太子向东逃到湖县，隐藏在泉鸠里。主人家境贫寒，只能靠织卖草鞋来奉养太子。有一位太子以前相识的人在湖县居住，据说很富有，太子便派人去叫他，因此而走露了风声。八月辛亥，地方官追捕太子。太子自己估计难以逃脱，便回到屋中，紧闭房门，自缢而死。前来搜捕的兵卒中，山阳男子张富昌用脚踹开房门，新安县令史李寿跑上前去，将太子抱住解下。主人与搜捕太子的人拼斗而死，一同遇害的还有两位皇孙。
对于太子之死，汉武帝非常伤心。官吏和百姓以巫蛊害人罪相互告发，但经过调查发现多不属实。此时汉武帝也已知道太子刘据是因被江充逼迫，惶恐不安，才起兵诛杀江充，并无叛国的意图。正好守卫汉高祖祭庙的郎官田千秋又上紧急奏章，为太子鸣冤说：“作儿子的擅自动用父亲的军队，其罪应受鞭打。天子的儿子误杀了人，又有什么罪呢？我梦见一位白发老翁，让我上此奏章。”汉武帝于是幡然醒悟，召见田千秋，对他说：“我们父子之间的事，一般认为外人难以插手，只有你知道中间的不实之处。这是高祖皇帝的神灵派您来指教我，您应当担任辅佐大臣。”立即就任命田千秋为大鸿胪，田千秋虽没有其他的学识、功绩和阅历，只是因为一席话让天子醒悟，几个月的时间就取代宰相封为富平侯，这是史无前例的。
后来汉朝的使者出使匈奴，单于问使者：“听说汉朝新拜丞相，为什么用他呢？”使者说：“因为他上书谈论非常事变，所以被拜为丞相。”单于说：“如果像这样，丞相的设置不是任用贤士，随便一个男子上书就能得到啊。”使者返回，把单于的话转述给皇上。武帝认为使者有辱使命，便交给官吏审讯，过了很久，才把他释放。
田千秋为人忠厚有智谋，比前几位丞相都称职。汉武帝下令将江充满门抄斩，将苏文烧死在横桥之上。对太子动武的人，最初被任命为北地太守，后来也被满门抄斩。汉武帝顾惜无辜遭害的太子，便特修了7一座思子宫，又在湖县建了一座归来望思之台，天下人听说后，都很悲伤。
巫蛊之祸并未因太子刘据的自杀告终，征和三年（公元前90年），内者令郭穰又上告丞相刘屈氂的夫人也从事巫蛊活动诅咒皇帝，并且刘屈氂还与贰师将军李广利一起祈祷祭神，打算立昌邑王刘髆为帝。经过调查验证后，定为大逆不道罪。六月，将刘屈氂游街示众，以腰斩之刑处死，其妻小在华阳街枭首示众，并将李广利妻小也逮捕入狱。李广利当时正率军与匈奴作战，闻讯后，便投降了匈奴，武帝知道后又把李广利的宗族灭掉，巫蛊之祸的影响甚至远及汉朝边地。
巫蛊之祸，不仅仅是一场涉及汉武帝家族的家庭惨祸，也是封建国家的一场内乱。短时间内，上至皇后、太子、公主及公卿百官，下至兵吏百姓，有数十万人被无辜杀害，当时统治之腐败、政治之黑暗前所未有。作为一代雄主的汉武帝，其迷信愚昧、猜疑残忍的一面，给家庭和社会都带来了一场灾难。
汉武帝在位期间南征北战，汉帝国的疆土得到空前拓展。但由于长年的用兵，军费开支之大和人民负担之重也是前所未有的，武帝即位不久，派严助、朱买臣等招徕东瓯，打击两越，江淮地区百姓劳役因此更繁重；后又派唐蒙、司马相如通西南夷，通道凿山千余里，巴蜀之民疲惫不堪。
