1836年，林则徐署理两江总督兼管两淮盐政，开始将视线转移到混乱不堪、上下交病的盐政中。
在盐务管理上，清代沿袭明朝做法，规定食盐划区销售，并设置专门的行政机构来加以管理。到了清代中期以后，盐政日趋腐败，再加上清廷由于财政日益枯竭而不断加重盐税，致使盐价与日俱增，民不聊生。于是，私盐横行，官盐滞销，清廷的盐税收入随之剧减。例如两淮曾是清代最大的产盐区，其盐税约占全国的一半，但是到了道光年间，两淮盐商却早已风光不再，原本他们每年应行销纲盐一百六十多万引，但到了1830年的时候，却仅销售了五十多万引。
面对盐政沉疴，清廷焦急万分，却束手无策。其实，早在1820年，包世臣就已经提出改行票盐的建议。1832年，在魏源、包世臣等人的协助下，陶澍战战兢兢地着手改革盐政。他先在淮北试点，废除纲盐陈规，实行票盐制度。按照规定，盐商只需依法缴纳盐税，就可以贩取盐票，自由贩卖。这样既打破了盐商的垄断，又简化了贩运的手续，盐商们自然都乐于经营，国家盐税也因此而大增。
盐票制度符合价值规律，又活跃了盐业市场，极大地方便了人民的生活，因而受到百姓的普遍拥护，其经济效益也颇为可观。自推行票盐制度之后，据记载，短短五年时间，淮北“六次奏销二百万多引。除带完残引外，而且带完淮南盐税二十万引，为从来未有”。
对于陶澍的盐政改革，林则徐予以大力支持。他不仅在淮北积极推行票盐制度，同时还密切关注京城那些反对者的意见，从中吸取合理的部分。这种实事求是的做法，值得后人借鉴。
与此同时，林则徐对货币问题进行了认真的研究和探索，并提出了一些独到的见解和措施。
道光年间，鸦片输入激增，白银外流加剧，严重干扰了我国正常的金融秩序，导致了银贵钱贱的局面。这直接影响了人民的正常生活，并严重危及清廷的财政收入。于是，朝野内外许多人都呼吁封关禁海、禁用洋钱，以遏制白银外流的现象。然而，在经过与陶澍等人的认真研究后，林则徐领衔上奏清廷，提出严禁鸦片、自铸银币的正确主张。他认为造成国困民穷、白银外流的万恶之源是鸦片的大量输入。他认为“鸦片以土易银，真可谓之谋财害民”，觉得贩卖鸦片等于是拿泥巴来换取银子。所以，他坚决反对封关禁海，“所杜绝者，唯在鸦片”。
林则徐认为禁用洋钱是行不通的，因为洋钱在我国市场上已经广泛流通，特别是在江南等商业发达的地区，使用洋钱比白银还要多，所以如果禁用洋钱，就必然会影响商品交换，妨碍民间的货币流通。当然，他也并不主张让洋钱任意增值，那同样也会妨碍民间合理的流通，不利于人民生活。
因此，林则徐便主张自铸银币来取代洋钱。他建议，在开始使用银币时，不必排斥洋钱，但需要对其价格加以必要的限制。这样，就可以慢慢地将洋钱逐出中国市场，从而保持我国货币的稳定。显而易见，这种要求是建立在支持本国银本位货币制的正确主张之上的，与那种闭关锁国的封关禁海谬论自然不可同日而语。
在治理水患和整顿盐务的同时，林则徐还从百忙之中抽出时间去检阅湘、鄂两省的军队。1838年5月30日，他调集武昌、汉阳等湖北官兵进行操练。8月27日，他马不停蹄地来到岳州，视察湖南的军队。紧接着，9月1日，他会同湖南巡抚讷尔经颜一起去长沙。9月4日和9月5日，他又接连奔赴衡州、常德等地，沿途一共校阅了三十二支湖南的军队。
在巡视军队的过程中，他万分震惊地发现军队中已经有不少官兵染上了吸食鸦片的恶习，他们一个个都变成了名副其实的“双枪将”。这样的一支军队又怎能担当保家卫国的大任？所以，林则徐下令严禁官兵吸食毒品，一经发现，严惩不贷！他还制定了官兵连坐制度，坚决制止烟毒在军队中蔓延。