晚年的孝庄生活很低调简单，一部分时间礼佛读书，一部分时间与儿孙媳妇等人聊天，有时候则静静地回顾一些往事。遇到她的生日，她也总是要求简单不必铺张，她的晚年还是很幸福的，有一个至孝的孙儿，这是她最开心的事情。
康熙二十六年（1687年），七十五岁高龄的孝庄旧病复发，这次犯病来势汹汹，不同于以前。从这一天开始，康熙处理完政务便立即来到慈宁官守候在祖母的身边，衣不解带废寝忘食，亲自为祖母检查药单，亲自为她调药。
祖母睡着了之后，他就坐在帷帐外面，时刻注意着祖母的动静，一有声音他就立即赶到床边，亲手捧上所需的东西。孝庄心疼孙儿，让他回去休息，他都不肯，担心自己离开后，祖母不能及时用上需要的东西。他准备了很多东西，就连米粥都准备了三十多种。
见孙儿如此殷勤周到，病痛之中的孝庄感动得老泪纵横。康熙想尽了一切的办法来挽救祖母，他曾经连续五天在宫中不停地为祖母祈福，还命令刑部，除了十恶不赦的罪人全部大赦，希望能以这样的好生之德来感动上天，保佑祖母身体好转。
然而孝庄的病还是不断加重，万般无奈之下，康熙不顾天气刺骨的寒冷，冒着冰冷的寒风亲自率领王公大臣，从乾清官步行到天坛为祖母祈福。他甚至祈求上苍，愿意折减自己的寿命来换取祖母寿命的延长。康熙跪在坛前，读着自己写的祭文：“嗣天子臣玄烨敢昭告于皇天上帝日：‘臣仰承天佑，奉事祖母太皇太后，高年荷庇，藉得安康。今者，疹患骤作，一旬以内，渐觉沉笃，旦夕可虑。臣夙夜靡宁，寝食捐废，虔治药饵，遍问方医，罔克奏效，五内忧灼，莫知所措。窃思天心仁爱，覆帱无方，矧臣眇躬，夙蒙慈养。忆自弱龄，早失怙恃，趋承祖母膝下二十余年，鞠养教诲，以至有成。设无祖母太皇太后，断不能致有今日成立，罔极之恩，毕生难报……
康熙读完这段话的时候，已经满脸泪水。他明白，自己能有今天这一番的成就，能走到今天的位置，与孝庄的爱和帮助是分不开的，孝庄也为大清的繁荣和发展付出了毕生的心血。
康熙二十七年（1688年）十二月二十五日，孝庄与世长辞了。她担心孙儿悲伤过度，特别在遗诏中指出，皇帝你拥有大孝的品质，超越了千古，我害怕你过于悲痛，你要自己节制哀伤，务必以天下苍生为重。
孝庄的遗诏体现了她的一贯作风，凡事为大清社稷着想，孝庄还交待自己的儿媳皇太后，如果我死去了，千万不要让皇帝割辫子。尽管已经有思想准备，孝庄去世后，康熙还是悲伤不已，难以接受这一噩耗，一连十几日他都哀哭不止，水米不进，以至于吐血昏迷。
他甚至没有听从祖母的遗愿，也没有听从皇太后的劝阻，依然割掉了自己的发辫。由于康熙没日没夜地沉浸在对祖母的怀念和哀痛之中，以至于昏迷，严重地影响了他自己的身体健康。大臣们很是担心，一再劝慰，康熙终于肯吃一些食物，但是仍然日夜哀痛，神情委靡。
皇帝如此悲伤，举国都感到悲痛。尤其是京城和科尔沁草原的人们对孝庄的思念是最真挚的，朝臣们一再奏请皇上将二十七个月的居丧持服减为二十七天，但是康熙执意不从。眼看着康熙容颜憔悴身体状况下降，王公贝勒大臣们着急了，最终他还是在大臣的一再劝慰下，以大局为重，答应了他们的请求。
孝庄死后，直到康熙在六十一年（1722年）十一月十三日去世，整整三十五年的时间，康熙都没有真正地从对祖母深深的思念中解脱出来，他不愿意经过孝庄曾经居住过的慈宁宫，每次路过都必须绕道而行，免得自己触景生情。此后，康熙每年都抽时间祭奠祖母，轻声向她汇报大清的发展和成果，来告慰祖母的在天之灵。
