1813年6月，林则徐偕妻来到北京，进入翰林院庶常馆学习。
翰林院是清政府收藏典籍和编修史书的官方机构，林则徐充分利用这里藏书丰富的有利条件，如饥似渴地广泛阅读。他曾说：“历代文献，我朝掌故，史臣所必当通晓者，不可不孜孜留意。”认为自己作为一名史官，通晓古今文献是起码的要求。翰林院庶常馆可谓是满清政府的人才储备库，因为清代的庶吉士都是经过重重考试、层层选拔择优录取的社会精英分子，他们通常年纪较轻，经过翰林院的培养，他们就迅速成长为精明干练的统治人才。
在庶常馆，除了刻苦攻读古代典籍之外，林则徐还经常与同乡郭尚先一起研究经世致用之学，这为他日后从政奠定了扎实的理论基础。庶吉士的生活虽然清苦，但是对于林则徐来说却具有非常重要的意义，因为这里是他官宦生涯的起点。正是从这里开始，他一步一步地升迁为编修、检讨，继而进入翰林院，并最终青云直上。
当时，正是华北地区阶级矛盾激化，天理教农民大起义蓬勃展开的时候。
天理教，又名八卦教、三阳教、荣华会，是白莲教的一个支派，华北农民的反清组织之一。1811年以来，直隶以大兴县药店学徒林清为首，河南以滑县木匠李文成为首，积极展开革命活动，互相联络，酝酿起义。
1813年上半年，华北地区继大旱之后，又来大雨，直、豫、鲁三省交界各县，灾情特别严重。李文成、林清等见时机成熟，便秘密会盟，决定于10月8日在京郊和滑县同时举义，林清部打入皇宫，直捣清廷，李文成则在起事后，率豫东、鲁西北义军及时赶来接应。不料中秋节那天，滑县天理教徒因制造军械失事，被知县强克捷等侦知，李文成等被捕入狱。文成妻李张氏领导滑县教徒，提前发难，攻入滑县县城，救出李文成。知县强克捷仓皇缒城逃跑，后因嘉庆帝误认他被起义军所杀，下了恤典，不得不畏罪自缢于封邱。滑县举义的消息传开，冯克善等在山东曹县、定陶、金乡以及直隶长垣、东明等地，发动教徒起兵响应，杀官围城，烽火四时。
滑县提前起义，来不及通知林清。林清率领京郊天理教农民二百余人，仍按预定日期，攻打皇宫。在内传教徒的引导下，攻入西华门，占领尚衣监、文颖馆，直逼隆宗门。此时，嘉庆帝外出热河围猎，不在宫中。皇次子旻宁纠众踞养心殿顽抗，清廷禁旅亦急由神武门增援。京师大为震动，内外城因此而掩闭了四天。起义军在隆宗门一带坚持了二日一夜的战斗后失败，第四天，林清在近京的宋家庄被捕，不久处死。
京郊天理教农民军攻打皇宫事件发生后，嘉庆帝慌忙赶回北京，调集附近各省满汉劲旅开往河南、山东，强力镇压。1814年初，李文成于司寨力抗围剿的清军不支，自焚殉难。
直、豫、鲁三省天理教大起义虽然失败，但它以席卷中原、直捣清朝统治中枢的巨大声势，沉重地打击了封建清朝。林则徐从中依稀看到了大清王朝已经日薄西山，处处潜伏着严重的社会危机，然而他却不能理解自己将要依靠的这个神圣帝国为何如此不堪一击。为了支撑大厦将倾的封建统治，他毅然走上了一条漫长的求索之路。