郑芝龙逃回国后，在台湾与高山族人民共同奋斗，开荒渔猎，把千百年沉睡的荒地变成良田。并且以此地为商埠，经常出没在金、厦、澳、港等一带沿海水域，继续经商，开拓海上营运。郑芝龙以台湾为基地，一面进行垦荒生产，一面组织船上的兵丁进行操练，在海上拦劫商船，官兵奈何他不得。由于郑芝龙集团纪律严明，郑芝龙为人重义气，讲信用，不吝惜钱财，颇得民心。沿海百姓大多为他通风报信，充当耳目，使其海上贸易进行得非常顺利。
时间过得非常快，一转眼三年过去了。在此期间，郑芝龙非常想念和担心留在日本的妻儿，多次派人去日本接田川惠子母子回国，然而，由于他过去在平户的所为，再加上他当时的实力还并不强大，所以这个要求屡遭日方无理阻挠。就这样，直到四年后，郑芝龙才将儿子大木（郑成功）接回国。
1625年，老大颜思齐因患疟疾去世。由于郑芝龙的出色表现，以及颜思齐生前对他的器重，所以，郑芝龙众望所归，最终如愿以偿，当上了华商总会的会长。由他主持料理颜思齐丧葬事宜，丧事办得很排场，由于颜思齐当时的巨大影响力，所以当时四方英雄，八方豪杰都前来参加丧礼。不仅如此，就连政界名流、商场翘楚也莫不前来吊唁。在丧礼现场，颜府内外那是水泄不通。据当时的一些记载说，颜思齐的丧事办得十分奢侈，备筵数百桌，甚是风光。时人赞道：宝鼎檀香燃，玉瓶鲜花艳。长江后浪推前浪。今人定比古人贤。水晶壶里，盛的是琼浆玉乳。琥珀杯内，溢出的是甘香清液。玳瑁盘上，叠着仙桃圣李。细瓷具中，盛满了熊掌猴头。鲑鱼脍银丝缕缕，紫金壶沏的是香茗如泉。长袖马褂是贤达，高冠衣楚是名流。莫不虔诚叩首厝柩前。名流荟萃，贤达云集；高朋贵宾，盈千累万。灯火辉煌，爆竹喧天。馔肴满席，佳酿飘香。酒过数巡，划拳行令，觥筹交错，臻至高潮。众人面色莫不酡红，摇摇晃晃的，抱拳于胸的，纷纷向主人道别。各归其所，不在话下。
郑芝龙办完颜思齐的丧事后，就正式走马上任，在他当值期间，竟比颜思齐更有能耐，更善于经营和扩张自己的生意。商会势力不断壮大，很快就成为东南沿海的商业巨头，并且逐步将触角伸向高丽、琉球半岛、菲律宾、马来西亚、扶桑等地。自此郑芝龙以台湾为根据地，收购江南一带的珍奇异物，并贩卖到琉球、朝鲜、真腊、占城等地，由此推动了海峡两岸大规模的贸易活动。并且他还将运回来的珍稀尤物，珠宝奇货，贩至上海、北京、留都（南京）、苏杭、港澳等地销售，然后，又带上土特产运往外洋。国人看不上眼的土货，而洋人却十分喜爱，因此这些土特产在国外的销售非常好，并且利润也非常高。在郑芝龙的这种经营方法下，商会的实力进一步扩大。而郑芝龙也知道，只有自己的实力足够大了，才能够尽快地将妻儿接回到身边来。
自立门户的郑芝龙，不断招兵买马，继续扩大势力。先后合并了当时台湾的其他汉人的武装力量，又从大陆招募人员到台湾，并从福建招揽来郑兴、郑明、杨耿、陈晖、郑彩等部将。他把部下分设为参谋、总监军、督运监守、左右谋士等官衔，进行有效管理，建立了初具规模的郑氏地方统治政权，成为当时闽海上最大的武装集团。然而，正当郑芝龙全力扩张势力、威名远扬的时候，明王朝对此却也高度重视起来。后来，由沿海官员上奏了朝廷，说郑芝龙的商会是海盗组织，严重损害了皇威，并且给国家的财政收入带来了很大的影响。然而，由于当时朝廷已经非常腐败，皇帝不分青红皂白，就视他为海盗，并且还降旨要加以剿灭，扬言靖清海道。然而，这么多年来的磨炼，已使得郑芝龙非常的勇敢，根本就没有害怕朝廷这样的威胁，朝廷的做法反而更加激起总会商人的不满和反抗。此时郑芝龙实力已经相当强大了，俗话说，有兵就是胆，此时的郑芝龙竟似当上了东海龙王，率领虾兵蟹将与朝廷水师要比个高低。
