三是任德任刑问题。武帝问：周之成康，刑罚不用，四十余年，囹圄屡空；秦人用严酷之刑，死者甚众，却奸邪不止。其故何也？董仲舒日：周前有武王行大义，有周公制礼乐，到成康时才出现刑措不用的局面，“此亦教化之渐（浸润）而仁义之流（风化），非独伤肌肤之效也。”秦朝则不然。“师申商之法，行韩非之说”，不行五帝三王之道，以贪狠好战为俗，又没有文德教训于下。于是在上者贪得无厌，在下者风俗浇薄。再加之任用“残酷之吏”，聚敛无度，民失其业，“群盗并起”，因此刑虽重而奸不息，此乃“俗化使然也”。
四是现实问题。武帝问：我注意农本，任用贤人；亲耕籍田，劝孝崇德，问勤恤孤……为了天下真是夙兴夜寐，“尽思极神”了，但“功德休烈”并未实现。“今阴阳错谬，氛气充塞；群生寡遂，黎民未济；廉耻贸乱，贤不肖混淆”。其因何在？董仲舒认为其因有三：一日“王心未加”，二日“士素不励”，三日“长吏不明”。前者说的是指导思想，“王心”即王道，亦即儒学的仁义之道，言武帝虽则兢兢，但未从仁义之道出发，人民未普遍受其恩泽，难以成就“功德休烈”。
后二者讲教育和选举问题。他说，皇帝一心求贤固然可佳，但是士人未加教育，士行未加砥砺，上哪去求贤呢？“不素养士而欲求贤，譬犹不琢玉而求文采也。”因此常是朝廷有求贤之诏，而郡国却无贤可荐。于是董仲舒重申：“兴太学，置明师，以养天下之士；数考问以尽其才；则英俊宜可得矣。”郡守和县令是民众的师长表率，起着承德宣化的作用。如果师帅不贤，主上的德就得不到宣扬，恩泽得不到流布。现在的守令不但不能起教育作用，有的还不奉行天子的法令，暴虐百姓，与奸人为伍，使贫苦人民流离失所。阴阳错谬，氛气充塞，群生寡遂，黎民未济，都是“长令不明”造成的。董仲舒进而将矛头直指当时的官制：汉代官吏的来源主要有“郎选”、“任子”和“资选”。郎选，即皇帝近卫侍臣到期迁官；任子，二千石（高干）可恩前子弟为官；赀选，即有钱人以钱买官做。这三种形式的任官都不考虑实际才能和品行。他揭露说：“夫长吏多出于郎中中郎，吏二千石子弟选郎吏，又以富货，未必贤也！”加之官吏的升擢又是论资排辈，“累日以取贵，积久而致官”，其结果自然是“廉耻贸乱，贤不肖混淆”了。于是他提出“岁贡贤才”“量才授官”两策。要列侯、郡守、二千石，每年荐贤两名以供宿卫；并以此考察大臣的贤否，如果所荐贤能则有赏，不贤则有罚。这就迫使大臣们以求贤识贤为事，天下之奇士就可得而使了，遍得天下之奇士，天下何愁不治！同时，在官员升擢上，董仲舒疾呼：“毋以日月为功，实试贤能为上。量才而授官，录德而定位。”这就使贪与廉、贤与不肖判然两途，皎皎易识了。
第三策第二策在意识形态上调合孔老，而归宗儒本，这反映黄老思想在西汉流行数十年之后给儒者造成的畏惧心理，因为辕固生下圈斗彘、赵绾王臧下狱至死的殷鉴不远；同时这也是董仲舒多年潜心研究诸子百家、悉心融合儒道之学的学术成就。他对西汉宫制的抨击，也深中时敝。但是，他把西汉社会未臻大治的原因归结为教育和吏制的失误，这未免太简单化了。在武帝看来，其调和孔老有似于模棱两可，其论世事又不深不透，自然不能让急刷新政体、力矫时敝、雄心勃勃的少年天子满意。于是三降纶音，重申天问。在策文中，武帝责问董仲舒对策“文采未极”、“条贯未尽”，说理囫囵，欲言又止，难道是对“当世之务”有所顾虑，对“王听”有所怀疑么？要他就“天人之应”、“古今之道”与乎“治乱之端”，“悉之就之，孰（熟）之复之”，透辟说来，不要有任何顾虑。对于天人问题，董仲舒进一步申明“天人感应”说，认为天是“群物之主”，包润万类，无不容纳。“故圣人法天而立道”：春者天之所以生也，仁者君之所以爱也；夏者天子所以长也，德者君之所以养也；霜者天之所以杀也，刑者君之所以罚也。天有春生夏长冬杀，人也有仁慈德爱刑罚，天有是理，人有此行，这就是“天人之徵”。关于古今之道，汉武帝问日：“或谓久而不易者道也”，何“三王之教所祖不同，而皆有失”，是不是道也有不同？道也有弊端呢？言下之意：有没有一个万古不变，百世奉行，而又有利无弊的经常之道呢？对此，董仲舒作了肯定的回答，提出了影响千载同时又是毁誉不一的著名哲学命题：“道之大原出于天，天不变，道亦不变！”对这一命题，学者多认为是形而上学的思想方法。其实董仲舒也强调变化，他曾说：“譬之琴瑟之不调，甚者必解而更张之乃可鼓也；为政而不行，甚者必变而更化之乃可理也。”这就是“更化”。
