在收缴趸船鸦片，堵塞鸦片来源的同时，林则徐采取一系列果断的措施，扫荡广东的鸦片流毒。他总结了湖广查禁鸦片的经验，刊刻了《禁烟章程十条》和各种断瘾药方，颁发全省各地遵照实行。
《禁烟章程十条》具体规定了查禁鸦片的途径和办法，是广东禁烟运动的纲领性文件。它的主要内容是：
一，省城广州从3月15日起，外府州县自奉文之日起，勒限两个月，让吸食者断瘾。其所有烟土、烟膏、烟枪、烟斗及一切零星器具，一概缴官，不追究缴者姓名。窑口、烟馆贩售者，应即自首并缴出烟土烟膏。如抗拒缴出，被人告发，或线人引拿，搜出真赃实据，则尽法惩治，本犯财产籍没变价，赏给首告及引拿之人，诬者反坐。
二，入室搜查，文武各官须亲带兵差，进门前先将兵差逐一搜检，出门时亦当众搜检，杜绝栽赃、撄窃二弊。
三，广开指揭之门，允许下属指告或禀揭上官，经查切实，熬审不虚，分别记功，奖励拔补。各级官员徇庇属下吸食或包私者，一并严参。
四，各州县奉文后，应分都分图，由城及乡，编查保甲，由绅士综理，再由绅士推举各乡公正衿耆，分段编查，按门牌底册，详细填注“保”或“不敢保”字样。地方官应将各乡不敢具保之人，另立一册，限日搜查，无实据者，责成该管族党正副立限确查保结，倘仍不敢担保，立即严拘讯究。
五，文武生员由教官查核学册，随意拨派五人互保，缴官备案。吸食者，由教官转报地方官审明实据，立即详革治罪。捐职及贡生、监生，由生员各保所知。无人肯保者，责成已经保过之捐职或贡、监生保之。仍无保之人，查讯熬验。
六，兵丁以五人为一伍，互相连环保结，其不敢保者，另立一册，听候委员熬试。
七，幕友、官亲、长随，将署中有无吸食之人出具切结，属员则申送上司，同官则互相咨送，以凭查考。经承小书，各班书役，由本官随便指拨五人，互相派保。
八，出洋船只，由该口岸澳甲编号造册，饬令五船互保。无人保结之船，另立一册，搜查究办；查无实据，亦编入岸地，交保约束，不准再令驾驶出洋。内河大小船只及疍家渔船，责成地方官一体查办。客商夹带或吸食鸦片，许船户向沿途地方官密行告发。
九，客寓、寺观、饭店，设立循环号簿，详细登记暂时寄寓之人的里居姓名，每五日送该管衙门考核，许庙祝店主随时密告。
十，客商过关投税，应先由行户经纪人检查，将货单保结，到关时交关口委员核对图记相符后，抽查货物。
这十条对吸食、贩售、贪污徇隐、栽赃、撄窃之人均定有罪名，切中时弊。为了使章程能够付之实行，林则徐发出告示，敦促从前误食鸦片者，速即力求断瘾，痛改前非。他痛数鸦片“是比诸盗贼之用闷香，拐带之用迷药，妖邪之用蛊毒，以撄人财而害人命者，殆有甚焉”，指出鸦片流毒给中华民族带来严重祸害，还有可能招致外来侵略。
林则徐的禁烟措施，深受广东人民的热烈欢迎和支持。速戒鸦片告示贴出后，鸦片吸食者纷纷呈缴烟土、烟枪，服药除瘾，“凡家人骨肉、戚友乡邻，平日劝之不从者，至此皆得惊以功令之严，夺其物以祛所嗜”，形成“一人之瘾，众人断之”的局面。对抗禁烟令者，亦纷纷落网。截至5月12日止，两月之中，捕获吸毒、兴贩罪犯1600名，收缴烟土烟膏461526两余、烟枪42741杆，烟锅212口。
随着广东禁烟运动的步步深入，连东北的奉天、吉林，华北的蒙古草原，西南的云南等边疆地区，也都开始取缔烟贩、收缴烟土烟枪、铲除种植罂粟地亩的行动。一些查禁不力的地方官，相继受到处分，吸食鸦片的朝廷官员和宗室，也受到惩治。
反严禁的官吏逼于时势，表面上也在力行禁烟。但是，这批人直接间接、或多或少地和鸦片贸易攀上姻缘，他们不甘心真正的禁烟而失掉自己的切身利益。以穆彰阿为首的朝中弄臣，首先抓住审议严禁鸦片章程的权柄，妄图将吸食贩卖鸦片的罪名减轻。“廷议从轻”，在北京已是司马昭之心，路人皆知，只是由于道光帝的执拗，未能通过。
明的不成，又来暗的。他们在道光帝身旁大进谗言，攻击收缴烟膏烟具，是地方官意在邀功，希图塞责，对林则徐提出的严禁措施来个釜底抽薪。道光帝听信其言，于4月16日下旨：“嗣后拿获吸烟人犯，不准以呈缴烟膏烟具入奏。”这样，正在蓬勃兴起的禁烟运动，遇到了来自内部的巨大阻力。谕旨尚未送达广州，风声早已走漏至粤。羊城内外，蜚语丛生，“禁烟已弛，有枪有烟，仍听存留”的谣言，不胫而走。负责收缴的乡绅，到乡下查访之时，便受到鸦片吸食者们的阻挠，“谓已奉旨免缴，何得多事”。
在此之前，两江总督陶澍因病重上折奏请辞职，接着在《恭谢恩准开缺折子》中，又以“林则徐才长心细，识力十倍于臣”，荐举林则徐继任。道光帝遂于4月22日下令，调林则徐接任两江总督，未到前由陈銮署理。这表明，亲自决断特派林则徐赴粤查禁鸦片的道光帝，已经把禁烟放在次要地位，准备让林则徐去整顿疲敝不堪的漕务了。
5月18日，正是英国趸船鸦片倾数缴清的那一天，林则徐在虎门接到调任两江总督的谕旨。新的命令给林则徐带来新的忧虑。他怕朝廷催促他赴任，而不能和禁烟运动相始终，几个月来呕心沥血为之奋斗的事业，将要功亏一篑了，心中不禁升起凄凉而苦楚的情绪，在写给怡良的一封信里，他怅惘地说：
“缴土之折回来后，定将此间烟事归与两贤（指邓廷桢、怡良），即催愚兄速赴新任。上学之期不远，而旧日学堂功课之难犹在，梦寐思之，能无神沮？”
然而，尽管可怕的腐朽势力肘掣着他，林则徐没有动摇自己的斗志。他上奏道光帝，力陈缴烟之后，禁烟运动不能停止。他认为不但广东对外国货船还要随到随查，就是沿海各省，亦应一体严查，时加防范，使“收缴之令随在得行”，方可永杜窜越售私之踪。同时，“内地兴贩已久，流毒甚深，囤积之家定必不少”，“虽已力塞其源而其流尚未有艾”，各省均应同心协力，“趁此机会严缉痛惩，首缴者许以自新，怙恶者寘之重典”。在密片中，他还要求道光帝敕刑部“将夷人带鸦片来内地者，应照化外有犯之例，人即正法，货物入官，议一专条，并暂时首缴免罪，如何酌予限期之处，奏请谕旨，通行遵办，俾得谕令各国夷人，咸使懔遵，嗣后自必不敢犯法，似亦刑期无刑之意”。
“万里潮生龙穴雨，四围山响虎门风”。面对着滔浪滚滚、雨骤风急的南海，林则徐百感交集，感情澎湃。他激动地赋诗咏志：
弭节总恁心似水，联樯都负气如虹！