非常道明孝宗体弱多病，但是他治国却果断有方，虽然他没有雄厚的后台，但却以宽和赢得了人们的赞赏和好评，这在历史上也是非常少见的。
明宪宗留给儿子明孝宗的，不仅是一个紊乱的朝政，而且是一个千疮百孔的国家，可以说就是一个烂摊子。对于这些情况，孝宗在宫中为太子时已经有所了解。他即位之初，就着手改革弊政。起初他的精力主要放在了朝廷要员的人事安排上，待到这些问题基本解决之后，他便开始注重于对内忧外患的治理。
成化时期，宪宗皇帝宠信佛道，致使许多佞幸小人混入朝中，李孜省就是其中的代表人物，他以方术、房中术进献皇帝得到宠幸，然后与太监梁芳狼狈为奸祸乱朝政，打击忠臣，扶植朋党，是当时朝廷中的第一大害。孝宗即位当机立断逮捕了这两个人，使文武百官松了一口气。接着，孝宗皇帝开始整顿吏制，将成化朝通过贿赂、溜须拍马发迹的官员一律撤换，改革首先从内阁开始，罢免了以外戚万安为首的“纸糊三阁老”。
同时，孝宗大量起用前朝被贬的正直贤能之士，如王恕、怀恩、马文升等，并重用徐溥、刘健、谢迁、李东阳等贤臣，还为于谦建旌功祠，使得无论是朝中还是宫中都为之一新，时称朝序清宁。
万安等人被逐罢之前，人们并不十分了解孝宗。只知道他是一个出生于冷宫的一个身份卑贱的宫人之子，后来虽得到宪宗承认，但一直受嫉于万贵妃，甚至到成化末年，还有废立之危。因此，当这个十七岁的青年登极为帝的时候，一些正直大臣们对他除了拥护之外，多少还有些同情的意思，他的皇子生活实在太坎坷了。但是人们很快就不得不对这位年轻皇帝刮目相看，斥佞用贤的弘治初政，给成化后期混乱的朝廷打了一针兴奋剂，使明朝有了中兴的希望。
孝宗在内政上最主要的措施是大力兴修水利，发展农业，繁荣经济。弘治二年，开封黄河决口，孝宗命户部左侍郎白昂领五万人修治。弘治五年，苏松河道淤塞，泛滥成灾。孝宗命工部侍郎徐贯主持治理，历时近三年方告完成。从此，苏松消除了水患，再度成为鱼米之乡。
由于幼年生活坎坷，孝宗一直身弱多病。但他却勤于政事，不仅早朝每天必到，而且重开了午朝，使得大臣有更多的机会协助皇帝办理政务。同时，他又重开了经筵侍讲，向群臣请教治国之道。另外，孝宗还开辟了文华殿议政，其作用是在早朝与午朝之余的时间，与内阁共同切磋治国之道，商议政事。
孝宗皇帝的勤政终于得到了回报。弘治朝吏治清明，任贤使能，抑制官宦，勤于务政，倡导节约，与民休息，是明代历史上少有的经济繁荣、人民安居乐业的和平时期，被史家称为“弘治中兴”。
这位皇帝还出奇地宽和、善良，即使对当初迫害其生母的万贵妃家人，也表现了极大的宽容。对万贵妃本人，也没有听从臣下的建议对她削谥议罪。这一切都出于一个“孝”字，孝敬父皇，维持传统，以宽仁忠孝为主，他死后被定庙号为孝宗，也正因为此。
孝宗对臣下也非常宽厚平和。早朝的时候，孝宗亲御奉天门，大臣们言事，要从左右廊庑入门内面君而奏。有的大臣因地滑，行走失仪，孝宗从不问罪，奏本中有错字也不纠问，经筵讲官失仪，他还宽慰数词，不使其慌恐。有一年冬天，孝宗夜晚坐在宫内，觉得天气寒冷，就问左右内臣：“现在官员有在外办事回家在路途上的吗？”左右回答说：“有。”他又说：“如此凛冽且昏黑，倘廉贫之吏，归途无灯火为导，怎么样呢？”遂传下圣旨，命今后遇在京官员夜还，不论职位高低，一律令铺军执灯传送。这些事虽不算大，但作为一个封建皇帝能如此体恤臣下，也确属不易了。