左宗棠是个有远见卓识的政治家。西北地区，尤其是新疆，是我国的国防战略要塞，又是经济文化落后，亟待开发的边陲。左宗棠率军收复新疆后，立即采取了安抚流亡、恢复生产、兴修水利、举办义学、改革赋役制度等“文治”之举，为新疆的建省定制奠定了基础，为新疆的发展和安定人民生活作出了贡献。左宗棠为新疆建省，兴利除弊，妥筹善后，在政治、军事、经济上建树颇多，从而为新疆的政权史谱写了新的一页。
1.置善后局，整肃吏治
1864年，新疆各族农民大起义的洪流，冲垮了清朝实行的军府制，伯克制也名存实亡，地方封建王公也多人亡家破，仅存哈密亲王、吐鲁番王、库车郡王等。左宗棠深恶痛绝新疆伯克制的弊端，提出革除伯克任意增减钱粮与权杀揽讼的特权。
左宗棠在收复新疆的过程中，每攻克一城，即选派干吏设置善后局，执行临时地方政府的职能。当吐鲁番战事结束后，左宗棠即将他的前线两员大将作了分工，刘锦棠负责前线指挥，张曜专主善后。南疆全部规复后，刘锦棠和张曜又分别负责西四城和东四城的善后，促使新疆社会元气恢复。为了刷新吏治，振作政风，他对派往新疆的官员要求很严，规定人选要廉洁能干，将懦弱糊涂的官员撤差，嗜酒的人也要受到他的申饬，对于有勒索行为的官员，他更是不能容忍。当新疆初收复时，还利用旧有的阿奇木伯克等，协助善后局办理民事。沙雅的阿奇木伯克阿卜都拉阻止纳粮，并敲诈勒索百余户农民的1000多两白银，被控告有索，并在他家中起出洋炮30多杆，遂被枭首示众，同案犯也被杖毙。因此，善后局在发展经济生产、巩固统治方面起了良好的作用，为新疆建省改制铺平了道路。
2.安抚流亡，兴修水利
左宗棠督师收复新疆的过程中，除在乌鲁木齐地区发动三次战役外，在南疆地区基本上是一路追剿，将被裹胁的难民救出于水火之中。攻克达坂城后，对于被阿古柏强令而来的维吾尔族、蒙古族难民，“均给种粮，纵归原部，约俟官军前进潜为内应，皆欢吁而去”。又将潜逃到乌鲁木齐的难民，发给耕牛籽种，“就达坂城耕垦复业”。收复托克逊城，有2万多名回族、维吾尔族人民被安插归农。此后，刘锦棠根据左宗棠的指令，严令部属对于逃敌执行“执械者斩，余弗问”的政策，在托和奈解脱1万多蒙古族、回族难民，在库车又将数万名维吾尔族、回族难民“悉遣归复业”，前后共“拔出被裹回众以十万计”，都遣返原籍归业。这种事例举不胜举，以政治手段解决军事问题，说明左宗棠的目光远大。
屯垦事业，历来多是伴随着进军拓边进行的。左宗棠考虑到当时屯田的得失，他对张曜时驻哈密屯垦指示说：要做到军屯与民屯并举，了解实情，制定屯田章程，挑选好负责屯垦的人员，实行奖惩制度。由于左宗棠“少小从事陇亩，于北农南农诸书，性喜研求”，所以他就能提出切实周详可行的意见。他对屯田垦荒，籽种口粮，调拨淘汰的军马，提供贷金，推广哈密屯田经验，使新疆屯垦事业发展很快。在他离开新疆前夕，镇西厅兵民共屯五万数千余亩，基本达到战前的水平。奇台县报垦民户900多，军垦6600余亩，乌鲁木齐报垦民户2000多，另有兵屯。昌吉县新旧屯户1300多。绥来县共有900余屯户。吐鲁番与南疆的屯垦，从天赋的增加情况来看，其恢复发展速度更快。1879年，吐鲁番的征粮为14200余，八城共征粮261900佘石，较战前的13万余石，增加一倍。另有折色银13387两，又折色钱510缗，其他棉花等不计。
水利是农业的命脉，干旱少雨的新疆尤显重要。张曜屯田哈密，整修石城子渠需要10万条毛毡，左宗棠八方罗致，满足其需要。同时还修建榆树沟和五道沟大渠各一道。在镇西兴修了大泉东渠，乌鲁木齐开挖永丰、太平、安顺之渠，奇台、绥来各修长渠一道。吐鲁番新开凿坎儿井185道，工程十分浩大。“库尔勒修复旧渠四十里，库车修建阿柯奇两大渠”。库车两条大渠，“横贯戈壁”，工程尤大。库尔楚河有40里，河水浸涝，旱溢不均，被整治一过。焉耆上户新开渠长30里。西四城的水利工程极为艰巨，因玉河五处决口，河床淤塞300多里，造成土地荒废，庐舍漂没，城堡坍塌，低洼处“竟成泽国”。在兵民合力下，予以修复疏通。在玛喇巴什，新挖的大小渠纵横相连，变水害为水利。成为南疆的重要垦区。乌兰乌苏河因兵乱，多年失修，经兵民开挖新河，堵塞决口，横截洪流，喀什人民“资其利以耕作”。龙口镇渠桥整修完善，收效极大。左宗棠的继任者，继续贯彻他的兴修水利的措施，为新疆建省初期农业生产的复苏创造了良好的条件。
