非常道叛乱在各朝各代几乎都出现过，各代皇帝处理的方法也不同，但很少会亲力平叛。可是晋明帝却不同，他不仅亲自到敌营打探虚实，还亲率大军战场厮杀，终于凭借自己的超凡胆识大获全胜。
明帝的皇位是从父亲元帝那儿继承的，所以并不是固若金汤的，而是危机四伏、风雨飘摇的东晋政权。因为在他即位半年前，镇守武昌的大将军王敦以诛杀奸臣为名，率兵攻陷了都城建康。
于是，王敦私自任丞相、都督中外诸军事，恣意诛戮朝臣，大肆纵兵抢掠，形同傀儡的晋元帝不久即忧愤而死。明帝即位时，王敦虽已还军武昌，但仍然大权在握，以族弟王导为尚书令，哥哥王含为荆州刺史，遥控朝政。
分析总的形势，从外部来说，西方的成国与北方的后赵都乘机频频进攻，东晋丧师失地，节节败退。再加上水灾、火灾、霜灾、地震等又连绵不断。
那么，王敦的目的显而易见，他就是想篡位自立，只因时机尚未成熟，才暂时保留了司马氏皇室；明帝要想稳定东晋局势，就必须铲除王敦叛乱集团。王敦与晋廷势难并存，这一点，司马绍与王敦心中都很清楚。
当年，王敦初克建康时，就因为太子司马绍“神武明略，朝野之所钦信，欲诬以不孝而废焉”、因温峤等大臣的反对而未能得逞。当元帝死、明帝立的消息传到武昌后，王敦又派党羽劝明帝征其入朝辅政。
他原以为明帝必然不敢征用自己，那么，他的死党就可多方逼迫明帝就范，甚至再次举兵，顺流而下，以达篡位目的。哪知明帝却出乎他的意料，坦然“手诏征之”，这一来，心怀鬼胎的王敦反倒“心折不敢入”了。
太宁元年四月，王敦移镇姑孰，屯兵于湖。姑孰迫近京师，位于长江的重要渡口，是建康西南的门户。王敦又自任扬州牧，并以王含为都督扬州、江西诸军事，族弟王舒、王彬、王邃分别为荆州、江州、徐州刺史，用钱凤、沈充为谋士，邓岳、周抚为爪牙，“楼船万计，兵倍王室”，随时准备“举兵内向”，企图就此攻灭东晋王朝。
虽然敌强我弱，但是明帝毫不畏惧，他决定亲自铲除王敦叛乱集团，并为此作了充分的准备。为了掌握敌情，明帝亲自微服乘马，到于湖暗察王敦军中的虚实。
明帝大体摸清了王敦军队的虚实后，就迅速进行部署，起用郗鉴、温峤等一大批忠心耿耿、文武双全的大臣，乘王敦病重，于太宁二年六月下诏讨伐叛军。因为王敦“为物情所畏服”，明帝机智地只把诏书的矛头指向钱凤，伪言王敦已死，大大振奋了军心。王敦见到诏书，勃然大怒，随即命王含为元帅，与钱凤、邓岳、周抚等率军立即攻进建康。
而明帝这边，他一面亲自指挥，沉着应战，一面还做了大量的工作，以期最大限度地孤立敌军。王导是东晋的开国功臣，虽然深得元帝信任，但他为人圆滑，“善于全己”，明帝明知他不可能为皇室出多少力，但仍授他以“大都督、假节、领扬州刺史”的官衔，以稳住他及一些左右摇摆的人。
在讨伐诏书中，明帝还明确指出：“罪止（钱凤）一人，朕不滥刑”；连王含、沈充等死党也分别派人去劝谕，晓以大义，许以官爵；文武百官为王敦所授用者，一概不予追究；至于被王敦裹胁的将士，独子则遣散回家，“终身不调”，其余的给假三年，假满后与宿卫之士一视同仁。
晋明帝的这些正确措施起了很大的作用，叛军渐失人心，士庶解体，王敦也孤注一掷，命王含、钱凤等率水陆大军五万余人，突至秦淮河南岸。于是，明帝再次亲率六军迎敌。
一天深夜，明帝挑选了一千多名壮士，悄悄地渡水击敌，杀死其前锋将何康。叛军猝不及防，顿时大乱，温峤等又乘机夹水猛击。叛军大败，被杀得七零八落。
王敦接到败报，愤怨而死。叛军随着王敦的死也土崩瓦解，就这样持续三年的王敦之乱终于被彻底平定了。