多尔衮刚去世的时候，出于政治的考虑，顺治给了多尔衮无比的尊崇，但这些只是做个样子而已。顺治对多尔衮其实早有成见，只是因为自己年幼，而且忌惮多尔衮的势力，才一直不敢轻易有所行动。事实上他跟母亲一样，也正在高度紧张地观察着时局的变化。
多尔衮去世后，孝庄用这种安抚追封、四两拨千斤的方法，为顺治赢得了亲政的权力。政局稳定后，顺治立刻接手掌握了朝政大权。不久，济尔哈朗等人开始反击了。
野心勃勃的阿济格，经过多尔衮的授意，决定将多尔衮的势力据为已有，并对朝廷造成动乱，趁机夺取政权。于是在多尔衮去世后，阿济格立刻开始了行动。他派遣了一支三百人的骑兵进京，妄图抢夺政权。然而随同出猎的大学士刚林发现了他的企图，及时上报给了孝庄皇太后，避免了这一动乱。事发后，阿济格等人被一网打尽，送入监狱监禁起来。长期以来备受多尔衮压制的两黄旗大臣以及蓄势待发的济尔哈朗迅速联合起来，趁着这个大好时机，对多尔衮的势力进行反击。
多尔衮死后没多久，他的政敌们就纷纷出来翻案，揭发检举他的大逆不道之罪。首先议了阿济格的罪，然后恢复两黄旗贵族的地位，提升两红旗的满达海、瓦克达、杰书、罗可铎等。白旗的大臣苏克萨哈眼见此情况，纷纷调转枪口。此后不久，济尔哈朗等大臣成功地制伏了多尔衮的亲信，多尔衮的亲信纷纷落马，因为各种的罪名或被斩首或被囚禁。最后，矛头直指刚死不久的多尔衮。又通过顺治皇帝，追加多尔衮生前的阴谋篡夺皇位的忤逆罪状，并把这些罪状昭告天下。于是那些曾经的最高荣誉和地位就像浮云一般，仅仅一个月的时间，多尔衮的地位就来了个乾坤倒转。眨眼间的工夫，他生前的赫赫战功、戎马半生为大清朝立下的伟大功绩被弄了个精光，甚至连骨灰都没有被留下。
顺治八年（1651年）正月，多尔衮的贴身侍卫苏克萨哈向顺治皇帝递上了一封检举信，揭发了多尔衮生前曾经与党羽密谋，企图率两白旗篡夺皇位。还说多尔衮生前就已经偷偷地制造好了龙袍服装，家里还收藏着当皇帝用的珠宝。
年仅十三岁的顺治皇帝第一次亲自打理朝政，以郑亲王济尔哈朗为首的几个亲王以及几个大臣联名上书，说多尔衮妄自尊大，背弃用心全力辅助幼主的誓言，自称为皇父摄政王。凡是需要批示的奏折他都强行自己决定，还以此来挟制皇帝，而且他还让肃亲王枉死，并在肃亲王死后霸占了肃亲王的妃子，没收了肃亲王的财产，我们这些大臣在他死前因为畏惧他的权势而只好忍气吞声。现在我们冒死奏章，希望皇上给他应有的惩罚。
顺治本来就对多尔衮不忿，这回正好顺水推舟。他召集王公大臣，公布了郑亲王济尔哈朗等人的奏折，数落了多尔衮的十大罪状，最主要的一条就是有谋逆之心。之后，顺治下令将多尔衮削去爵位，撤销他的庙堂。罢黜了他的宗室，并且没收了他的全部财产。顺治真的对多尔衮恨之入骨，对于多尔衮的死党，他也给予了严厉的打击。多尔衮三兄弟也都先后死亡，支持他们的势力都遭受到了打击。经过来自多方面的打击，多尔衮集团已经溃不成军。
济尔哈朗本来想占据多尔衮的位置，趁机揽权，但是顺治只利用他一时，就让他退休回家了。其实，多尔衮算得上是顺治的恩人，因为，多尔衮才是那个为清王朝奠定中原的人。正是由于他的存在，才使得顺治能够顺利地继承皇位，才能入主中原，定都北京。