3.大力兴屯，注重生态
左宗棠在大力兴屯时，还重视如何耕种和栽种什么作物。西北人少地多，一般不注意耕种方法，而多是广种薄收。这既费地，更废水，单位面积产量不高。左宗棠为改进农业，采取了下列三种措施：
一是提倡精耕细作，推广区种法。当时，陕西也有人倡导区田，著有《区田图》。左宗棠认为，这种《区田图》与古农书不合。“区陇无相并者，意取四面通风，根不相交也。”左宗棠在推广“区种”时采取实事求是的态度。他在甘肃即说，庆阳自然以开井、区种为宜；而平凉川地很多，俗称为粮食川，开井、区种还不如多开引池，其利更善。
二是用石压沙，增强土壤抗灾能力。西北少雨易旱，多戈壁荒滩。1880年5月，左宗棠西出玉门，见沿途戈壁缺乏水草，不能度地以居民，因此寻思解决办法。他认为，沙石间杂，中含润气，虽没有涌见的源泉，雨露的滋润，但“足荫嘉谷”；“兰州北山秦王川，昔称五谷不生者，近则产粮最多，省会民食取给于此，老沙、新沙、翻沙时形争讼”；“惠民堡迤西而北，沙碛尚杂石片，安西前后沙滩则石子相间，并少块片，疑可仿效秦王川法，用植嘉禾，就中大小沙堆遍生野草，间有芦苇丛杂。既产草则必宜禾，奚仅宜畜牧不便耕垦乎？至沙滩戈壁，虽乏树木，然近水各处亦见榆柳，疑下湿之地皆可种植，奚仅宜榆柳不宜蔬菜果乎”？他主张：“拟先畜牧导民，而令其渐谋耕获，庶几因其所明加以劝相，渐合古昔实边之政，而无其扰也。”在西北，如甘肃，有用砂压碱，用细石铺地，以减少蒸发，保护农作物生长的习惯。
三是种稻植棉栽桑，种植高产经济作物。左宗棠到西北后，见民间所种的粮食作物只有大小麦、黄白粟、糜子、油麻、苞谷这几种，虽终岁勤动，得获再收，而皆穗短苗单、颗粒细小，一亩之地的收成不过百余斤，其价又贱，每岁除留作自食外，用来卖的也不多，则一切日用之需无法获得。因此，他于1870年在平凉就让军队试种“利以倍之”的南方稻谷。
左宗棠在让陕甘各州县试种水稻时，也要各地察看所属地方，“何者宜桑，何者宜棉”，提倡种棉栽桑。这有两方面原因：一是西北贫苦，群众缺钱少穿。二是群众“皆知棉利与罂粟相埒，且或过之”。“欲禁种罂粟，必先思一种可夺其利，然后民知种罂粟之无甚利，而后贪心可渐减。”他在说明了以棉利代罂粟之害后又说：“棉花则秦陇无不宜，但向阳肥暖之地，种培得法，获利必多，近凉、甘之民亦知务此。”
左宗棠在宣传植棉时，还于1874年初下令刊行《棉书》和《种棉十要》，向民间传授有关选种、播种、分苗、灌耘、采实、拣晒、收子、轧核、弹花等一系列种棉方法。宁州和正宁两处，经宣传推广，民间种棉踊跃。1871年，他到安定，甘肃按察使蒋凝学在谒见时对他说：“省城外种（棉）者颇多。近有镇番绅士蓝佩青具上条陈，亦以彼处试种甚美为说。”他由此感到“棉花之利更觉可行”。1873年，他由兰州到肃州，路过山丹、抚彝、东乐各处，正值棉熟，群众说，棉利与罂粟相仿，其费工力则要省于罂粟。福克亦说，陕甘一些地方，以往栽种罂粟的地方，现在全都种上了棉花，近来大有收成。可见，左宗棠推广种稻植棉取得了一定成效。
左宗棠在让西北各地试种水稻和棉花时，更注意推广栽桑养蚕植树。
左宗棠认为：“桑树最易长成，村儇、沟坑、墙头、屋角，一隙之地，皆可种植。”新疆栽桑养蚕，更大有可为。
计南、北两路有桑树80万余株，而新丝色沽质韧。因此，他于1877年让胡光墉雇募湖州熟习蚕务者60名，“带桑秧、蚕具前来，教民栽桑、接枝、压条、种葚、浴蚕、锕蚕、煮茧、缫丝、织造诸法。自安西州、敦煌、哈密、吐鲁番、库车以至阿克苏，各设局授徒，期广浙利于新疆也。所以先南路而后北路者，以南疆生桑颇多，一经移接便可饲蚕，缠民勤习工作，可收事半功倍之效。由是推之西四城，更推之北路，耕织相资，民可使富”。这些桑树秧运到甘肃后，左宗棠在肃州，让在安西、敦煌设局栽树，并让在兰州的莲花池、东较场、河坝及节园等处隙地栽种，然后分到各地，以期“十年之后可衣被陇中”。他随后令匠师出关，分种玉门、安西、敦煌、吐鲁番和阿克苏等处。这对新疆养蚕丝织业起到了促进作用。