七十五岁的孝庄离开人世之后，让人非常吃惊的是，孝庄并没有与皇太极合葬于关外昭陵，而是选择了其他地方，就是关内盛京之西的昭西陵。这种令人不解的行为立刻引发了很多人的猜测，很多人认为发生这种变故很可能是下嫁之故。史书上记载，孝庄太皇太后在临终之时，告诉圣祖康熙，太宗陵寝奉安已久，并且已经有孝端皇后合葬，不要再因为我的原因轻易去改变了，而且我的心中还时刻惦念着顺治，所以我应当在顺治孝陵附近安陵。但是也许这种非常官方的解释，也许只是经过修饰过的故事吧，并没有足够的理由让人们去相信。关于孝庄皇后不与皇太极合葬这件事情，还流传着一种叫做“托梦定陵址”的说法。大体上就是说：孝庄皇后死后，大清朝廷按照祖宗的先例，决定将她葬入昭陵，与太宗合葬。但当梓官途经东陵时突然就像变为铅铸的一样，一百二十八名杠夫都觉得非常沉重，个个被压得不能行走一步，骨头都要散架了，大家都支撑不住了，就只能把棺材放在地上，就这样过了好几个小时，大家想再试一下，看看棺材是不是可以搬动了，结果那个棺材就像长在地上一样，一动都不动。这下子可急坏了送葬的诸王大臣，于是飞报朝廷。
康熙皇帝接到上报，也没有任何的办法。当天晚上皇帝在梦里梦到孝庄对他说：“我决计不与太宗合葬，如今梓宫停放之地就是上吉佳壤，可即地建陵安葬，切记吾言，休得违误。”皇帝醒后决定听从祖母的安排，于是就找了个好日子，把棺材埋在了祖母所说的位置，这回再移动棺椁也不那么沉重了。很显然，这个故事只是一个神话传说，可信度不高。
再有一种说法就是因为孝庄皇后曾经下嫁给多尔衮，已不是皇太极的皇后了，所以她没有资格入葬昭陵，更没有脸面与皇太极合葬。但是清廷的官书从来没有孝庄皇后下嫁多尔衮的记载，孝庄下嫁也只是大家的推测，究竟是否存在也是众说纷纭，而且康熙帝以后各个皇帝都始终承认她是太宗皇帝的皇后，所以说这个说法的证据也不充足。
史书中关于孝庄皇后不与皇太极合葬的原因是这样记载的：孝庄皇后生前就为自己葬地之事早就留下了遗嘱，她对康熙皇帝交待说：“我身后之事特嘱你：太宗文皇帝梓宫安奉已久，卑不动尊，此时不便合葬。若别起茔域，未免劳民动众，究非合葬之义。我心恋你们父子，不忍远去，务必于遵化安厝，我心无憾矣。”康熙皇帝非常孝敬她，所以就在孝庄皇后死后听从了遗嘱的安排，将祖母安葬在了遵化的东陵附近。
还有一个问题，那就是为什么孝庄又被葬在了清东陵大红门东侧风水墙外，而不是在皇陵内呢？在一些民间的故事中说，大概还是因为孝庄曾经下嫁过多尔衮丢了爱新觉罗家族的颜面吧，把她葬在陵区大门外罚她世世代代为子孙把门。这只是一些人的猜想，更为真实的原因是，顺治的孝陵处于陵区内至高无上的位置，而孝庄则是顺治的母亲，地位自然要比顺治的高了。如果把她葬在陵区内任何地方，位置都低于孝陵，这样做就不合适了。还有就是孝庄虽葬在遵化清东陵，但与远在沈阳的皇太极的昭陵仍是一个体系。孝庄皇后的陵名叫昭西陵，因此看，与清东陵是两个不同体系，不能混淆，只能葬在东陵区外，这样才能够做一个区别。
