党中央长征初到陕北时，随着中央机构名称的变动，中央组织部也作了相应的变动。长征开始前，中央组织部称为中央组织局，李维汉任主任。到陕北后，中共中央对外称中共西北中央局，中央组织部改称为中共西北中央局组织部，亦称为中央组织部。它和宣传部、白区工作部是中央机关的三个主要部门。
初到陕北时的中央组织部，组织机构很精干，只有一个部长和两个科：干部科和组织科。部长李维汉，干部科科长郭滴人，组织科科长金维映，总共有几个人。1935年11月7日，中央组织部随中央机关一起进驻瓦窑堡。由于长征刚刚结束，有了一个较为安定的工作环境，组织部的日常工作开始正常运作。不久，中央组织部就发出了关于交纳党费的通知，决定从12月起每个党员每月交纳党费两个铜元。个别困难不能交纳者，经支部批准可以减少或免交。
瓦窑堡会议后，全党围绕着建立抗日民族统一战线的政治路线开展工作。中央组织部的组织科参与瓦窑堡的工、农、商、学、妇各界建立抗日救国会的宣传和组织工作。干部科管理中央党校的招生和学员分配及其他干部的调配。1936年1月5日至9日，中央组织部在瓦窑堡召开了地方党的组织部长联席会议。出席会议的有陕北省委组织部部长王达成，陕甘省委组织部部长欧阳钦，三边特委组织部部长慕生忠，关中特委组织部部长张德生，神府特委组织部部长张秀山。陕北苏区各县委的组织部部长及部分区的组织部部长和支部书记也参加了会议。会议听取并讨论了以下报告：①关于目前政治形势与党的任务的报告；②关于领导方式的报告；③关于支部工作的报告；④关于干部问题的报告；⑤关于发展党员与党员成分问题的报告。
在瓦窑堡，组织部部长李维汉参加了纠正陕北错误肃反的工作。这是发生在1935年九十月间的错误肃反事件。党中央到达陕北后，成立了以董必武为主任的五人党务委员会，负责查处肃反问题。李维汉是党务委员会成员之一，其他三人是红军保卫局长王首道、军委代表张云逸、陕甘晋省委副书记郭洪涛。1935年11月底，由中央组织部召开了平反会，为刘志丹等一大批被错误审查和处理的同志进行了平反。会上，宣读了《西北中央局审查肃反工作的决定》，宣布了党中央对戴季英、聂洪钧同志的处分决定。陕北错误肃反的及时纠正，增强了西北党和红军的团结，为党中央奠基陕北作出了重要贡献。但由于当时党中央还没有提出和清算王明的左倾机会主义路线，党务委员会在审查错误肃反时，主要着眼于尽快分清革命还是反革命，迅速释放刘志丹等被错捕的同志，因此在决定中有一些不妥当的提法引起了以后的争论。直至1983年党中央指定由李维汉等组成“五人小组”，会同原陕北、陕甘边有代表性的老干部进行座谈、研究，取得了一致意见，才结束了这场争论。
1936年7月9日前后，中央组织部随中央机关移驻保安（今志丹县）。7月30日，政治局常委会议决定，由于白区工作部部长张浩要外出工作，西北白区工作由李维汉负责，组织部也就增加了对外联系和接待工作。如当年在西安与杨虎城、孙蔚如进行联络和争取工作的陕西省委的汪锋、孙作宾，就是由中央组织部负责联系的。8月，在南京与国民党代表曾养甫进行秘密谈判的潘汉年回保安向中央汇报工作时，也是由中央组织部负责接待的。
1936年9月，为准备打宁夏、夺银川，中央决定成立定边工作委员会，由李维汉任工委书记。9月22日，李维汉离开保安，去了定边，中央组织部的工作则由张闻天代管。10月，郭洪涛任中央组织部副部长，主持部里工作。11月18日，干部科科长郭滴人因病在保安去世，时年29岁。当时，《新中华》报还发表了悼念郭滴人的文章。不久，中央军委直属政治处主任乐少华，接任干部科科长职务。