在第一次的大规模较量中，朝廷的水师被郑芝龙击溃，伤亡惨重，很多官兵落荒而逃，而且有的士兵投向郑芝龙。在接下来的时间里，朝廷又多次派兵征剿，然而，每次都是无功而返。郑芝龙的部队在多次的抗剿过程中，表现出了杰出的水上作战能力，声望越来越高。特别是两大战役之后，郑芝龙更是威震寰宇。这两次战役一次是对驻扎在金门的卢毓英作战。卢毓英原是名将戚继光手下的一员虎将，在清剿倭寇的时候，骁勇善战，杀敌无数，几经沙场，不曾败过，是地道的常胜将军。正是因为这些，他根本就没有把郑芝龙放在眼里。于是，他们轻敌冒进，欲一举歼敌。然而，好梦难圆，他们中了郑芝龙的埋伏，被一击而溃，连卢毓英本人也被郑芝龙活捉，最后只得低下高昂的头颅，做了俘虏。但郑芝龙不把他当俘虏看待，念其昔日剿倭有奇功，视为座上宾，还口口声声称其为剿寇英雄，礼貌有加，盛情款待还惶恐招待不周，歉然抚慰一番，然后释放还营。另一次与俞大猷的儿子俞咨皋交战，这又是一场龙虎斗。朝廷出动了金闽水师，当时这支水师也是心高气傲，仗着人多就咄咄逼人，并且由于这些将领都急于立功，所以急躁冒进，犯了很多的兵家大忌。郑芝龙看到朝廷水师来势汹汹，并没有感到畏惧，而是非常镇定。郑芝龙之所以能够做到临危不乱，一方面是他对自己的实力和朝廷的水师实力都非常清楚，可谓是知彼知己，并且早有防范，再者郑芝龙善于打心理战。虽郑芝龙兵悍将勇，但总是先礼后兵，赢得众人同情，将士士气自然高昂。当战斗打响后，郑芝龙亲临前线指挥。他是个不畏强暴的人，越是面临强敌，越能沉着勇敢、机智顽强。结果，俞咨皋大败，金闽水师受到重创，在短时间里很难再出战了。这几场大战下来，郑芝龙给明王朝以沉重的打击，震惊朝野。一时间，朝廷上下无人再敢提征剿之事。
这两次战役下来，明朝廷开始不敢小觑郑芝龙，明朝大小官员莫不认为郑芝龙是个不可多得的将才。与这样的将才硬拼，朝廷还真的拿他没办法，于是假惺惺派熊文灿前去劝降。其实郑芝龙也早有归顺朝廷的想法，他尽管拥有雄厚的财力，也有相当的军事实力，但在政治上始终没有地位，在世俗和官府的眼中，他只不过是一个海盗头子。他认为只有去朝廷做官才是归宿，才能光宗耀祖，才能赢得天下人敬仰。郑芝龙曾私下派心腹部将对明军的将领们说：“苟得一爵相加，当为朝廷效死力。东南半壁可高枕矣。”崇祯元年（1628）八月，在泉州知府王猷的建议下，福建巡抚熊文灿派卢毓英对郑芝龙进行招抚，郑芝龙在平服内部的反对势力后，随即向明廷投降。朝廷封了他一个“游击将军”的空头衔。于是，郑芝龙离开了多年经营的海上贸易根据地台湾，转而坐镇东南沿海一带，这时他已有部众数万、船只千余。后来，郑芝龙方才明白了朝廷的用心，但事已至此，身不由己了，也就来了个将计就计。于是，他打着“游击将军”的旗号，据守台湾海峡，霸占一方水域，对来往的商船勒令其纳税。当时，清军日益强大起来，不断向南推进。明朝自身难保，岌岌可危。郑芝龙趁此国势大乱的时机，大禁海运，并加强了对海运的管理，凡没有郑芝龙旗号的船只一律不允通航，郑芝龙一手控制了海上贸易和营运。这样一来，所有过往船只不论是什么性质的，一律必须办证，并规定每只船年抽税二百两纹银。仅凭此一项收入，就富可敌国。
