1832年7月，林则徐调任江苏巡抚。江南水乡，河网密布，经济发达。这里既是全国最富庶的地区，也是各种矛盾最集中的地方，如田赋漕粮、农田水利、赈灾安民等，不一而足。这些老大难的问题，犹如洪水猛兽一般，无不令人望而生畏。然而，它们所阻挡的永远都只是弱者的脚步。林则徐并不是弱者，接旨后，他毫不犹豫地赶往苏州就职。
就在这时候，“胡夏米事件”发生了。胡夏米，本是英国东印度公司的一名职员。长期以来，他一直驾驶着“阿美士德”号船在我国东南沿海一带窥探，无视中国主权。林则徐命人将其驱逐。
胡夏米事件后，林则徐赴江宁视察当地的乡试工作。很快，他便发现这里问题重重，不但考生进场秩序一片混乱，而且考场作弊的现象也十分严重。此外，部分考官在阅卷时马虎草率，敷衍了事。
针对这些不良现象，林则徐首先张贴考生名单，安排他们分期分批依次进入考场。同时为了整顿考风、严肃考纪，他还规定：“除策学原引语句毋庸议外，其四书经文雷同至三行以上者，正途贡监生员，照考案事例依次降等，罚令对读；若系俊秀监生，以后不许应试。至全篇雷同抄袭者，毋论正途俊秀，概行斥革，永不准考”，命考官在阅卷时，如果发现考生的答卷有雷同现象，轻则降低他们的成绩等次，重则罚其终生停考。
林则徐延长阅卷期限，使考官有充足的时间来阅卷。他还制订了详细的阅卷守则，供考官遵守。等成绩揭晓之后，林则徐亲自一一予以复核，并坚决处分那些敷衍塞责、误人子弟的考官。不仅如此，林则徐还亲自过问考试的后勤保障工作，甚至连厨房里的粥饭，他也要去亲自品尝一下。经过这番卓有成效的制度改革，考场面貌焕然一新，考官、学生、差役无不交口称赞，深表钦佩。
林则徐上任不久，江南一带就遭遇了一场旷日持久的旱灾，骄阳似火，大地龟裂。林则徐一边上报灾情，一边召集当地的官员、士绅商议办法。林则徐说：“如今灾情严重，影响秋收，请大家帮忙捐助些银两，在苏州分几处赈灾，这样就能使百姓不会因饥寒而走上邪路了。”但官员们一个个唉声叹气，叫苦连天，不肯捐助。
怎么办？林则徐眉头一皱，计上心来。他决定于八月初一至八月初三在苏州玄妙观求雨。在这三天之内，各位官员、士绅都要斋戒沐浴。等到初三卯时时，大家一起到玄妙观为民祈福，对天求雨。
初三这一天，那班士绅们都准时到达。他们看见高高的露台上一群道士在那儿装模作样地求雨，露台下面早已铺满了一片片的芦席，在等着他们。大家只好依次在芦席上坐定，跟着林大人一起求雨。
道士们在露台上吹吹打打，哼哼唧唧，忙得不亦乐乎；士绅们暴晒在炎炎的烈日下，汗流浃背，如坐针毡，但是他们看见林大人同样坐在席子上，又不敢动弹半分。
快到晌午时，一个小差役来报：“大人，老百姓从西津桥送来了一担灾情水。”
“快分给各位尝一尝。西津桥本是水乡地区，如今也吃这些泥浆水了。”林则徐说完，先饮了一杯。这班士绅看见林大人先喝了，谁还敢说半个不字？他们只好硬着头皮喝下了泥浆水。不一会儿，就有人开始呕吐了。林则徐吩咐差役看看每个人面前呕吐的是什么东西，众人一看，只见这些绅士们吐的都是些鸡鸭鱼肉。这一下事情可闹大了，只见林则徐把脸一沉：“我曾发出告示，要你们斋戒三天。老百姓现在没吃没喝的，可你们吃的是什么，吐的又是什么？”一阵沉默之后，林则徐接着又说道：“你们这是在为民求雨吗？我要把今天的情况奏明皇上，看他怎样发落！”那些士绅们一个个被吓得面如土色，急忙要求大人开恩，并自愿捐米捐钱。
其实，林则徐本来就只是想让大家捐些钱米出来，赈济灾民，现在一看自己的目的已经达到，于是他就顺水推舟，将这一场“求雨”风波化解过去。苏州的灾荒，最终还是平平安安地度过去了。
