企业在进行全面预算管理中，应按“战略、预算与绩效高效互动”的原则，着重做好构建权力分层体系、战略保障体系、经营指标体系、行为规范与标准体系和业绩评价与奖惩体系等五大体系的工作。
（一）构建与法人治理结构相适应的权力分层体系
一是法人治理结构的不同组成部分的权力分层。股东大会作为最高权力机构负责审议批准全面预算方案；董事长作为企业的法定代表人，对预算的管理工作负总责，并执行相关预算；经理层具体执行相应全面预算方案。
二是建立投资中心、利润中心和成本中心三级预算管理组织体系。投资中心成立向董事会负责的预算管理委员会和由各部室组成的预算管理工作组，负责提出预算要求、规划与控制全面预算、启动预算程序、协调部门预算事宜和提供预算资料等工作；利润中心和成本中心则成立相应的组织机构，负责本利润中心或成本中心的预算管理组织工作。
三是不同等级管理层拥有不同的权力分层。集团总部各部室、各利润中心和成本中心，在全面预算方案审批后，日常经营管理活动无须再经董事会审批，享受预算额度内的权力，并承担相应责任。对于预算外经营活动及相应支出，则拥有规定额度内的审批权。
（二）构建与企业发展战略相配合的战略保障体系
全面预算管理作为落实企业发展战略的一种有效手段，是对战略规划的数字化和细化的反映，是战略、决策的有力支持保障和战略再评估、调整的基础。
一是根据战略规划，集团公司和各子分公司编制各自的年度预算，在预算中涵盖收入、成本费用、资源投入、业务活动安排等多方面内容，形成企业的各种关键绩效指标；
二是各业务部门根据年度预算编制营业收入预算和成本费用预算等，管理部门编制费用预算，同时生成各部门财务类关键绩效指标。预算管理部门在汇总各部门预算，形成资本预算、筹资预算和利润预算；
三是企业各级管理层利用管理报告定期对预算执行情况进行分析、监控及决策，使之更好地适应公司实际经营情况和市场环境不断变化的需要，实现公司既定的战略目标。
（三）构建与企业实物流、资金流、信息流和人力资源流要求相一致的经营指标体系
1.经营指标体系的特性应是：充分反映企业的战略，有利于企业可持续发展和增强企业核心竞争力的导向性；实际工作中的可操作性；针对企业不同层次人员的层次性。
2.经营指标体系的类别：既有反应企业经营成果、资产状况和现金流量的财务指标，还应有反映企业竞争力和可持续发展的非财务指标，如人力资源、技术和战略后备资源等。
3.经营指标体系所考虑的因素：应根据预算模式、管理层次、工作性质、承担任务等条件的不同而确定不同的经营指标。
（四）构建与日常经营、管理过程相渗透的行为规范与标准体系
在全面预算管理的各个环节上，都要建立一套科学的行为规范与标准体系，对企业日常的经营管理活动进行全面的控制。
1.预算审批
初步审核的标准要求：各责任中心所报预算草案间的数据勾稽关系和逻辑关系是否正确；预算草案是否与上级下达的预算目标保持一致；预算草案是否与年度工作计划报告书相符合。
预算批复的标准要求：主要是看预算是否与公司的发展战略相符，是否与预算目标一致，是否贯彻了预算编制的各项原则，并给出上级单位批复意见及批复数值。
2.预算执行
预算执行控制与账务系统紧密结合，在执行过程中确认这一项目是否是本责任中心预算内的项目，其活动和价值额是否与已批准的预算或工作计划报告相符。在全面预算管理执行中，可以以基本预算目标为中轴，对照实际运行曲线与目标曲线之间的偏差，利用预警控制线（如，与目标曲线相差5%）和整改控制线（如，与目标曲线相差10%），建立一套科学、标准的预算预警系统，对责任单位的目标完成与预算执行情况进行及时控制。
3.预算分析
预算分析是预算管理中的重要环节，由预算执行部门和预算管理办公室对预算进行分析，发现预算与实际情况的差异，追述原因，分析预算目标与实际执行的偏差，使经营管理活动能够有针对性地纠正不利偏差，从而提高预算的科学性、严肃性和权威性，达到加强预算管理的目的。
4.预算调整
通过预算调整，一是使预算目标始终与经营目标相同，从而确保预算能够正常发挥对经济活动的指导和控制作用，保证预算的严肃性和权威性；二是使企业在激烈变化和竞争的环境中，仍能使用预算作为决策的依据；三是使预算考核具有正确的衡量依据和标准，确保预算考核的连续性；四是使上下级管理人员之间进行充分沟通，从而提高管理工作的针对性。
（五）构建与期终总结相关的业绩评价与奖惩体系
全面预算控制制度的正常运行必须建立在规范的分析和考核的基础上，财务部门依据某个时期（月度、年度）企业静态的会计资料的反映和各部门会计派驻员掌握的动态经济信息，全面、系统分析各部门预算项目的完成情况和存在的问题，并提出纠偏的建议和措施，报经批准后协同有关职能部门按程序对各部门的预算执行情况进行全面考核，经被考核部门、责任人确认后进行奖惩兑现。