1882年2月10日，左宗棠到达两江总督所在地南京。12日，前两江总督刘坤一交卸督印，左宗棠正式就任两江总督，并兼班里南洋通商事务大臣，承担起两江政务和南洋通商各务。
两江总督衙门是江、皖、赣三省最高权力机构所在，也是总督的官邸。衙门外观森严，大门常开，有亲兵守卫。里面庭院深深，从甬道进去，第一进是大堂，第二进是接见官员谈论公事的客厅和签押房，第三进是内眷住房，这里陶澍、林则徐和曾国藩的眷属都住过多年，如今左宗棠、张夫人和儿、孙、媳妇等也住在这里。几个儿子中，孝宽常年在长沙管家，孝勋、孝同遇到乡试期间要回乡参加考试，他们经常在两地来往，孙儿孙女们多住在南京，左宗棠过了一段热闹的家庭生活。
左宗棠认为，江南要政，不外水利、盐务、防务三大端。
由于“治吴诸策，治水为要。”左宗棠“奉命移节南下，首议大兴水利”。他在接任两江总督任后，就在江南江北动工兴修水利。
赤山湖地居句容县，承受茅山诸水入湖，分流经溧水、上元、江宁三县以达秦淮河，是左宗棠兴修的一项重要水利工程。
赤山湖工程动工后，很快，从东之道士坝起，历蠏子坝至西之麻培桥一段已挑挖完工。从1883年1月起，“接挑三汊、秦淮两河，以杀下游之势”。到1884年年初，除原来动工的三汊河业已开竣，再接挑秦淮河道“以畅其流”外，另有一项二十余里长的工程，“均一律挑浚深通，圩堤加高培宽，捶筑坚固”。不仅如此，这项工程还“沿堤栽种桑秧，以护堤而兴利”。这年4月，秦淮河流经通济门内外桥闸，以及入江去路的金川门内外河道港汊，均依地势择要建闸建桥，“乃得收纳诸水导引清流，陆居舟居咸受其益”。此外，带子洲沿江的圩堤，汀宁镇频江的闸坝，省城道路沟渠，都先后分别动工，以慰绅民喁喁之请。
1882年3月，左宗棠提出引淮归海的治淮方案。
并且，治淮工程进展较快。由于运河西堤已获成效，左宗棠在1883年4月又指出：“运河两堤，险工林立，现当春水渐生，亟宜乘时赶办”。由于堤岸加紧赶修，故在这年入夏大雨不断，湖水运河泛溢为患，较上年水势盛涨时更高数尺，不仅上年新修的堤工坚固屹立，而且因堤坝拦水，使下河农民得以乘机拼力抢割迟稻，农民喜出望外，堤岸再次显示作用。5月末，东岸堤完工。
1884年2月8日，左宗棠又到清江，会同漕运总督杨昌濬等人，用了8天时间，先看湖水出路张福口河等处，再由杨庄循旧黄河而行，沿途查看云梯关，并由大通口查看引河入海道路。通过这次调查，他对导淮入海工程有了较具体的了解，拟订了导淮入海的新方案。
左宗棠在江南兴修水利，是在西北和畿辅兴修水利的继续和发展，范围广，规模大，江南江北几处工程同时施工，并且取得了较大的成绩。
两淮盐务向来发达，是我国重要的产盐地区之一。为了实现“复岸増引”，左宗棠整顿盐政的措施和方法有：
1.讲求盐质。淮盐有淮北、淮南两种：淮北盐借风力晒盐，色白而味佳；淮南盐用锅引火煮盐，色黯而味微涩。因此，淮北比较淮南盐易销，但产量小如淮南盐。川盐、粤盐与淮北盐相近，并以成本轻、质最高夺取淮陶盐销地。为此，左宗棠倡导改进淮南煮盐办法，将场灶存盐重加水淋过滤，使其“色白味佳，较蜀、粤所产殆有过之”。这种提高产品质量以增强商品在商场上的竞争力方法是正确的。
2.裁减杂款规费。左宗棠说，盐务本腥膻之场，四面八方都伸手染指，杂税陋规层出不穷。为此规定：除善举有益地方，准随时酌议加增外，应裁者裁，应减者减，逐加厘定备案，嗣后不准别立名色违章取巧。