彭吴奉命开通秽貊、朝鲜道，设置沧海郡，燕齐之间人们怨声载道。及马邑之谋后，汉朝征战匈奴，战争不断，各地都要为此负担前所未有的庞大的兵徭费用。如元朔年间，卫青率兵出击匈奴，夺取河南之地，武帝为了修朔方城征发了十万民众，所需漕粮转运遥远，连山东地区都受其劳，费用达数十万至百万巨，国库都因此空虚。以后四年，卫青率十万之众连年打击匈奴，光赏赐有功将士就用掉二十多万斤黄金，另外汉军士兵马匹死亡十余万，兵甲漕粮转运也需巨额费用。霍去病后来攻击匈奴获胜，汉军赏赐有功将士，当年费用又为百余万。武帝前后四十多年，大小战役不计其数，军费开支耗费巨大。
除了战争费用数额巨大外，武帝还喜欢巡游，大兴土木，寻求神仙和不死之药，迷信鬼神，多次封禅泰山，宫廷的开支也异常庞大。元丰元年（公元前110年），武帝至朔方阅兵，巡行一万八千里，沿途所用赏赐用帛就多达百万匹。为使方士栾大入海求得仙方，武帝将公主嫁与栾大，仅陪嫁就送了十万斤黄金。所有这些不仅加重了人民的负担，而且把文景以来所积财富耗费殆净。
武帝时期不断出现天灾人祸。大批农民因水旱蝗等灾而致死或流亡。如元光年间，黄河两次决口，水患遍及数十郡。元鼎年间，山东连年歉收，又有水雹灾荒，饿死数千人，逃亡的越来越多。元封年中，仅关东地区受灾流民就达二百万。
流民的存在，使得社会动荡不安，加上地方官吏横行暴虐，农民起义此起彼伏。到天汉二年（公元前99年），武装起义遍及东方各郡，大群的有数千人，他们攻下城池，夺取武库兵器，放出监狱死囚，羞辱、斩杀地方官吏；小股的数以百计，拦截道路，攻掠乡里。武帝曾派御史中丞、丞相长史等中央官员到郡县督察镇压，农民起义依然不断发展。武帝又改派光禄大夫范昆、原任九卿的张德，以及暴胜之、王贺、江充等为直指绣衣使者，他们手握生杀大权，对起义者更是大肆屠戮，有时一郡就有一万多人被杀，连给起义者提供过饮食的农民也不放过，受牵连被杀的又有数千人。官吏们以多杀为能事，杀人少的还要受到处分。屠杀政策并不能消弥农民的反抗，起义者又化整为零，在山林川泽中分散活动。
为了督促官吏对起义者的镇压，武帝颁布了严厉的“沉命法”，规定凡不能及时发现起义农民和发现后捕杀不能达到规定指标者，地方各级主管官吏都得处死。这样一来，地方小吏害怕被杀，发现农民起义也不敢上报，郡守、国相担心自己受牵连也不愿他们上报。汉王朝社会危机四伏，农民起义越来越多。
武帝晚年，严重的社会危机和不断的个人挫折，促使他开始认真反省，终于有所觉醒。征和四年（公元前89年）三月，武帝对大臣们说：“朕自即位以来，办了许多昏悖之事，使天下民众忧愁穷苦。自今凡有伤害百姓、浪费天下财物的事情，一律撤除！”不久，武帝便接受田千秋的建议，遣散了候神求仙的方士，表示再不受方士们的蛊惑。
后来，搜粟都尉桑弘羊与丞相、御史奏道：“轮台东部有能灌溉的农田五千顷以上，可派屯田士兵前去屯田，设置校尉三人分别掌管，多种五谷；由张掖、酒泉派骑兵下级小吏但任警戒；招募民间强壮有力、敢于远赴边塞的人前往该地，开辟荒地，灌溉良田，逐渐修筑亭燧，城池向西相连，用以威慑西域各国，辅助乌孙。”