由上可见，尽管董仲舒的言论中，人神糅杂，但其着眼点还是在于现实世界中的人与民。表面上或形式上，天贯串一切，骨子里贯穿的还是儒家传统的人文主义及“民本”思想、道德精神。可以说，董仲舒思想的根本性质是经学而不是神学，不过它“附以天意”，糅杂着神秘主义内容，具有神秘主义形式罢了。他是以“天”为神秘形式，以“人”、“民（心）”为真实内容，从“人”与“民（心）”出发，“附以天意”，到“人”与“民（心）”归宿。至于《春秋》，则是他的思想资源、依据与宗趣的经典形式。“天”，《春秋》，“人”与“民（心）”，在《天人三策》中，是合而为一，分而为三，是它天人感应论的思想体系的基本骨架或称基本结构。换言之，它的思想体系是以“天”、《春秋》、“人”与“民（心）”三个支点搭起的三角结构。简化地说，是以“天”与“人”互为表里，“天”与“人”是通过“流通而往来相应”即感应关系结为表里的。如果，我们用天道或天治主义来概称它的思想体系，那么，这个天道或天治主义其实是其形式特征，实际内容是由神秘主义、儒家的人文主义及“民本”思想和道德精神组成的。
至于董仲舒“附以天意”，并非以鼓吹王权“天”授为主要目的，他的本意恰恰是要以此来警诫人君，限制、约束和规范君权。他并不认为居王者之位，就有王者之实，必须正名。所以做人君的，只有先正心，奉行天意，任德而不任刑，宜民宜人而达到德侔天地，才名副其实。他要表达的意思是：受命之符并非凭空而降，即所谓的合法性合理性并非无缘无故地自然产生，而要王者去向“天”，实际上是向“万民”、“人心”、“民心”去求取。事实上，在至高无上的君权面前，用天意来警诫、谏说君主，限制君权，也许是最有根据的，是比较可行的，容易奏效的。这是天人感应论的一个现实意义所在。董仲舒面对的现实是皇权至高无上的君主集权制度，这个条件他无法选择。他是希望用儒学家的理性，用儒家传统的民本思想和道德精神输入并调整、改造秦汉君主制度的内部结构，限制和规范皇权，从而使社会政治局面长期维持合理的稳定。
总之，董仲舒在《天人三策》中为汉武帝设计和描绘了一幅天人合一、阴阳调和、君民洽乐的社会均衡图及统治方策，把汉武帝的施政大纲和远景规划神圣化、理论化、具体化，甚至可以说同时也伦理道德化了。董仲舒的思想可以说代表着武帝一代的思想。
武帝看了董仲舒的对策，还觉得意犹未尽，复下诏问道：“夫三王之教所祖不同，而皆有失，或谓久而不易者道也，意岂异哉？”
董仲舒复对日：臣闻夫乐而不乱复而不厌者谓之道；道者万世亡弊，弊者道之失也。先王之道必有偏而不起之处，故政有吒而不行，举其偏者以补其弊而已矣。三王之道所祖不同，非其相反，将以救溢扶衰，所遭之变然也。故孔子日：“亡为而治者，其舜乎！”改正朔，易服色，以顺天命而已；其余尽循尧道，何更为哉！故王者有改制之名，亡变道之实。……道之大原出于天，天不变，道亦不变，是以禹继舜，舜继尧，三圣相受而守一道，亡救弊之政也，故不言其所损益也。由是观之，继治世者其道同，继乱世者其道变。
最后，董仲舒向武帝提出了“罢黜百家，独尊儒术”的建议：
《春秋》大一统者，天地之常经，古今之通谊也。今师异道，人异论，百家殊方，指意不同，是以上亡以持一统；法制数变，下不知所守。臣愚以为诸不在六艺之科孔子之术者，皆绝其道，勿使并进。邪辟之说灭息，然后统纪可一而法度可明，民知所从矣。
武帝被董仲舒的高谈阔论说服了，终于下定决心，罢黜百家，独尊儒术。