9月15日，桃源县监生陈端等人盗决黄河大堤，引水抗旱。谁料，河水一泻千里，地动山摇。淮阳一带首当其冲，灾情最为严重，滚滚洪流迅速殃及漕运。噩讯传到北京后，道光帝极为震怒，他命令林则徐火速查明此案，限期缉拿凶犯。于是，林则徐等不及考试结束，便日夜兼程，赶往清江浦，处理各项棘手事务。然而，此时首犯陈端早已远走高飞，逃之夭夭了。不久，陶澍、穆彰阿先后来到清江，接办此案。道光帝一怒之下把林则徐连降五级，留职察看。
由清江返回苏州后，林则徐顾不得鞍马劳顿，立即着手整顿江苏漕政问题。林则徐决定先从“杜亏”入手，他严令各州县限期清理钱粮上报，坚决杜绝那种“欠陈账，借新账，账账不清”的不良现象。为了避免矛盾激化，他提出了一条“严于提新，缓于补旧”的折中方案。为了减轻农民的负担，他还创造了一种暗减漕粮的方法：在通常情况下，农田总会存在百分之二十到三十的歉收现象，对于那些歉收土地，林则徐就奏请减缓税收，这样一来，农民们每年缴的漕粮实际上只占总亩数的七八成，其余的则逐年延缓。这一方法既减轻了农民的负担，也缓和了社会矛盾。
长期以来，改革漕政之声虽然一直不绝于耳，但各种弊端却犹如魔鬼附体一般，始终与漕政形影不离。为了从根本上解决这一难题，林则徐早在翰林院时就开始研究清廷的漕运问题了。随着研究和实践的深入，他逐渐摸索出一套科学的改革方案。
首先，他认为治“漕”的根本措施在于治“水”，也就是要加强保护黄河上游的植被，防止水土流失，从而避免因泥沙淤积而抬高下游的河床，然后再顺着水势改黄河由故道入海，这样就可以一劳永逸地根除因黄河、淮河决口而殃及漕运的灾难了。
其次，在治水的同时还要治田，因为治水仅是手段，治田才是目的，只有标本兼治，在京畿地区兴修水利，种植水稻，做到粮食自给，才可以真正解决漕运问题，进而彻底消除漕运弊端。
毫无疑问，这些远见卓识对发展北方农业生产、缓和社会矛盾、增加财政收入都具有积极的现实意义，甚至时至今日，这一切对于我们维护华北地区的生态平衡以及构建和谐社会，仍然具有一定的指导意义。然而，这一切在当时却根本不可能付诸实践，且不说道光帝缺乏战略眼光，单是自上而下的那些贪官污吏们，就足以让林则徐寸步难行。皮之不存，毛将焉附？漕运问题一旦得以解决，他们的一己私利也必将付诸东流，这当然是那些奸戾小人所不愿看到的。于是，在实际工作中，林则徐也只能“补偏救弊”，或者是做些“补救外之补救”的事情了。
由此，我们可以清楚地看到晚清那种腐败不堪的封建统治决定了其江河日下的必然趋势，而这一切又岂能是某个杰出的历史人物所能遏止的呢？
1833年的夏天，江淮一带又暴发了特大水灾，沿江州县十有七八被水淹没，灾情十分严重。林则徐奔赴灾区，紧急安排赈灾工作，并擅自动用田税银两来抚恤灾民，以解燃眉之急。苏南地区更是祸不单行，水稻在灌浆期已经遭遇阴雨天气，结下了“暗荒”的苦果。谁知，等到秋后收割时，又遭遇持续五昼夜的瓢泼大雨。结果，那些来不及收割的稻子全部被水淹没，已收割的稻子又因为得不到日晒而发芽霉烂了。农民们欲哭无泪，但官府却照样搜刮不误。
面对灾情，林则徐寝食难安，苦苦思索着解决办法。最终，他毅然决定上书朝廷，恳请皇上减轻农民负担，救民于水深火热之中。谁知却遭来道光帝的一通严厉斥责，说他“不肯为国任怨，不以国计为亟”，“只知博取民誉”，批评林则徐只知道徒务虚名，却不愿意为国分忧。道光帝还密令陶澍一定要严查此事。得知这一消息之后，林则徐即刻给陶澍写了一封信，向他陈述严重的灾情，并希望得到他的支持。在林则徐的精神感召下，陶澍也奋不顾身地上奏道光帝，支持林则徐的主张。最终，道光帝权衡再三，还是同意了林则徐的意见。江苏各地的老百姓听说后，无不奔走相告，争相传颂林则徐的大恩大德。从此，林则徐为民请命的故事在江苏百姓中广为流传。