郑芝龙的财富究竟有多少，无法计算。他见家道兴旺，便大兴土木，建起了“龙宫”，当时人称之为“海城”。从这个称谓看来，足见郑府的规模大得惊人。曾有诗这样写道：
巍峨宏丽胜皇宫。
镶银砌玉琼楼中。
万方捧来海中术，
百世英雄郑芝龙！
这里的“海城”是一座水上建筑，水道直通马江，水陆畅通无阻。这里是指挥海上运营、贸易的中心，也是指挥海军的重地，更是郑氏家族崛起南疆的标志性建筑。
有了这么多的钱财，郑芝龙也没有让它闲着，他以政府名义扩大队伍，消灭了在东南沿海与他势均力敌的大海盗李魁奇，打败了杨六、杨七、刘香等几股海盗。这样，就吞并了海上贸易的竞争对手。郑芝龙对荷兰侵略者也进行了英勇而巧妙的斗争，得到了明政府的嘉奖，更扩大了自己的威望。很快便拥有一支庞大的水师这支军队远远超过了明朝的水师实力。据云他的水师舳舻千里，人数逾万。及至明崇祯三年，国难更重，天不佑人，不是干旱便是水涝。天灾加上人祸，使百姓走投无路，苦不堪言。福建总兵熊文灿，对乱糟糟的时局无力施治，出面请郑芝龙帮助。郑芝龙乐于做善事，把数以万计的灾民用船运往台湾，每人发给半年生活费，三户发给一头牛，自带农具，勉励灾民开垦自救。这一举措深得百姓拥护，灾民很快行动起来，在台湾各地垦田造房，开路修渠，勤耕细作，初得温饱。年岁好的时候，仓中有贮粮还不忘纳税给郑芝龙。郑芝龙经营台湾便从此时开始。在台湾历史上，郑芝龙是组织大规模移民的第一人。对灾民们来说，郑芝龙的行为功德无量；对明朝政府来说，郑芝龙替朝廷排忧解难，表现出了忠心；对郑芝龙个人来说，当然是财源滚滚，名利双收。
明崇祯六年（1633）七月十三日，荷兰人为迫使明朝开放贸易，对大陆沿海地区发动突袭，击毁了大量明军船只，其中也包括郑氏的船只，这让郑芝龙十分震怒。随后，他以火船冲击荷兰巨舰，烧柞木船对付高大夹板船。通过两次大规模海战，使荷兰侵略者再也不敢像以前那样猖狂侵犯东南沿海了。
崇祯六年（1633）十月二十二日，郑芝龙会同闽、粤两省水师进行反击，在金门料罗湾大败荷兰人，焚毁了四艘大型的荷兰大夹船，缴获了一艘，烧死、生擒大批荷兰人，这是数十年间明王朝在海上从未有过的大胜利。不久，郑芝龙再次于福建湄州湾打败前来骚扰的荷兰人，焚毁多艘荷兰船舰。荷兰入侵者从此在福建境内绝迹。因战功显著，郑芝龙升任福建总兵，同时也取得了东南沿海的制海权，合法地掌控了东西洋贸易运作，连荷兰殖民者也被迫与郑芝龙修好，表示今后不再强行前往福建进行贸易，改由郑芝龙派船到台湾进行贸易。至此，郑芝龙一统东南海面，成为名副其实“闽海王”，在这片海域上，再也没有什么力量与他抗衡的了。郑芝龙由最初的一个无名小卒到最后成为闽中之王，仅仅用了26年的时间。这些巨大的成就也为后来郑成功的发展打下了坚实的基础。