非常道各代皇帝上位后都清算了不少的大臣，这些大臣或曾经跟他们结下过怨恨，或对皇权造成很大的威胁。明神宗朱翊钧曾经倚赖权臣张居正，但在张死后却对他彻底清算。他的特殊做法让人费解。
明神宗朱翊钧是明朝历史上的第十三位皇帝，明穆宗朱载垕的第三个儿子，隆庆二年被册立为皇太子，隆庆六年继位，第二年改年号为“万历”，所以后人又称他为万历皇帝。
朱翊钧在位执政的四十八年时间可以说是充满矛盾的：他曾作为一代英主，在大臣们的辅佐下，使大明王朝的经济得到了空前的繁荣，也曾二十八年不上朝听政，被后人认为是中国历代帝王中最懒惰的皇帝。此外他还穷奢极欲，横征暴敛，为此背负了千古骂名，因而在明朝历史上，他的帝王生涯总是引起人们较多的关注。
朱翊钧自幼聪慧过人，读经史过目不忘，而且颇为早熟。在他六岁时，他看见朱载垕在宫内骑马奔驰，便上前挡道谏阻说：“父皇为天下之主，单身匹马地在宫中奔驰，倘若有什么闪失，那可不得了。”
朱载垕听后深受感动，当即下马，立他为太子，自此更加喜爱他。朱载垕病逝后，年仅九岁的朱翊钧即皇帝位。
朱载垕去世时，为朱翊钧留下了很好的内阁班子，朝中贤臣当国，人才济济，都能为大明的江山社稷出谋划策。内阁大学士张居正、高拱、高仪都是正直之士，极善谋略，而此时的内宫也非常安定，朱载垕的正宫陈皇后与朱翊钧生母李太后相处得非常融洽，并且当时的大太监冯保也是明朝不可多得的好太监之一。虽然当时的朱翊钧还非常年轻，但在这些人的支持下，励精图治，推行新政，颇有英主的样子。朱翊钧任用张居正为内阁首辅，并大力支持张居正的变法改革，从而换来了明朝经济发展和社会相对安定的局面。
所以在这段时间里，不仅是朱翊钧人生的辉煌时期，而且濒于崩溃的大明帝国也获得了短暂的复苏和繁荣。这一切当然与李太后、冯保等人的支持是分不开的，但主要还是张居正努力的结果。
张居正原本和高拱、高仪二人一样，同是朱载垕去世时的内阁顾命大臣。只是由于种种原因，高拱、高仪先后都离开京城还乡，朝中三位顾命大臣只剩下张居正一个人。朱翊钧的生母李太后在朱载垕去世后就把教育培养朱翊钧的任务交给了张居正。
张居正一方面治理国事，另一方面还非常注重对朱翊钧的教育，亲自指导他读书，为他安排周详的课程，选拔有素养的大臣主持教学，培养其治国安邦的本领，因而朱翊钧也与他建立了深厚的师生之情。
朱翊钧本人也非常尊敬张居正，总是非常恭敬地称他为张先生，从不直呼其名。冬天上课时，朱翊钧总是嘱咐小太监将厚厚的毛毯放在张居正的脚下，以免张居正冻着脚。张居正生病时，朱翊钧亲自为他熬药，而张居正为了感激皇帝的知遇之恩，更是加倍努力，替小皇帝将一个大明王朝治理得井井有条。
然而不幸的是，到了万历十年，由于操劳过度，“工于谋国，拙于谋身”的一代名臣张居正去世，终年五十八岁。为了悼念张居正，朱翊钧辍朝一天，并给予崇高的待遇：谥文忠，赠上柱国衔，荫一子为尚宝司丞，赏丧银五百两。
但是，两年之后的万历十二年，朱翊钧对死去的张居正态度却发生了一百八十度的大转变：生前“忠贞不二”的“元辅张先生”，死后反而变成了“谋国不忠”的“大奸”。那么朱翊钧为何要这样做呢？原因是，张居正生前为人非常正直，因而得罪了不少大臣，而他所推行的改革也触动了不少守旧势力。张居正死后，一些变法期间失势的守旧派大臣乘机反扑，纷纷上奏朱翊钧，要求弹劾张居正和他的支持者冯保。随着年龄的增长，朱翊钧对昔日威柄震主的张居正日益不满，也可能是在张居正的严格管理下有些厌倦了，当守旧派大臣提出这些要求时，朱翊钧觉得自己确实是应该这样做。
同时，朱翊钧也深知，要想树立自己作为皇帝的权威，就必须摆脱张居正的影响，而要彻底摆脱张居正的影响，就必须推倒张居正，清算张居正。只有这样，才能为自己独揽朝中大权打下牢固的基础，因而清算已死的张居正成为朱翊钧亲政之后所做的第一件大事。
但是朱翊钧自己心里也非常明白，张居正在世时，自己曾重用张居正，并许下了很多的诺言。而今要实现这个转变，必须寻找时机，找到借口。可从哪里能找到借口呢？经过权衡利害得失，他决定先拿冯保开刀。
于是在万历十年十二月，朱翊钧以欺君蠹国之罪，免去冯保东厂提督之职，抄没其家产。张居正在世时，与冯保互为依存，谁也离不开谁。冯保垮台，曾与张居正有亲密关系的人势必也在劫难逃。果然不出所料，朱翊钧随后将张居正重用的人统统罢免，同时为从前反对张居正的人一一恢复名誉或官职。不久又诏夺了张居正所封官职、谥号，其家产被查抄，家人被谪戍。
就这样，当朱翊钧彻底摆脱了张居正的束缚之后，就开始了他的独裁统治。