在紧急救灾之后，林则徐又立马着手赈灾。为了克服过去赈灾过程中的那些弊端，他提出办赈“以稽核户口为第一要义”，并坚持做到“户必亲填，人必面验，票必亲给”，而且“查完一户，即以油灰书其门首；查完一村，即将户口榜诸通衢，俾人人共闻共见”，也就是说，每查完一户人家，他们就会用油灰在其门头上标注记号；每查完一村人口，他们就会在大道旁张榜公示，让大家都能看得见。为了赈灾，林则徐还在苏州衙门后面修建了十间义仓，储藏义米。创设义仓是一大善业，因此一建成，便得到了当地士绅的大力捐助。据说，在义仓建成后的头三天，就已经进粮两千九百多担。
林则徐的办法有利于稳定灾区的社会秩序和农村的休生养息，深受灾民的欢迎，有人作了一首《放赈歌》称赞道：
中丞筹划通权变，放赈恰趁诸生便。
岁暮人人假馆时，一百八图详勘遍。
向时设赈徒务名，此时设赈民欢忭。
贫民夜寒常不眠，终宵辗转泪如霰。
忽得中丞放赈钱，归家各各买秧荐。
贫民乏食行不前，榆糜杂进难充咽。
忽得中丞放赈钱，破灶生烟办宵膳。
贫民贫无骨肉缘，那顾伦常及姻眷。
忽得中丞放赈钱，夫妻父子欢迎面。
吁嗟嗷嗷数万人，感恩早被仁风扇。
况乃由城渐及乡，善政行看遍州县。
林则徐还采取“以工代赈”的办法，帮助灾民共度时艰。他还动员灾民积极开展生产自救，因地、因时制宜，抢种、补种庄稼，尽快恢复和发展农业生产。他认为抗灾救荒应该由社会上的全体成员齐心协力、一致行动，“在官不可不尽心”，“在民不可不尽力”，唯有上下一心，精诚团结，才能共渡难关。由于措施得当，灾民的生活秩序很快恢复了正常。
林则徐一贯主张水利为田地之本，“不可失修”。灾情稍减，他就迫不及待地再次将水利问题提上了日程。当时，源自太湖的刘河和白茆河因河道淤塞多年，已成为该地区的肘腋之患，亟待疏浚，但苦于经费不足一直未能实施。经过和陶澍等人商议后，林则徐决定另辟蹊径，倡导官民捐资合办，并率先捐出白银一千两。
说起这一千两银子，至今民间还流传着一个巾帼英雄的爱国故事呢。据说，议定好捐资治河以后，林则徐非常兴奋，回家后他一进门便高声呼唤：“夫人，夫人！”
他的夫人郑淑卿闻声赶忙从后堂走出。等夫人坐好之后，林则徐向她弯腰深施了一礼，问道：“家里还有多少积蓄？”
夫人答道：“不足一千两，是准备留给长子汝舟进京赶考之用的。”接着，夫人又问道，“老爷今天怎么啦？为什么会突然问起这件事呀？”
林则徐若有所思，答非所问地喃喃自语道：“的确不多，的确不多……只是目前疏浚刘、白二河急需资金，而且我已经和陶大人、李大人、陈大人等人说好了各自捐银一千两，以为榜样。谁曾想家里却没钱呢？这一下该如何是好，如何是好啊？”
夫人说：“老爷，您先别着急，等我去把钱匣拿来数一数，看看尚缺多少，然后再作打算。”说着夫人将钱匣拿来，一番清点之后，得银八百二十两六钱，还差一百七十九两四钱。
林则徐一看，只得苦笑道：“真是一分钱难倒英雄汉呀！所差之数，又该到哪里去寻找呢？”夫人也急得直挠脑袋。突然，她高兴得大叫起来：“有了，有了！”只见她从头上摘下两枚金钗，说，“把这钗子拿到当铺去，最少也能当个四百两银子，足够凑齐一千两了。”
林则徐站起来，接过金钗抚摸了很久很久，然后忘情地说：“金钗啊金钗，你是我和夫人当年定情的信物、结婚的证明。今天我林某人迫不得已才把你当了出去。等将来我有钱了，我一定还会把你再赎回来的。”
夫人笑道：“一个普通的钗子，不值得老爷如此惋惜。只要老爷您有这番心意，我也就知足了。今天，就当是我一个普通妇人为国家作点贡献吧。”
1834年春，两条河同时动工。在疏浚方式上，林则徐颇费一番心思。经过和布政使陈銮反复商议后，他决定利用地势先挑土，将其变成一条清水长河，然后在海口处再修筑石坎，并设置涵洞，以便根据汛情灵活地调控河道水位。在工程实施过程中，为了杜绝河工陋习，林则徐乘船亲临每个工地现场，“察勤惰，测深浅，与役人相劳苦”，即亲自去考查民工的出勤情况，并认真检验河道的深浅，与民工们一起同甘共苦。在查验的过程中，他还根据预先设置的标记，严格按照既定的标准进行验收，凡是工程质量达不到设计要求的，就坚决返工。