不过对于年幼的顺治来说，他似乎并没有赶上多尔衮沙场征战的年代，打从他记事开始，只记得这个叔叔居功骄傲，武断专横。他还目睹了多尔衮害死自己的哥哥豪格，又把哥哥的妃子占为已有的行径。更让顺治恼火的是，母亲与多尔衮的那种关系，他深深地以此为耻辱，并且难以接受。在多尔衮死后，顺治心中的怒火，终于找到了一个发泄的口子。面对这人生中的第一次也是最后一次机会，他怎么可能轻易放过。别看他年纪不大，但是他的报复心却很惊人，顺治皇帝命令毁掉了多尔衮的陵墓，把多尔衮的尸体抛尸荒野，鞭打多尔衮的尸体，他甚至还割下了多尔衮的头颅，使得多尔衮身首异处。
可怜一代叱咤风云的大人物，死后连个全尸都没有落下。就这样，一个对大清国的开创立下了卓越功勋的多尔衮，一夜之间被顺治焚骨扬灰，变成了千古罪人。
直到数个朝代之后，顺治的曾孙子乾隆皇帝才重新看待这件史事，为多尔衮翻了案，承认了他立下的功勋，认为他是忠于皇上，并且尽忠职守、深明大义的。乾隆不但复还了多尔衮睿亲王的封号，还追加谥号忠，配享太庙，他的爵位也可以世袭传承下去。
孝庄皇太后对于多尔衮的恩怨情仇，是她无法说清的。儿子顺治清除多尔衮的残余势力，她是很支持的。但是，当她看到顺治如此狠毒地对待他的亲叔叔，她的内心又是非常矛盾和复杂的。多尔衮为大清国立下卓著功勋，而且她与多尔衮又有特殊的情分，她着实不愿意看到多尔衮死后仍然得不到安宁。但是，由于儿子对于她和多尔衮之间的情感的仇视，她又无法阻止儿子的行为。再加上顺治忍辱负重七年后终于能够亲政，她不忍心再去过多地干涉儿子的决定。而且那些被多尔衮生前打击过的满汉大臣，也都一个个义愤填膺，趁此机会发泄自己的仇恨。孝庄觉得如果儿子能做好大清国的皇帝，就必须脱离自己的庇护。自己能做的，就是在背后默默地支持他，督导他的学习，指出他政治上的得失。因此在多尔衮死后，孝庄开始全力辅导儿子治国安邦。她首先要求顺治努力学习汉族文化，精通治国安邦的方法，同时下令把许多汉语书籍翻译成为满文，供满贵族子弟学习阅读，从中汲取知识和经验。她还积极团结汉族的文官武将，使他们更好地为清朝效力。她很注重节俭，曾多次把宫中节省出来的银两赈济灾民。
从多尔衮的角度来说，他一生戎马，为了大清王朝尽心竭力，生前曾经达到权力的顶峰，一人之下，万人之上。但是他死后仅仅两个月，就从权力的巅峰跌落到低谷，这完全是统治阶级内部斗争的结果。
但是，不管政敌们如何抹黑，他的赫赫功勋也是无法抹杀的。顺治十二年（1655年）正月，吏科副理事官彭长庚、一等子许尔安分别上疏，赞颂多尔衮的功勋。他们的话合情合理，却被济尔哈朗臭骂一顿，落得个流放宁古塔的下场。可见，公道自在人心中，尽管在如此高压的政策之下，仍然有人替多尔衮说好话。
多尔衮一生中有好几个妻子，他的正妻是蒙古科尔沁台吉吉桑阿尔寨之女，即敬孝忠恭正宫元妃，继福晋有佟佳氏、扎尔莽博尔济吉特氏、科尔沁博尔济吉特氏（拉布希西台吉之女）、科尔沁博尔济吉特氏（索诺布台吉之女，即原豪格的福晋）、朝鲜李氏，还有妾察哈尔公齐特氏、博尔济吉特氏、济尔莫特氏、朝鲜李氏。前后共有六妻四妾，却一个儿子都没有，只有一个女儿。