董鄂氏在死前，曾经几次病情发作。眼看着心爱的妻子躺在床上备受这病痛的折磨，顺治也备受煎熬。随着董鄂妃的身体慢慢地变坏，顺治在日夜的操劳和担忧中身体渐渐地垮了下去。
因为董鄂妃的离世，顺治仿佛陷入了无尽的痛苦之中，无心朝政，心如死灰。这时候，好像只有佛学理论还能给他一点寄托，所以，他又萌生了出家的念头。顺治这个既任性又脆弱、多情而又哀愁的皇帝，在他生命的最后几年，先后经历了爱子夭折、宠妃去世、出家不成等情感上的打击后，精神上已经濒临崩溃。但是作为一国之君，他还要为国事而操劳，他的身体越发变得骨瘦如柴。
本来就体弱多病的顺治皇帝经过这几次变故，身心遭到了极大的伤害。在董鄂妃死后，顺治万念俱灰，决心遁入空门以求解脱。
顺治十七年（1660年）九十月份，顺治决心出家，由茆溪森剃度成了光头天子。十月十五日，茆溪森本师玉林琇奉诏到京，听说茆溪森给皇帝剃度了，大为光火，准备烧死茆溪森。
与茆溪森相比，玉林琇要更明智一些。他之所以要接近皇帝，向皇帝宣讲佛法，主要是想通过皇帝那无上的权威来发挥护法作用，所以，他是绝对不会让皇帝出家的。他对顺治说：“若以世法论，皇上宜永居正位，上以安圣母之心，下以乐万民之业；若以出世法论，皇上宜永做国王帝主，外以护持诸佛正法之轮，内住一切大权菩萨智所住处。”
听了他的话，顺治帝无奈，只得派自己的贴身太监吴良辅作为替身，入寺修行。客观地说，顺治潜心礼佛对当时的满汉矛盾起了一定的缓解作用。因为清朝代替明朝，许多人从思想上还不能接受，经常缅怀明朝并且对崇祯皇帝表现出哀思之情，为了逃避社会现实，他们就会避世于山中，出家为僧。顺治初期，很多的僧人就是这样来的。
顺治尊重佛教，而且他自己又是一个博学多才、礼贤下士的人，于是很多人因此消融了对清朝取代明朝的不满，而是开始接受大清统一天下的事实了。对于顺治礼佛，孝庄并不反对。可是如果顺治太沉迷于此，难以自拔，她当然是很反对的。顺治与母亲的距离越来越远，他无法理解母亲对自己的过多干涉。但是不管怎么说，作为一个皇帝要去做一个和尚，还是很不合适的。
其实顺治皇帝相比较他的父亲来说，更加畏惧天花，他一生采取了很多措施躲避天花。因为惧怕天花传染，他曾经连续六年没有接见前来朝见的蒙古王公，除了在宫中避痘，他还去南苑躲避，甚至停朝。可是历史偏偏与他开了一个玩笑。董鄂妃死后，他悲伤过度，万念俱灰，却仍然亲自主持为董鄂妃举办的葬礼。显然，已经心力交瘁疲惫不堪的身体，自然难以抵挡天花的侵袭。董鄂妃死后仅半年，顺治帝就得了当时的不治之症—天花。
当时正值新春，无论宫中还是民间都在张灯结彩，准备欢度新年。就在这时，皇帝病重的消息从宫中传出，朝廷传谕全国“毋抄豆、毋点灯、毋泼水”，并颁布大赦令，可是并无收效。在钦定皇三子即位、口述遗诏后，顺治皇帝于正月初七日半夜崩于养心殿，时年二十四岁。
顺治死后，朝廷依照他的遗嘱，将他葬在了清东陵。这块风水宝地，是顺治十四岁那年的冬天，在遵化躲避天花时发现并确定下来的。一代天子，竞为天花所迫，不得不离开皇宫，将自己放逐于北方的寒山冻水之间。