3.加强缉私。淮盐市场，川盐、粤盐借岸行销已越出范围。如川盐，近由荆州、监利而上，武、汉、黄、德并受影响；粤盐越衡、永、宝三郡之外，长沙各属并受其患。另外，尚有浙盐用船驶入长江。至枭匪私中之私，票贩官中之私，难以数计，尤为境内之患，防不胜防。为此，左宗棠决定先清除外来及本境官私隐患以清其源，又致函川、鄂督臣，请其助复引地。并派亲军驻川、鄂交界引地巡缉。
4.先行官运以导商。左宗棠说：“收回引地术商贩所至愿，然骤议通行，事同创举，商情有不能遽释者，不能不行官运以导其先。”他准备选人领5000引运湖北荆州借岸，由螺山、监利渐入试销。所有领运成本、销售价值，均与商贩一律办理，并从进出款看其盈缩定为永远章程。认为这样，“庶几裕课、便民、恤商三者兼权并计，推行尽利，其法乃可大而可久”。“新旧商贩知事在必行，行之宜有益无害，于是领票认引者纷纷而来。”
清政府在召见左宗棠时，要其将洋务与盐务并重。走宗棠在就任两江总督后也说，洋务、盐务尤关紧要。因此，他把发展商品经济和近代工矿企业作为振兴两江经济的又一重要内容。
洋务是左宗棠一生活动的一个极其重要的方面。这时，他在福州和西北兴办洋务事业的基础上，将洋务运动推向一个以商办企业为中心的新阶段。
左宗棠在兼管江南制造局和金陵机器局时，除了对生产制造和经费收支亲自审核报销奏外，还派潘露、聂缉椝去这两个企业，以加强其领导和管理。
左宗棠特别关注他创办的福州船政局。过去，他在离开船政局期间，虽时为关怀，但无从下手；现在，他任两江总督兼办理南洋通商事务大臣，因有兼顾之责，他曾要船政局提调对船政局所有利弊情形，及时详为示及，关注船政大臣的人选，更积极地督促制造轮船，促使福州船政局向前发展。
徐州利国驿煤矿是我国一个重要的煤矿企业。当候选知府胡恩燮招商集资，聘请外国矿师开采这一煤铁矿时，左宗棠批示说，胡恩燮“集资试采，延矿师巴尔勘识，复购机器以速其成，似有把握”，“应准开采，以尽地利”。在胡恩燮以购办机器，聘请矿师，起造厂屋厂炉“所需成本为数甚巨”，“请减税银”时，左宗棠认为：“若不酌减税银，非但成奉更重，而洋产亦难敌矣！”加上“该局矿山深处江境极边，运道绵长，又多浅濑悬流，每一阻险动须盘拨”。因而，对胡恩燮实行优惠政策，“所挖土煤应准一律减税”，“以维商本，而塞漏卮”。这是他对招商集资的徐州利国驿煤铁矿的极大支持。
1873年，丹麦大北公司在上海架设电线后，英国大东公司于1883年借此要在上海将水线架设登陆。左宗棠让江海关道邵友濂和电报局道员盛宣怀等人，“一面向丹麦辩论，一面阻止英商勿遽添设”，“以保中国自主权”。不久“又有洋商议添设水线，由长江以达汉口”。左宗棠认为：“汉口居长江上游，又为各国通商口岸，洋商既有添设长江水线之议，应由中国先行设立陆线，杜其狡谋。所有一切经费由华商自筹，并不动支正款。”他并让总办电报局道员盛宣怀“督同委员工匠人等克日赶紧兴办”。10月，他又于洋务道员中添委王之春、龚照瑗、郭道直、郑官应四人，会同盛宣怀专办长江设线事宜，以期得力办理，而免贻误。
左宗棠在积极开展洋务运动，振兴江南工商业时，仍然把农业视为根本，而将从事他业看成末务。他对农民不安于田亩而从事他业时说：“彼以逐末而终致贫寡者，我以务本而自致富强，胜负之数无待蓍龟矣！”他甚至说：“彼之末富安能与我之本富争，彼之淫巧安能与我之食货比，操赢以驭其绌，一转手而富强且十百于泰西矣！”