事情果然像董鄂妃想的一样，为了整个大清，孝庄太后是根本不可能废除皇后的，废后的事情不会有任何结果。顺治听从了董鄂妃的话，没有再闹下去。但是这件事并没有就这么过去，在孝庄心里还是留下了一些成见。董鄂妃失去孩子后伤心不已，神情恍惚，整日恸哭不止，本来就柔弱的她，越发变得消瘦。
孝庄并不理会董鄂妃的身体状况，坚持按照惯例让董鄂妃随侍左右，而且没有她的吩咐，董鄂妃必须一直站着。孝庄还装作身体不适，故意让董鄂妃昼夜服侍。孝庄的行为不仅严重地摧残着董鄂妃的身体，而且给她带来了很大的心理压力，她的这些苦闷痛楚都不敢跟别人倾诉，更不敢告诉顺治皇帝。就这样，董鄂妃的身体状况慢慢变差，直到心力交瘁病倒在了床上。顺治找来最好的医生，使用最好的药，用尽了各种办法想要挽救爱妃的生命。只可惜天妒红颜，不管顺治多么努力，顺治十七年（1660年），一代名妃、绝代佳人董鄂妃病逝于承乾官，年仅二十二岁。
董鄂妃死后，似乎也把顺治的灵魂带走了。董鄂妃病逝，令顺治皇帝痛不欲生，他哭得死去活来，甚至寻死觅活。这位痴情的皇帝在董鄂妃弥留之际，自己也伤心得神情恍惚，不理朝政。
董鄂妃死时，顺治听到这个噩耗，竟然一下子晕了过去。他醒来后第一件事情，就是来到董鄂妃身边，想自刎殉情。当时他的母亲孝庄太后不得不让左右的人看守他，以防他再自杀。自刎被阻止之后，他又发疯似的用头撞墙，幸好孝庄有所防备，才没有出大事情。
董鄂妃死后第三天，即八月二十一日，顺治谕礼部：“皇贵妃董鄂氏于八月十九日薨逝，奉圣母皇太后谕旨：‘皇贵妃佐理内政有年，淑德彰闻，宫闱式化。倏尔薨逝，予心深为痛悼，宜追封为皇后，以示褒崇。’朕仰承慈谕，特用追封，加之谥号，谥日‘孝献庄和至德宣仁温惠端敬皇后’。其应行典礼，尔部详察，速议具奏。”在礼臣们拟议谥号时，“先拟四字，不允。至六字、八字、十字而止，犹以无‘天’‘圣’二字为歉”。
为了表达自己对董鄂妃的爱，顺治皇帝一改厉行节俭的常态，在景山建水陆道场，大办丧事。有一百零八个僧人为董鄂妃诵经，每天都烧纸、施食，香烟缭绕，纸灰飞扬，之后又把很多的珠宝字画付之一炬。
如果董鄂妃在天有灵，一定会反对他这么做。可是他管不了那么多了，他太悲伤了，只想用尽一切方法去缅怀她，哪怕她在地下，也不要她受到一丝的委屈。顺治还一改他以前推崇的佛家以慈悲为怀的观念，想将宫中太监与宫女三十人赐死，让他们在阴间侍候自己的爱妃，后被制止。
同时，顺治还令全国服丧，官员一月，百姓三日。顺治让学士撰拟祭文，命朝中大臣和皇亲国戚都去哭陵，并亲手撰写了饱含深情、长达四千字的《端敬皇后行状》来悼念爱妻，寄托自己的哀思之情。文中回忆了董鄂妃的件件往事，称董鄂妃娴静循礼，侍奉公婆尽心尽力，对待自己更是无微不至，对自己的饮食起居无不关怀备至。每逢顺治在夜晚办公看奏折，她都陪伴在身边，不分早晚。董鄂妃还生性节俭，衣服简朴，也从不会因为宠爱而骄傲无理，对宫女下人都非常好。文中满含深情地回忆了他与董鄂妃的点点滴滴，两个人的深情表露无遗，让人感慨万千。三天后，他又破例追封董鄂妃为“孝献庄和至德宣仁温惠端敬皇后”。
顺治几乎把自己所有的爱称都给予了这位让他刻骨思念的女人。同样是痛失了自己心爱的女子，爱新觉罗氏似乎都是多情的种子，就像努尔哈赤对有红杏出墙传闻的阿巴亥还是深深地迷恋，皇太极可以在惊闻海兰珠病逝的时候，不顾军情的危机，骑马飞奔六天六夜，只为了见宠爱的妃子最后一面；而董鄂妃逝世后四个月，顺治帝也走到了人生的尽头。这位痴情的皇帝伤心欲绝，以至于不想再独活于世上。当时，整个朝政几乎到了瘫痪的地步，皇帝不再早朝，不再批阅奏折，顺治开始实施前所未闻的惊人之举。整个皇宫哭声震天，到处都是僧侣们超度念经的声音，整个国家笼罩在一片缟素之中。不能有音乐，不能有谈笑，人们不得不小声地说话，以免惹来灾祸。而且亲王以下，四品官员以上，还有公主、王妃以下的妇人都要去为董鄂妃哭丧。不但上演了生殉，而且还不惜耗费大量的国库。孝庄着急了，即便丧礼结束了顺治帝的悲伤却没有丝毫的缓解，这样下来，如何治理国家，她没有想到，更棘手的事情还在后面。