对于天花，当时的人们几乎是谈之色变。为了不引起朝野的恐慌，清朝正史中有意隐去了顺治死于天花的事实。诏书说顺治染上天花后，自知不起，召来他的亲信大臣礼部侍郎兼翰林院掌院学士王熙、学士麻勒吉撰拟遗诏。这份遗诏是顺治帝临终前最后一次自责自切，也是他自我批评精神的最后体现。遗诏除最后交待了帝位的继承人和辅政大臣名单外，其余内容全部是顺治检讨自己执政以来的罪，累计达十四条之多，可以说是一道地地道道的“罪己诏”。
顺治临死时写的这一份“罪己诏”，一共列出了自己的十四条罪状，有渐习汉俗、不敬祖宗、不孝母亲、对宗室无友爱之道，还有对董鄂妃的丧事花费过多、信任太监等。这些罪责有的是顺治真正存在的错误，有的大概是谦虚的话语。在顺治亲政之后，他重用了大批的汉族贤才，这使得很多的满族贵族甚为不满。所以这份遗诏，也从某些方面对他们做了安抚，这样也有利于增强和巩固满族贵族内部的团结。
事实上，在遗诏的内容上，孝庄与顺治再次产生了分歧。皇帝想立一个兄弟，但皇太后和亲王们的意见都是希望立皇子。也许顺治是担心他的皇子年幼，会遇到同他一样六岁即位但却不得不听命于人形同傀儡的遭遇。
顺治皇帝一共有八个儿子，其中玄烨为皇三子，是庶妃佟氏所生的孩子。孝庄对玄烨从小就十分关照，玄烨出生之时，孝庄的母亲刚刚去世一个多月，孝庄还沉浸在巨大的丧母之痛中，这时候的玄烨呱呱坠地，给皇宫带来了喜气，更给了孝庄很多的慰藉和希望。
玄烨出生的第二年，痘疹在京城传播，玄烨当时也曾出痘，被送到了紫禁城外一个府里，难以接触父母。
等董鄂妃入宫，顺治更是对她和她的孩子倾注了全部的爱，所以玄烨小时候没有体会到真正的父爱母爱。幸运的是，他得到了祖母的悉心照顾，祖孙二人建立了深厚的感情。孝庄对玄烨的教育是非常成功的，他非常懂事，小小年纪就好学不倦，常常读书到深夜。
玄烨满六岁时，他的父皇有一次问他们兄弟几人的志向。长宁年纪小，不知道如何回答；福全最年长，但是没有野心，就说愿意当一个贤王。
等到玄烨回答时，他非常认真地告诉顺治皇帝，说孩儿长大后，愿意效仿父皇。顺治听了非常开心。这件事情被孝庄知道后，也觉得这个孩子可能是个可塑之才，对他更是疼爱有加。因此，在顺治临终的时候，很多人还在猜测最终的继承人，而孝庄早已经在心里有了合适的人选。
孝庄失去爱子，痛不欲生。作为女人，最伤心的事情莫过于中年丧夫和老年丧子了，而她却都经历过了。她身穿黑色的长袍，在全身缟素的宫女搀扶下，哭得撕心裂肺。顺治是她寄予了多少希望的孩子啊，她为这个孩子操碎了心。当时为了让他登上皇位，自己可谓是费尽心机。登上皇位之后，又是被多尔衮牵制，母子二人看着别人的脸色活着。好不容易他成长到能够独自得心应手地处理政务了，正要大显身手的时候，却突然离去了。
想到这儿，孝庄禁不住又泪如雨下。顺治本是一个简朴的皇帝，孝庄更是一个很简朴的太后，顺治死后，本来他生前的物品都要一起火化，而且同时还要焚烧很多的绫罗绸缎还有珠玉珍宝，这都是旧时的惯例。皇太后看着这些宫中的奇珍异宝这样被烧掉，觉得有些浪费，于是在焚烧过后，命令别人把没有烧坏的捡起来拿到民间出售，用来当做修建山陵的费用。皇太后这一举动虽然与常理不和，但是受到了人们的好评。幼小的玄烨看到后，对祖母非常的崇拜。