郑成功经过和荷兰殖民者的多次较量，终于收复了台湾，并且开始在台湾开垦荒地，囤积粮食，改变台湾被荷兰殖民者统治时期的面貌。台湾迎来了一个崭新的时期，可谓百废待兴。
随后郑成功又开始将厦门的人民迁往台湾，并且还收留了很多的流民和难民，这样一来，台湾的人口急剧增加。虽然这能够解决劳力问题，但是也面临新的问题。因为这些人到了台湾，台湾的各个方面都要完善起来，经济、教育等等方面，只有这样，才能够使人民更加的安定，也只有这样才能加快台湾的全面发展。
于是，郑成功在实行“寓兵于农”战略的同时，也开始着手台湾的全面建设。首先郑成功将东南沿海的难民迁移到台湾，让他们与台湾军民一同生活劳作，并且让他们安居乐业。郑成功决定要将流离失所的人带到台湾来，帮他们盖房子，让他们开垦荒地自谋生路。通过在大陆的郑军的帮助，一批批难民来到了台湾。在郑成功的领导和推动下，军垦与农垦不断发展，开垦面积不断扩大，米粮的生产迅速增加。
不仅如此，郑成功还注重生产技术和生产力的提高。到了台湾后不久，郑成功就引入了冶铁技术，促进了农业生产和各种手工业的发展。几千年来无人惊动的原始森林被合理地利用，造船业开始兴盛起来。晒盐方法传入台湾，为台湾后来成为中国最大的产盐区之一奠定了基础。甘蔗制糖业日后在国际市场上也独占鳌头。
此时，郑成功也没有忘记自己的老本行，那就是海上贸易。长期以来，海上贸易的收入是郑军军饷的重要来源。除了粮米外，杉桅、桐油、硝黄、湖丝、绫等物以从大陆买入为主。所以郑成功非常重视海内外贸易。在发展海内外贸易方面，郑成功家族不仅有经验而且有基础。郑氏家族长期经商，不仅与大陆许多商埠有着密切的联系，而且海外贸易也很活络，这就保证了郑成功贸易兴岛战略的顺利进行。
郑成功不仅自己从事海上贸易，还鼓励官兵经营商业。当时与日本贸易受西方殖民者的干扰较少，获利却很大，郑成功对此非常重视。他对居住在台湾的日本商人以礼相待，尽量照顾他们的利益，发展与日本的贸易，保持友好往来。台湾还与吕宋（今菲律宾）人民进行贸易。通过多种途径的海内外贸易，郑成功打破了清政府“平海五策”的封锁，反而获得了更大的利润。因为在大陆没有竞争者的存在，使台湾成为寡头商，独享其利。
郑成功的军队收复台湾并逐步安顿下来后，他知道要想更好地管理军队和治理台湾，就要建立自己的政权。于是，郑军在台湾登陆后的一个月，郑成功召集文武百官开会，宣布在台湾正式设治，建立政权。
他改赤嵌地方（包括赤嵌城堡、赤嵌街、台湾城堡、台湾街）为东都明京，设承天府。这里的东都，是相对明王朝的南都金陵、北都北京来说的；承天就是与明太祖朱元璋早年改元朝的集庆（今南京）为应天相承袭。承天府，下置天兴、万年两县。天兴县，管北路；万年县，管南路。随后，郑成功任命杨朝栋为承天府尹（长官），庄文烈为天兴县知县，祝敬为万年县知县。与此同时，又将台湾城堡连同附郭街市改为安平镇。安平，是福建泉州的一个港口，郑芝龙发迹之地，今置安平镇，有郑成功承袭其父功业的意思。
政权初步建立后没过多久，他又在五月十八日的令谕中称：“东都明京，开国立家，可为万世不拔基业。”郑成功这些政权设置及其名称，让人们不难看出他显然是不忘大明王朝，不忘祖国大陆，不忘其祖业。并且以其叔父郑芝莞的长子郑省英为承天府府尹，并令左冲镇黄安监守安平镇，武卫右镇周全斌总督承天府南、北诸路。郑省英为人严谨，努力辟草莽、兴屯聚，犯法者虽亲故不假故深得郑成功赏识。郑成功同时以热兰遮城内城为内府，并另辟一门，以春秋郑国“吉失门”名之，因为，郑武王不以地小，而且还礼贤下士、整军经武，敢跟诸侯争雄，以此譬喻台湾土地虽小，也有恢弘之志。