另外，在清代不管是皇帝还是王公贵族都先从最高辈分的墓主人的陵寝开始。孝庄皇后在清东陵所有内葬人中辈分最高，所以谒陵时，每次都必先从孝庄皇后的昭西陵开始。大红门是陵区的正门，是谒陵的人最先经过的地方。将昭陵建在大红门旁边，也为谒陵提供了极大的方便，就不用来回再奔波了。在清朝是以左方为尊，皇帝谒陵，出入宫门、殿门、陵寝门皆走左门，臣工走右门。把昭陵建在大红门左侧，体现了尊贵的意思，表达了以后的子孙对她的爱戴。大红门左侧地势很平而且很高，但是大红门右侧，低洼又很崎岖不平，又濒临西大河，经常有水患，所以从环境上看，也应该将昭西陵建在大红门左侧。
我们通过这几个原因就可以很清楚地看到，之所以会将孝庄皇后葬在东陵陵区外，绝不是为了罚她为后代子孙看守陵门，而是综合考虑各方面的原因后做出的最佳选择。而且事实上，康熙年间也认为这事难办，难堵众人悠悠之口。终康熙一朝也始终未能安葬孝庄，孝庄的梓宫一直停放在顺治孝陵之侧。
直到雍正三年（1725年），雍正服父丧二十七个月之后，才动工兴修昭西陵。在中国传统的丧葬礼节中强调的是“入土为安”，但康熙却三十多年不葬祖母，虽然雍正解释为康熙与祖母感情笃深，不忍下葬，但这是有点说不过去的，其中也许就有很难解释的隐情吧。
在孝庄去世之后，康熙悲伤难抑，要在宫中为祖母守孝三年，因为担心皇帝的身体，也为了不耽误国家大事，朝臣们一致劝谏，康熙最终接受了大臣们的建议，但是也为祖母戴孝将近两年。康熙的言行留给世人的感觉是，在纯孝之外，似乎还对祖母怀有一份非常浓重的歉疚之心，希望有所补偿。为什么会有这种亏欠呢，必然是康熙的一份不可告人的隐痛。这隐痛就是孝庄为了保存皇太极的遗孤，保住皇太极一生奋斗而来的事业，不得不做出有悖伦常的事情。在这一点上，孝庄不仅没有辜负太宗，而且应当为太宗谅解，甚至是感激。但是，由于世俗礼法，孝庄竟然不能与太宗合葬，遭受了莫大的委屈，背负着不白之冤，这是康熙心中永远的隐痛，至死不休。
当时，在皇太极死后，多尔衮亲自指挥正黄旗，很多人依附于他，多尔衮还拥有他的嫡系武力正白旗。镶白旗本来是属于多尔衮的弟弟多铎的，这个时候也已经是多尔衮的了。本为太宗所有的正蓝旗，名义上的旗主为豫王之子多尼，但是在顺治初年又归多尔衮。还剩下正红旗归代善所有，现在的旗主是满达海。镶红旗，旗主为克勤郡王岳托，英亲王阿济格亦持有一部分。多尔衮握有两黄、两白、正蓝五旗，对两红旗亦有影响力，只有完全属于郑亲王济尔哈朗的镶蓝旗是唯一的敌对势力。
多尔衮几乎拥有了大清国所有的兵力，这样的情况下他有什么是不能做的呢？作为摄政王的多尔衮贬斥了郑亲王济尔哈朗，诛杀了豪格，手握重兵，党羽密布，所有的反对势力都已臣服他，他唯一有所顾忌的就是孝庄太后。
那么，多尔衮由未入关以前想夺皇位而不能，到此时能夺皇位而不夺，其真实原因究竟是什么呢？唯一可以解释的就是太后孝庄从中虚与委蛇，以万缕柔情约束多尔衮的“最后一步棋”。
孝庄太皇太后留下遗旨不与太宗合葬，就是认为自己白璧有玷之身，无法再与太宗同穴。康熙完全了解祖母当年为了保住太宗留下的江山，不得不屈身下嫁的苦心，对孝庄简直做到了无微不至的关心。
孝庄去世之时，不能葬于皇太极昭陵，但是康熙不忍心让祖母孤零零地别葬他处，所以才形成了停孝庄梓官数十年，而无法下葬的局面。