就在林则徐在家养病的时候，中国的政治形势又再度发生了翻天覆地的变化。鸦片战争以后，随着西方资本主义魔爪的逐步深入，中国人民所遭受的苦难也越来越严重了。灾害频繁发生，赋税却日甚一日，饥寒交迫的人们正痛苦地挣扎在死亡线上，而统治阶级却仍然不顾人民的死活，照例去搜刮民脂民膏，整个社会因此而日益动荡不安起来，仿佛是一座即将爆发的活火山。
暴风雨终于来了。1850年7月，广西天地会起义首先爆发了，一场震撼全国的风暴即将来临。之后，起义军攻城略地，所向披靡，清政府陷入了极度的恐惧之中。
为了挽救摇摇欲坠的清朝统治，1850年10月17日，咸丰帝正式任命林则徐为钦差大臣，要他即刻动身，赶往广西。11月4日，林则徐在福州接到了圣旨，次日，他就带着三子林聪彝和幕僚刘存仁，从福州出发，日夜兼程，奔赴广西。11月12日，他们到达漳州时，林则徐已经旧病复发，疝气下坠了，但他依然咬紧牙关，继续赶路。11月16日，当来到广东潮州时，林则徐已经病入膏盲，他上吐下泻，行动十分困难，然而，他还是挣扎着继续前进。最后，当他们来到普宁县城时，林则徐突然晕倒在地，从此就再也没有站起来。1850年11月22日，林则徐溘然长逝，享年66岁。
出师未捷身先死，长使英雄泪满襟。为了表彰林则徐对朝廷的忠贞，12月15日，咸丰帝降旨，将他的官衔晋升为太子太傅，并赦免其任职期间的一切处分。1851年4月，在为林则徐召开的追悼会上，咸丰帝又派专人来向林则徐致祭，并颁发了《御赐祭文》和《御赐碑文》，以表彰他生前的丰功伟业。咸丰帝还御赐挽联一副：
答君恩，清慎忠勤数十年，尽瘁不遑，解组归来，犹自心存军国；
殚臣力，崎岖险阻六千里，出师未捷，骑箕化去，空教泪洒英雄。
林则徐的众多友人、同僚们也纷纷题写挽诗、挽联来悼念这位杰出的抗英民族英雄。曾受过林则徐知遇之恩的胡林翼写了这样一副挽联：
千古英雄皆堕泪，四方妇孺尽知名。
备受林则徐赏识的左宗棠也写了一副长联：
附公者不皆君子，间公者必是小人，忧国如家，二百余年遗直在；
庙堂依之为长城，草野望之若时雨，出师未捷，八千里路大星颓。
林则徐与世长辞后，其家人将他的遗体归葬于福州市郊马鞍村金狮山麓。这里群山环抱，环境清幽肃穆，一代民族英雄就静静地躺在这儿，听阵阵松涛如海，观片片绿草如茵。后来，左宗棠来林则徐祠堂祭拜时，挥笔写下了一副千古名联：
三吴颂遗爱，鲸浪初平，治水引盐，卅载接音尘；
如公皆不朽，鸿泥偶踏，湘间邗上，今我复重来。
时隔多年之后，一代文豪郭沫若探访林则徐祠堂，也题写了一副气壮山河的挽联，以纪念林则徐的功绩：
焚毒冲云霄，正气壮山河之色，
挥旗抗敌寇，义征夺魑魅之心。
民族英雄林则徐不仅受到了全世界炎黄子孙永久的爱戴，他那伟大的爱国主义精神也得到了无数国际友人的尊重。早在1868年，清朝使臣志刚在英国伦敦蜡像馆，就亲眼看到了林则徐的蜡像。到了1999年，国际天文学会更是将北京天文台施密特CCD小行星项目组1996年6月7日于兴隆所发现的一颗小行星33788号，正式命名为“林则徐星”。国际天文学会联合会的公告全文如下：
“这是为纪念禁毒和反对毒品犯罪的先驱林则徐而命名的。林则徐是中国福建侯官人，他的辉煌功绩因1839年6月在中国南部虎门海滩销毁1200吨鸦片而达到顶峰。作为清王朝的一位大臣，为世人所称道的还有他在水利方面的伟大成就，这曾使他的家乡和中国其他地区深受裨益。”