由于在台湾的军队都是和自己出生入死多年的部下，所以，郑成功知道要想让政权牢固，就必须制法律，定职官，起池馆，不仅如此，郑成功还想以此等待明朝宗室遗老来归附。郑成功的这些举措将明朝的法律和制度等都慢慢地引入了台湾，使得和他一起前来的明朝的将领和百姓们都能够更好地适应，而不会有更多的思乡之情。当时，当张煌言得知郑成功在台湾建立政权后，心中产生了很多的疑问，后来就写下了两首诗表达自己的看法。
炎州东望伏波船，海燕衔来五色笺；
闻有象耘芝术地，愁无雁渡获芦天。
息机可是逋臣意？弃杖谁应夸父怜！
只恐幼安肥遁老，藜床皂帽亦徒然！
杞忧天坠属谁支，九鼎如何系一丝？
鳌柱断来新气象，蜃楼留得汉威仪。
故人尚感褰裳梦，老我难忘伏枥诗。
寄语避秦岛上客，衣冠黄绮总堪疑！
从这首诗中，不难看出，当时的张煌言对郑成功的迁台并在台湾建立政权的做法是非常反对的。郑成功建立的政权，虽然体制不大，但是管制很全，这就有些藩国的意思。而当时郑成功却是明朝延平郡王。所以，后来台湾人尊称他为“开山王”，并非没有道理。
尽管有人反对郑成功的做法，但是也有很多人支持他的做法。当时的大儒黄宗羲就说：“郑氏不出台湾，徒经营自为立国之计，张司马做诗诮之，即有贤郑氏者，亦不过跻之田横、徐市之间，某不以为然！自缅甸蒙尘以后，中原之统绝矣。而郑氏以一旅存故国衣冠，于海岛称其正朔，在昔有之。周厉王失国，宣王未立，召公、周公二相行政，号曰共和，共和十四年，上不系于厉王，下不系于宣王，后之君子，未尝谓周之统绝也。以此为例，正是不可谓徒然！”
郑成功爱兵如子，但对贪官则痛心疾首。他对一些贪污腐败分子，不管他们原来功劳多大，概不迁就，一律严惩。宣毅左镇吴豪，在郑成功召集诸将讨论东征台湾时，他每次都极力反对郑成功的战略决策。郑军登陆台湾后，刚刚取得初步胜利，军民正忙着准备与敌展开决战之时，吴豪又犯下“搜掠台湾百姓银两，盗匿粟石”之罪。虎卫右镇陈蟒也有贪污行为，犯纪违法。
郑成功经过调查确认属实，便召集文武官员讨论，继而召开宣判大会，判处吴豪死刑，并撤职查办了陈蟒。杨朝栋是继甘辉之后，郑成功比较宠信的将领之一。他有勇有谋，文武双全，因此郑成功才让他当上了第一任承天府府尹，主持台湾政事。但是，他知法犯法，伙同知县祝敬和斗给（粮秣官）徇私舞弊，克扣军粮；还私自征调军民，大兴土木，营造宫邸，以满足其个人享受。郑成功知道后，十分气愤，马上派人调查了解。经查属实，杨朝栋、祝敬二人罪证确凿，将他们二人判处死刑。
马信是杨朝栋的挚友，他为杨朝栋干出这类丑事而惋惜，但又看在其立过大功的分上，还是硬着头皮出面为他求情。马信说：“延平王，杨朝栋是有功之臣，如今又担任承天府尹这样的重任，是您不可缺少的好帮手。再说，台湾为新辟荒土，官兵缺少粮食，疾病流行，杨朝栋在放粮时动点小的手脚，也可说是身不由己的做法。望延平王给我马信一点面子，对他宽大处理吧！”
郑成功十分严厉地说：“处决杨朝栋，我也于心不忍。但法出必行，违法必究。如执法不严，于国于民何益？古时子产治政，孔明治蜀，皆以严法为明鉴。我们逐荷夷、辟草莱，不以严法治杨朝栋之罪，怎能让军民口服心服。我决心已下，泰山难移，你不必再为他多费口舌。”马信一看，毫无挽回余地，也就不好再多言词。最后，还是判处杨朝栋死刑，祝敬坐牢，陈伍撤职。
