郑成功一生都在为抗击清军作斗争，然而，此时的明朝已经灭亡，复明大计更是希望渺茫，这个时候，对于郑成功来说真的是多事之秋。好不容易经过一番努力收复了台湾，形势刚刚有所好转，但是不幸的消息一个接一个的传来，这些让饱经沧桑的郑成功更加显得悲愤和痛心。这正如古人所说的福无双至，祸不单行。
郑成功南京之战失败后退居厦门，虽然此时的清廷又多次派兵征剿，但是对郑成功无计可施。后来郑成功收复台湾后，清廷更是没有办法再剿灭郑成功了。这个时候，清廷已经感觉到郑芝龙已经没有利用价值了，就开始实施当初的平海五策中的后几策了。顺治十八年（1661），清廷采用之前黄梧叛郑投清时的建议中的“三、其父芝龙羁縻在京，成功赂商贾，南北兴贩，时通消息，宜速究此辈，严加惩治，货物入官，则交通可绝矣；四、成功祖坟现在各处，叛臣贼子诛及九族，况其祖乎？悉一概迁毁，暴露殄灭，俾其命脉断，则种类不待诛而自灭也……”清廷下令让兵部尚书苏纳海于八月时到福建，令黄梧毁郑氏祖坟，黄梧偕施琅会同提督马得功、总兵苏明赴晋江县的大觉山、南安县的覆船山、橄榄山、金抗山，铲毁郑芝龙父祖和先世的坟墓五座，挖起来之后，即将大杉木锯开两边，中凿孔相连，将各尸合在内，用铁箍箍上，外加封皮，沿途递解，逢郡县收狱。十月初三，年前被家人尹大器出卖流徙尚阳堡的郑芝龙，因为跟四辅苏克萨有过节，就被以跟郑成功有书信往来，阴谋不轨的理由，在柴市被斩首，他在北京的子孙、家眷11人，全部被杀。
康熙元年（1662）正月的时候，郑成功正在和诸将商量治理的台湾的一些事宜，此时，有一人前来告诉了郑成功这些消息。郑成功听到这些消息后，感觉就像是晴天霹雳。郑成功久久没有缓过来，嘴里只是说：“不可能，不可能……”，等到半夜的时候他一个人坐在那里精神恍惚，顿足辟踊，望北而哭，说：“若听儿言，何至杀身；然得以苟延至今日者，亦不幸之幸也！”乃令文武官员各挂孝，及知毁墓，更向西咬牙切齿地骂说：“生者有怨，死者何仇？敢如此结不共戴！倘一日治兵而西，吾不寸磔汝尸，枉做人间大丈夫！”后来郑成功虽然严谕搬眷，但是，留守的户官郑泰、兵官忠振伯洪旭、前提督黄廷等皆不欲行，据厦门、金门抗令，不发一船到台湾，岛上信息完全隔绝。
这个时候对郑成功来说，真的是诸事不顺。他下令后过了多日，依然没有消息。后来得知金、厦诸将抗命，郑成功大为震怒，于是解佩剑予董昱、洪有鼎，命再至厦门，谕武卫右镇周全斌监杀。这时，参军蔡鸣雷因为在台湾有过失，怕被郑成功处分，所以告假回厦门搬眷，谎称郑成功欲杀诸将十余人，说：“延平王势必尽诛，否则罪及监斩者，已密谕南澳周全斌将兵来，此武力对付矣。”洪旭等更加害怕，人人自危；接着听说郑成功有病，认为他一定是病糊涂了，乃相与计议，说：“此乱命也，岂可妄从？然，世子，子也，不可以拒父；诸将，臣也，不可以拒君；泰于延平王为兄弟行，拒之可也。”洪旭等于是调援剿右镇林顺守大担岛，并诱周全斌回厦门，即执而拘之，不肯搬眷到台湾，然后联名上启。郑成功看到“报恩有日，侯阙无期”这话，知道金门、厦门诸将抗命，仰天长叹，病情遂更加恶化。其实，早在元旦的时候，郑成功就曾因为偶感风寒一直卧床不起。
一波未平一波又起，之前的几件事已经让郑成功内心极度激愤。但是，几个月后，又从家中传来一个让他感到非常痛心的消息。原来，郑成功的长子郑经和他弟弟的乳母陈氏昭娘私通，于三月时生下一子，郑经谎称是他的侍妾所生。郑成功信以为真，心中非常高兴，并且大加赏赐，给他的夫人董氏金六锭、花红六疋，郑经金四锭、花红四疋，陈氏昭娘金二锭、花红二疋，给孙子的赏赐也是如此。其实，郑经和陈氏昭娘私通的事情早在三年前就已东窗事发，当时郑成功下令将陈氏昭娘投海，但郑经偷偷将她藏了起来，也没人敢去告诉郑成功。之后，陈氏昭娘更加嚣张，经常和郑经的夫人唐氏吵架。郑经的夫人是前尚书唐显悦的孙女，为了替孙女出一口气，唐显悦写了一封信给郑成功，并在信中大骂郑经，当然，也把郑成功给骂进去了，说：“三父八母，乳母亦居其一。令郎狎而生子，不闻饬责，反而赍赏。此治家不正，安治国乎？”