工程及时竣工后，有人曾作《娄水春》词，以颂扬林则徐的治水功绩：娄江泥，昔齐堤。娄江水，今成溪。昔愁霖，良亩沉，今有尾闾沧溟深。昔苦旱，嘉禾暵，今有巨泽水田满。洞开泻雨，洞闭屯云。河伯顺轨，潮神回轮。鸠工代赈，鹄面转温。成功者天，时旸三旬。谁实得天，公真天人。
此后，林则徐又先后主持兴办了徒阳运河、练湖、七浦河、泖湖、皮大河等几十处水利工程。施工期间，林则徐始终讲究实效，注意节约，反对浪费。例如，七浦河施工的经费，就是疏浚刘河时节约下来的。他深知手里的一分一厘都是广大百姓的血汗钱，所以总是小心翼翼地使用。
林则徐在治水工作中非常重视调查研究，博采众议，从善如流。比如在整修盐城的皮大河时，由于河道年久失修，河床淤积年复一年，工程难度相当大。为了确保工程旱涝两用，林则徐亲自乘船去测量河道的深浅、宽度，并时常上岸向当地有经验的老农拜师取经，根据这些建议制定出一套科学的施工方案。
在施工过程中，林则徐一如既往地采用了“以工代赈”的办法，招揽大批灾民在工地上劳动，这样既解决了工程所需要的劳动力问题，又解决了灾民的生活问题，一举两得，令人叹服。实践证明，这些水利工程利国利民，给当地百姓带来了真正的实惠。例如练河工程修好后，一下子就给当地增加了十多万亩农田，而林则徐也理所当然地受到了那里百姓的交口称赞，百姓们纷纷把他比作是明代的大清官“海瑞”。
兴修水利，仅仅是一种手段，发展农业生产才是林则徐的根本目的。他不仅在江苏就任期间就开始重视发展农业，而且他一生中都持续地关心农业问题。
在江苏为官时，林则徐发现那里的农民每年只种植单季晚稻，却几乎从不种植双季早稻，这种做法对于增产增收和改善人民生活是十分不利的。为了改变这种落后的生产习惯，他深入民间，亲自在当地的官员和老农中做调查，很快就找到了其中的原因所在。原来，当地的人们都误认为他们这里跟广东、福建一带不同，春天气温较低，肯定不适合种植双季稻。而且，早稻虽说产量较高，却不能用来当做公粮上缴给国家，所以那里的地主、官员们也都不主张种植早稻。
林则徐查明原因后，认真地将自己家乡的气候和土质等情况与江苏、湖北的情况作了比较，得出了江苏可以种植双季早稻的结论。于是，他搜集了大量的农业资料加以研究，还在巡抚衙门后面划出了一块空地，聘请一些有经验的老农来试种早稻。结果，他的早稻实验大获成功，许多农民亲眼目睹之后，也纷纷回去加以仿效。
为了让更多的农民来种植早稻，林则徐经常和当时的农业专家李彦章一起研究早稻种植技术，并委托他写了一本《江南催耕课稻编》。
林则徐十分重视改进农业技术，并亲自对好友潘曾沂所创制的“区田法”加以实验，以观成效。林则徐也非常重视推广应用新农具。当得知齐彦槐仿制西式水车制造的“龙尾车”获得成功时，林则徐兴奋不已，立刻就跑到现场去参观，并积极地将其在农业和治水方面进行推广。这令齐彦槐非常感动，后来，他还专门写了一首《龙尾车歌》，以颂扬林则徐的功绩：
一车当五人当十，用力甚少成功多。
八家同井办一具，旱涝不患田无禾。
利熊二士来西海，法入中华三百载。
布衣能述不能行，霖雨还须有人在。
侯宫中丞今大贤，讲求水利筹农田。
闻余述作亟欲睹，二龙跃上荆溪船。
草桥试车日卓午，倾城士女观如堵。
云蒸雾涌喷薄来，欢呼地动声如雷。
塘宽十亩深二尺，车干七寸才三刻。
中丞大笑与我言，此利不止关田园。
迩来洪湖拍天际，怀襄往往为民厉。
千东倒挽刷黄流，两坝三河可长闭。
浏河淤塞久欲疏，车水迟迟恐糜费。
伐轮百部填河溽，畚锸兴工日可计。
我知车有可行机，元日吾曾端策筮。
见龙在田德施普，利见大人当用世。
为了鼓励农民都来种植双季稻，林则徐要求地主富户把种子借贷给佃农，而且还明确规定他们在水稻收获时，务必要按照种麦的标准来收取田租。这样一来，农民们的种稻积极性一下子就提高了。