左宗棠一贯注重植树。1876年，他指示延榆绥镇总兵刘厚基，在兴修水利时，沿河宜广种榆柳，不但能固住堤岸，也可制戎马。次年，他更从河堤两旁夹种榆杨，“可固堤根，且利民用”出发，要该镇加紧栽种榆树。1880年，他在长武，看到兰州东路“所种之树密如木城，行列整齐”，说：“栽活之树皆在山坡高阜，需浇过三伏，乃免枯槁，又不能杂用苦水。”对兰州西路，更强调维护种树的重要性。他说：“树艺伊始，每为游民窃拔，牲畜践履。……谕禁之，守护之，灌溉之，补栽之。”
西北种树虽然十分困难，可是经过左宗棠的提倡和各地军民的努力，仍然取得了一定成果。据他1880年在一个奏折中的记载：关内东路种树，计会宁21000多株，安定10万余株，金县4000余株，皋兰4500余株，环县种活的树18000余株，董志原、镇原有12000余株，陕西长武至甘肃会宁600里沿途种树成活的有26万余株，平庆泾固道署内外种活的树1000余株，柳湖书院1200余株；关内西南路种树，计狄道中300余株，狄道北13000余株，大通45000株；关内西路如永登种树78000余株。以上共有560000多株。至于哈密到兰州一带，亦是“道旁所种榆树业已成林，自嘉峪关至省除碱地沙碛外，拱把之树接续不断”。刘锦棠亦说：“官道两旁树株遍植，迄今关陇数千里，柳荫夹道，行旅便之。”
当时和随后的人们在西北看到陕甘至新疆道上，绿树、蓝天、白云交相辉映，江山如画，令人陶醉的情景，不仅把左宗棠倡导种的树称为“左公柳”，而且还有不少赞美之词流传至今。如1879年杨昌濬应左宗棠之邀西行，见沿途绿树成行，吟下了脍炙人口的有名诗句：
大将筹边尚未还，湖湘子弟满天山。新栽杨柳三千里，引得春风度玉关。
后来，人们保护左公柳，也是对他种树功绩的称颂，在沿途所赢榜示写道：“昆仑之墟，积雪皑皑。杯酒阳关，马嘶人泣。谁引春风，千里一碧。勿剪勿伐，左侯所植。”现在，左公柳虽尚存无几，然而人们对提倡种树的左宗棠的历史功绩，仍缅怀乐道。
畜牧业，在西北说来并不亚于农业。他把畜牧放在与农田各业同样重要的地位。此后，他对各地、特别是适于发展畜牧业地区一再强调其重要性。
4.改革赋税，整顿财政
田赋是中国封建经济的主要来源，也为国家的财政命脉所系。左宗棠对新疆“按丁索赋”的怪事十分恼火。他毫不手软地改为“按亩征收”。这一改革看来是损害了地主阶级的利益，实际上是保障了国家的财源。当时进行清丈地亩，耕地按等级征赋，又减为什一税，反而较战前增加一倍，并无拖欠，就是一个很好的例证。改革田赋制度，受到了新疆各族人民的欢迎。
左宗棠为了开辟财源，对百货抽收税厘。初在镇西、奇台开征，每月征收六七千两。最旺的时期，1878年秋冬至翌年夏，“征银十八万两有余。”当时，南疆通行普尔钱，据其铜色又称红钱。“初以五十普尔为一腾格，尔后定为百普尔为一腾格，值钱一两”，“每一普尔值钱一分。”乾隆朝始，铸钱开始在南疆流通。由于银钱比价时时升涨，致使普尔钱信用较高。阿古柏侵占南疆后，铸造银币天罡流通，每枚重一分。天罡即腾格音转，“式圆如饼，中无方孔，不类钱形，其成色分量任意低减，图售其奸，故市价相权，不能允协，民以为苦，应改铸银钱，以平市价而利民用”。起先张曜于1877年，在阿克苏铸造足色足量的银币，每枚重5分，以资流通。左宗棠又令改铸造每枚重一钱的银币，作为母钱，并仿造“乾隆通宝”作为子钱，“一时商贾缠民均称便”。
左宗棠在调回京师途经兰州停留时，又奏请将甘肃、新疆的每年协饷和军队装备，一分为二支付，“以六成划拨新疆，四成划留甘肃”，从而使新疆财政得以独立，奠定了新疆建省的坚实经济基础。