郑成功得知事情真相之后，非常生气，他大怒说：“我欲成大事，乃不能治家，遑问天下。”于是他就派人去杀郑经，以及他的夫人董氏。黄廷等闻令，吓了一大跳，说：“主母、小主其可杀乎？”不肯奉令箭。诸将经过商量之后，于是决定只杀陈氏昭娘母子复命，并为郑经和董夫人求情。
这个时候，郑成功真的是内忧外患。
然而，经过这几次重大的打击之后，郑成功显得越来越憔悴。本来只是偶感风寒，但是一直没有好转，并且有加重的迹象。自此郑成功一病不起，文武官员来问疾，他都辞而不见，自己一人昏昏沉沉地睡在床上。桌上烛花长了寸余，伺候的人都在旁边瞌睡，远远的正敲三鼓，心中忐忑不定，只得咳嗽了一声，伺候的人惊醒，忙走到帐前张看。
这个时候，郑成功让仆人请陈永华进内房。不一会儿，只见陈永华慌慌张张走了进来，一见郑成功面便问：“延平王何事呼唤？”郑成功说：“陈先生，你且请坐下，小弟有事相告。”陈永华这才放心坐下。
停了一歇，才开口说：“先生，我父亲被清人所杀这都是他们自作自受的，但只气不过清人而已。”郑成功歇了歇接着说：“清人奸诈，当初劝诱我父亲时，高官厚禄，封伯封侯，虽是小弟和他如何争战，他总不敢奈何我，所怕的人是我。到得小弟那年江南失利退回之后，他便无所忌惮，把父亲削爵治罪，徒往宁古塔。先生只想，若照逆父办起来，罪何止此？”
陈永华劝说：“清人诚不好，但延平王此刻有病在身，且养着点吧。”郑成功点头，命人扶起，慢慢地扶到寝室中睡下，陈永华自己辞出。郑成功睡了一会，忽然又感觉心中很难受，于是，又忙叫人去请陈永华来，文武各大臣听了，也都忙来问疾。郑成功勉强着一一致谢，然后向陈永华说：“看如今这个样子。我的结果只怕就在早晨了。”
听到这样的话，陈永华感到十分惊慌，遂宽慰说：“延平王小疾，几日便可好，怎么忽出此不祥之言。”
郑成功摇头说：“生死数也，数因果也。既有原因，自不免结出这果，生又何欢，死又何惧？”说着，命从人把自己常用的一副衣甲取来。从人不敢违命，只得去取了来。郑成功觉得身上好了一点，命人扶下床来。
陈永华说：“延平王有疾在身，却要穿衣甲干什么？”郑成功摇了摇头，命人伺候着穿了起来，头戴一顶紫金盔双龙斗宝金抹额，身穿一领连环锁子黄金细叶鱼鳞甲，腰系着两片黄金细叶鱼鳞纹战裙，脚登护腿薄底战靴，走出外面，众人忙跟着伺候。郑成功叫人把常用的一支枪抬来，众人答应着，看着陈永华，陈永华不语，众人忙去取了来。郑成功接在手中，觉得有点沉重，便也不管，提着精神把枪呼呼地舞了一回，把枪传给下人，向陈永华说：“究竟不能了。”
陈永华也说：“阁下有恙，哪能如平常呢？”郑成功点头，又命人去把自己的一匹黄骠马带来，看了一遍，叹说：“别离不远，后会有期，好自去吧。”那马也似解人意，长嘶了两声。郑成功叫人带了下去，自己回来，脱去了盔甲，戴上郡王冠，身穿九龙戏水蟒袍，足登粉底乌靴，向堂前坐下。
成功忽提起笔，写下两行字，陈永华看时，是自挽一对联：独去独来，看粒种传遗，众生独立；主征主战，问藐躬何事？还我主权。
随后，郑成功更加感到身体不支，于是又坐到床上，并且命左右进酒，冠带读《太祖祖训》，每读一帙就喝一杯，至第三帙，都督洪秉诚调药以进，郑成功投之于地，长叹说：“自国家飘零以来，枕戈泣血十有七年，进退无据，罪案日增；今又屏迹遐荒；遽捐人世，忠孝两亏，死不瞑目，天乎！天乎！何使孤臣至于此极！”读完这些，忽然长叹了一声，溘然长逝了。此时，郑成功年仅39岁。
虽然郑成功在台湾只停驻了14个月，而且在这短暂的时间内，大半年是处于战争状态，但他还是抓紧时间采取许多举措，废除殖民制度，肃清荷兰残余势力，清除殖民政治、经济、文化等痕迹，产生了明显的效果，对后来继承者也有深远的影响。
郑成功死后，葬在台湾县武定里洲仔尾，就是现在的台南县永康市盐行里，十月，郑经才到台湾，立“延平郡王墓志”，第二年在赤蚨街的禾寮街南建郑氏家庙，祀奉郑成功和历代祖先。
拟将威斗却居延，捧罢珠盘事渺然！
龙斗几人开贝闰，鹤归何处问芝田！
引弓候月争相贺，挂剑寒云转自怜。
想到赤符重耀日，九原还起听钧天。
——张煌言（感怀兼悼延平王）