进平台湾”。由于船只修葺未备，于是，郑成功决定将这次的部署分两步走。
首先，郑成功自率文武亲军右武卫周全斌、左虎卫何义、右虎卫陈蟒、提督骁骑镇马信、左先锋杨祖、中冲镇萧拱宸、后冲镇镇黄昭、宣毅前镇陈泽、宣毅后镇吴豪、礼武镇林福、援剿后镇张志、左冲镇左营林瑞、正兵镇杨富、水师罗蕴章、侍卫镇陈广、援剿前镇林明、戎旗右协朱尧、杨祥、薛进思、英兵镇陈瑞、戴捷、援剿左镇黄昌、刘国轩、张在、何佑、参军蔡鸣雷、户都事杨英、谢贤、兵都事李胤，以及他的四弟郑袭等克期先行，令镇守澎湖游击洪暄前导引港。然后派户官郑泰居守金门，又令参军蔡协吉协助防守、调度军饷，派兵官忠振伯洪旭、前提督黄廷、五军总督戎政王秀奇、忠定伯林习山、水师杜辉、援剿右镇林顺、右武卫协将萧泗、郑擎柱、邓会、薛联桂、参军陈永华、叶亨、刑官柯平等，并拔擢洪旭的儿子洪磊、工官冯澄世的儿子冯锡范、陈永华的侄子陈绳武，共同辅佐他的长子郑经，居守厦门调度各岛。除此之外，并行檄南澳的忠勇侯陈霸，严防广东的清碣石总兵苏利和清南洋总兵许龙蠢动；又拨宣毅左镇郭义、右冲镇蔡禄协助忠匡伯张进防守铜山（今东山岛），策应南来之师；命总监营翁天佑、中军官杨来嘉、忠靖伯陈辉等督船巡守南日、围头、湄州一带，以防北来之师。
这一年二月初一，郑成功亲自率领众将士祭江，并传令船只尽驾到料罗澳，催官兵候齐听令，下船开驾。兵部尚书唐显悦、兵部侍郎总督军务王忠孝、兵部尚书卢若腾、兵科给事中辜朝荐、督察院右副都御史沈俭期、督察院右副都御史徐孚远、光禄寺卿诸葛倬、监纪许国和进士郭贞一、林兰友、蔡国光等，以及宁靖王、鲁王世子、泸溪王、巴东王和留守的各提镇、参军、文武郊饯东征。