玉米基肥应以有机肥料为主，基肥用量一般占总施肥量的60％～70％左右。北方高产玉米，基肥有机肥用量一般每公顷60～75吨。基肥施用方法要因地制宜。基肥充足时可以撒施后耕翻入土，如肥料不足，可全部沟施或穴施。集中施肥有利于作物吸收，减少流失，肥料利用率高。
磷、钾肥作基肥效果较好，过磷酸钙作基肥，每公顷用量225～375千克，宜与有机肥料混合或堆腐后施用。施用硫酸钾作基肥，每公顷用量112～150千克，可与有机肥料混合施用。
由于夏播植物抢时间早播种是增产的关键，所以夏玉米往往来不及施基肥。一般在前茬植物（如小麦）播种时多施基肥，用其后效供给夏玉米所需的养分。在不影响早播前提下，以腐熟、优质的农家肥，用沟施、穴施的办法给夏玉米施基肥，对增产有利。
玉米施用种肥，增产效果明显，一般可增产10％左右。在土地瘠薄、底肥不足或未施底肥的情况下，种肥的增产效果更大。种肥以速效氮素化肥为主，酌情配合适量的磷、钾化肥。腐熟的优质农家肥也可以作种肥，在夏播玉米来不及施基肥情况下，它可以补充和代替部分基肥。氮肥作种肥用硫酸铵、硝酸铵较好，每公顷37.5～75千克硫酸铵或22.5～45千克硝酸铵即可，如配合过磷酸钙，则氮、磷配合比例为2∶1或1∶1为好。混合好的肥料施在种子的侧下方，距种子4～5厘米的地方，穴施或条施均可。应避免与种子直接接触，以防烧苗。