传统的绿肥利用方式是将绿色体直接翻压土中或切割沤堆异地施用，平常叫做“活埋”。这种利用方式虽能起到肥的作用，但有不少浪费，因为绿色体中的蛋白、脂肪、维生素和矿物质，并不是土壤中不足而必须施给的养料，绿色体中的蛋白质在没有分解之前不能被植物吸收，而这些物质却是动物所需的营养。所以，要提倡“过腹还田”，利用绿肥饲养牲畜、鱼，先把其中的蛋白质及各种营养物质经过动物消化而转化为人类能直接利用的鱼、畜等产品（肉、乳、蛋、皮毛等），然后再以畜粪还田。据报道，绿肥被牲畜取食后，其化学潜能大约有16％～29％转化成牲畜的躯体，33％用于维持生命活动，38％～51％随粪便排出，成为良好的有机肥料。据前华东农业科学研究所测定，用紫云英喂猪，从猪粪中回收的氮、磷、钾分别为绿肥原有量的75.6％、86.2％、77.8％，而且转变为更易利用的状态。用1250千克紫云英压青，增产稻谷38.9千克，而用1250千克紫云英鲜草制成1000千克草粉喂食3头肥猪，两周共增重26千克，将回收的猪粪施于水稻，增产稻谷27.05千克，稻谷虽比压青少收11.85千克，但猪增重26千克，经济效益远高于直接还田。其他单位喂羊及禽类的试验也都取得类似的结果。喂鱼，鱼吃嫩叶，绿肥残茬及塘泥可以肥田。
绿肥直接利用，可以直接耕沤或搬家翻耕。对于不同地区茬口如何灵活应用，主要考虑四个基本原则：①根据翻压绿肥的目的，确定选择绿肥鲜草产量最高和质量最佳时期进行翻压。②考虑下茬农植物的种植和吸收养分的时期，以最大限度地发挥肥效。同时又避免养分的流失或因绿肥腐解对幼苗生长的不利影响。③考虑土壤、气候、地形等自然环境条件，根据不同绿肥作物的腐解速度，确定翻压的技术措施（时期、深度和方法）。④考虑在间作、套种栽培条件下绿肥与农植物的共生关系，做到在不影响农植物生长发育的前提下，尽量获取优质高产的绿色体。
一般的绿肥植物以盛花到始黄期耕翻产草量和养分含量最高，但必须与上述其他诸条件相适应，取得最佳的效益。绿肥每公顷翻压用量一般不超过15000千克，过多会影响下茬植物出苗。