上世纪，化学在合成制备新分子新材料、控制反应过程以及获取物质的组成结构信息和构—性—效关系等方面的研究取得了辉煌的成就。但是，21世纪来临了，就在化学家们以为这些方面的研究依然潜力无限时，其实化学的作用和地位已经在逐渐被淡化了，似乎化学不再是认识、控制和改变客观世界的核心科学以及引导其他学科前进的牵头学科了，这就是化学界目前存在的困惑。这里有客观和主观两方面的原因。
从客观上讲，首先是化学学科和技术的进步使一部分化学研究方法自动化、计算机化。各种合成仪和分析用结构测定用的仪器以及各种计算机软件的出现使人误认为分析与合成化学这两大手段已经不是科学而是技术了。其次，19世纪末20世纪初物质科学的一系列研究成果（从1900年发表量子理论起）决定了的物质科学的大方向和基础理论研究的主流：寻求物质世界的微观和统一性。物理学成为20世纪前半叶的带头学科，也使化学研究的理论、观点和方法趋于物理化，期望在量子化学基础上寻求所有化学过程的统一理论。其后，生物科学从化学获取关于物质结构和性质关系的概念和研究方法，在分子层次突破后，进入基因为中心的研究领域和从原来研究生物和生物分子变成创造新生物和新生物分子的科学。因此，20世纪后期的生物科学成为带头学科。这时化学的一部分分化为生物化学，而化学没能及时在生物科学研究中定位，推动生命体系中的研究而有所突破。还有一个客观原因是在创造新的肥料、农药、医药、材料方面以及解决工业农业生产和环境中的问题时，化学研究的原理、机理和方法处于上游，必须经过其他科学技术才能转化为可资利用的物质和可运和的方法。
从主观原因看，首先是迄今为止化学研究的主流仍以创造新分子新材料为目标，因而过多地注意建立新合成方法和获得新型结构，而对分子的功能研究重视不够。另外，过多重视细微的结构的本质的微观研究，较少注意快速发展的科学技术对化学理论、观点和方法提出的大量新问题。使我们的理论研究没能跟上需要。此外，在我国还有一些原因，如化学工业不够发达，创造有自主知识产权的产品的意识不够强；在学科交叉融合中，化学先是没有抓住机会，其后又没有能够找到起主导作用的研究方向和领域；化学作为精细学科，在研究生物、环境、材料等现实问题时缺少必要的想像力。正是由于化学学科存在的上述现状导致了化学学科的重要性在表现上的下降，从事化学研究的人员由于生物和数理基础与现代科学技术发展的要求有一定的差距，使得进入材料学科、生命科学或其他学科往往力不从心。