郑成功严惩贪污，以重刑处罚犯罪，提倡廉洁奉公，遵纪守法，对将士是很大的震动，对老百姓是深刻的教育，因而得到广大汉族百姓和高山族同胞的衷心拥护。
在台湾的局面有所好转，并且人民能够安居乐业之后，郑成功开始重视教育了。刚开始的时候，他委托陈永华辅佐儿子郑经办好这些事业。后来，在经历了一些变故之后，陈永华依然秉承郑氏父子的意愿，除大力抓农业、贸易、煮盐等经济建设外，还建立孔庙，设立科举，兴办学校，大力发展社会教育事业。孔庙落成，旁设“明伦堂”，将祖国几千年的传统文化传播到台湾；同时又广辟学校，聘请大陆过去的有文化的人做老师，收授学生。据《台湾外记》中记载，当时规定：“两州三年两试，照科岁例开试。儒童州试有名送府，府试有名送院，院试进取，充入太学。准仍按月课，三年取中试者，补之官内都事擢用升转。”
郑成功特别重视台湾高山族同胞的文化教育，提出在高山族同胞各乡社也遍设学校，请汉族有知识的人去教学。8岁可入学，“课以经史文章”。又规定，高山族子弟入校读书的，可免其徭役，以鼓励他们读书学文化。后来，当郑成功建立了完善的政权体系之后，鉴于陈永华的重大贡献，就任命他为学院的教育长、太学的院长，叶亨为国子监助教（相当于太学的副院长）。随后，大陆的科举、考试制度也带到台湾。在郑成功的不懈努力和坚持下，到了他的儿子郑经的时候，也是非常重视教育，终于，在两代人的努力下，彻底改变了台湾以往的蒙昧和落后的状态，使得台湾人民开始接受中国的传统文化，消除了以往的殖民文化的影响，让台湾的教育事业有了一个新的气象。
郑成功非常重视人才的选拔与应用。自古以来，开明的领导者都任人唯贤。而郑成功正是这样的一个人，郑成功非常重视有才学的人。对于各方面的人才，郑成功都加以充分应用。由于郑成功重视人才的选拔和运用，这种态度得到了其子郑经的继承，在郑军占据台湾的20年间，使“台湾日盛，田畴市肆，不让内地”。郑成功全面建设台湾的行动，显示了郑成功不仅是一位杰出的军事家，也是一位卓越的政治家。
一个好的领导者，不仅要能够带兵打仗，还要能够治理一方。虽然台湾只是一个小岛，但是，要想管理和治理好也不是一件容易的事情。在经过一段时间的发展之后，台湾已经面目一新。垦田屯粮都有很好的成效。于是，为了更好的分配和管理这些财产，郑成功在台湾还建立了一套有特色的赋税制度。郑成功把台湾的土地分为三类，一类是军队的屯田，称为“营盘”，自耕自给。一类是召佃开垦的荒地，称为“私田”。“私田”由佃主收取地租，向政府缴纳田税。另一类是荷兰人的“王田”，他把这些土地收归国有，称为官田。原来耕种的人称为“官佃”，按荷兰人的旧规收取地租。这套赋税制度有效地保证了郑氏政权的正常收入，也是郑氏集团逐渐富强的根本和保证。后来，由于清廷的不断征剿使得郑成功在厦门和金门的抗清基地被严重破坏。经过深思熟虑之后，郑成功决定放弃了金门、厦门两个海岛，全军迁到了台湾，先后跟随他们到台湾的沿海居民有10多万人，尽管如此，台湾很少发生过缺粮问题。这在当时看来，已经是一个非常大的成就了，也足见郑成功在台湾的成功治理。
自此，郑成功在台湾正式建立了自己的政权，并且在后来很短的时间里将台湾治理的井井有条，很快就让人民安居乐业。郑成功的这些功绩赢得了台湾人民的衷心拥护和敬仰。