1937年1月，中央组织部由保安迁驻延安。2月24日，中央政治局常委会议决定，博古任中央组织部部长。长征到陕北后，博古任苏维埃中央政府西北办事处主席。西安事变发生后，他作为中共中央代表到西安协助周恩来工作。事变和平解决后，于1937年2月7日（或8日）从云阳回到延安。
1937年5月，党的全国代表会议在延安举行。会上，博古作了关于苏区党的组织问题的报告。报告对过去苏区党的组织工作和群众工作进行了总结，指出在目前新的形势下，党的组织工作方法及组织形式要随着环境的变更而改变。经过大会四天的讨论和发言，与会代表认为：“博古同志报告有很大发展，都是很好的。”
1937年7月初，博古与周恩来、林伯渠离开延安，前往西安、庐山、南京等地同国民党进行谈判。他们从西安到达上海的当天晚上，震惊世界的卢沟桥事变爆发了，中国的全面抗战开始了。8月，洛川会议后，周恩来去山西工作了近三个月，同国民党谈判的工作，即由博古、叶剑英在南京继续进行。此时，中央组织部的工作实际上由副部长主持。
原中央组织部副部长郭洪涛，在党的全国代表会议后，调任中共陕甘宁边区党委书记，副部长一职暂时空缺。7月，陕甘宁省撤销，改为庆环专员公署，原在陕甘宁省任党委书记的李富春调回延安。8月，李富春任中央组织部副部长。
在博古任中央组织部长的近一年间，组织部内部机构变动不大，但人员有出有进。组织科科长金维映去抗大担任女生队队长，原西北办事处土地部部长王观澜接任科长（土地部于1937年2月并入国民经济部）。干部科科长乐少华去抗大学习，科长由王鹤寿接任。
1937年11月29日，陈云同王明、康生、曾山等一行10人，乘飞机回到延安。陈云是在长征途中红军夺取泸定桥后受中央派遣，经上海去莫斯科向共产国际汇报红军长征和遵义会议情况的。他在那里工作、学习了一年半时间，于1937年4月回到迪化（今乌鲁木齐），任中共中央驻新疆代表。11月，调回中央工作。这时，王明、康生也从莫斯科回国，他们就一起乘飞机到了延安。
1937年12月，张闻天主持召开了“十二月政治局会议”。在这次会议上，陈云与王明、康生增补为中央书记处书记。会议还决定，博古参加新组成的长江局的工作，陈云接任中央组织部部长职务。会后，陈云与博古办理了接交手续，就到中央组织部走马上任了。