早期中国海军有一个奇怪的传统，就是主力舰队中主要军官全是福建人，据说这个传统起源于北洋水师，它的主要汉族军官大多来自福州船政学堂，除丁汝昌、邓世昌外都是福建人，海军中的Office Language是福州话（Official Language则是英语，历史上作战和航行中北洋水师所有命令都是用英语传达的）。大家都知道福州话是中国语言中唯一有六个音的方言，那么，外省人要想学海军就可以想象有多别扭了。于是，“闽系”海军作为中国的中央海军，一直存在到抗日战争结束，这样一支地域性很强的部队显然有相当强的独立性。
护法舰队也不例外。于是，当护法运动比较危急的时刻，护法舰队在闽籍军官把持下出现了重投北洋军阀的迹象。孙中山授意召集驻省河的海军舰队非闽籍军官及省河、黄埔各炮台、飞机队司令等有关人员开会，决定由陈策带领江防舰队夺取驻泊黄埔的海圻、海琛、肇和等大舰，因为这几艘大舰都已经有了叛变的迹象。
这可不是闹着玩的，一条海圻舰满载排水量就达到5000吨，当时陈策手里只有东江、北江等浅水炮舰，排水量不过二三百吨，最大的海镜清倒有600吨，却是李鸿章办北洋水师之前买的“蚊炮船”，比水兵的爸爸还老，这个仗怎么打？
陈策不愧是海军中的猛将，他采取的方法是海战陆打，效仿日本海军在厢馆之战中组织回天敢死队的招数，组织陆战队，跳帮夺舰！
日本海军那一次跳帮是败得很惨，但陈策却取得了成功。4月27日12时，陈率领部下同时发起总攻，护法舰队各大舰海军官兵猝不及防，除永丰舰航海副林韵珂等因欲抵抗而被击毙外大多束手就擒。到下午5点，战斗结束，各舰纷纷向陈策投降。孙中山就此更换各舰舰长，永丰舰舰长冯肇宪便是此时接管军舰的。陈以治军有方、勇猛敢战晋升海军少将、江防舰队司令，从此成为广东海军中的一号人物。
但是仅仅更换舰长，对于大型舰艇是不够的，因为它的中下级军官依然是由闽籍控制，以至于有些新任舰长很快被同化，这次夺舰行动也给护法舰队的分裂埋下了种子。
1922年发生陈炯明叛乱，正在组织北伐的孙中山被迫离开总统府，到珠江上的永丰舰上试图平叛。
其实，对于陈炯明的叛乱，中山先生事先并非一无所知。1922年6月2日，他由韶关回广州，就是希望自己坐镇广州，劝说陈改变立场，以期化险为夷。但是孙对陈私人感情很好，总不相信他会对自己下手，而与陈炯明交厚的陈策则比较清楚其为人，暗中戒备。中山先生车抵黄沙后，陈策立即派炮艇直达天字码头，送孙先生回抵总统府，因为总统府守军为叶挺和薛岳所部警卫团，安全可靠。事实上，陈炯明已在惠州多次集会密谋，设法谋害孙中山先生，因孙途中戒备，才得以安全回穗。
11日到14日，陈策等连续报告中山先生陈炯明部队的动向，证明其正在准备叛乱。在陈发动叛乱的前一天，陈策还电话孙中山先生，称陈军已经进入作战位置，即将发动对总统府的攻击！这时，陈军中的前敌总指挥也暗中通报，派人送来消息，提醒孙先生撤离，而孙先生不为所动。事后，陈策才知道孙中山把这一切都当成了陈炯明故意施加压力的手段，于是坚决不肯示弱。这种大英雄的思维方式和毛泽东在城南庄遭轰炸的时候想去拣炸弹皮一样，令人哭笑不得——顺便说一句，很多人认为这一次孙中山北伐是孤军奋战，实际上他是和张作霖南北夹击。张本来模棱两可，孙中山给他一信，信中说：“革命党是不怕失败的，因此这回讨伐直系由我们先发动，奉天只要扯扯后腿就行了。因为我们失败了，还可以再干，不要把雨公一生事业给毁了。”结果讲义气的张作霖十分感动，当即决定出兵，张派到孙处联络的代表是韩麟春，也是一位名将，曾经先于张学良戒烟成功，后来在黑龙江随马占山将军和日军作战中阵亡。
孙中山在永丰舰上指挥平叛，最初驻扎在黄埔。但陈炯明势力强大，广州卫戍司令魏邦平、海军舰队司令温树德先后反叛。特别是7月9日，温树德率海圻、海琛、肇和三艘大舰叛离黄埔，海军陆战队亦投降叛军，与海军互为犄角的长洲要塞陷落。孙中山决定突围，以蒋介石为总指挥，但因为蒋出身陆军，实际舰队行动还是由陈策负责。7月10日凌晨，陈策指挥各舰开始移动，以永丰舰率先突进，楚豫、同安、豫章各舰跟进，夜暗中与叛军车歪炮台发生激战。天亮后，永丰舰接连中弹，一发炮弹击穿驾驶台侧面钢板，险些将指挥战斗的陈策、蒋介石和冯肇宪舰长炸死。该舰先后有五人阵亡，十余人负伤。根据当时纪录，时孙中山“站立甲板上，向炮手亲示以瞄准发射之方法，未几又为伤员施治”——孙先生指挥炮手射击？不奇怪，外国人叫孙先生什么来着？BigGunSun——孙大炮啊！敢打大总统还了得？据说国民党得势后彻查是哪门炮打的永丰舰，然后为了惩罚举行个仪式，拿封条把大炮炮口封了。
嘿，也够形式主义的。
在陈策的指挥下，永丰等舰突围成功，进抵白鹅潭。这里地近租界，陈不敢来攻，孙中山希望在此地等待北伐军回师。
7月19日，永丰舰遭到鱼雷袭击，经查发现为陈炯明部江防司令周天禄收买工程师徐直等制造鱼雷，进行袭击。有人认为徐所用为水雷，是对海军武器不熟悉所至。水雷为固定或飘浮之无定向武器，鱼雷方可瞄准发射。徐用小火轮潜至白鹅潭放雷攻击永丰舰，显然不是水雷。幸运的是当时正值涨潮，永丰舰起锚移位，结果鱼雷未能命中，触水中杂物爆炸，徐为陈策部下海军捕获——孙先生审了审，还没怎么地呢，陈策已经把人给毙了——后来我发现抓住人急着搂火是陈策的一贯风格。
北伐军回师起初势如破竹——指挥官李烈钧，就是审张学良的法官——但在韶关战斗中因为原属陈炯明部的第一师反水而失利。8月9日下午，孙中山见大势已去，在居正和程潜的劝说下偕蒋介石、陈策、陈群等离开永丰舰，乘英国摩汉号炮舰，由广州赴香港，永丰号冯肇宪舰长也跟随同行。
此后，陈策始终是孙中山在海军方面倚重的左右手。