孙思邈颇注重针药并用，综合治疗。并认为：“针而不药、药不针灸，尤非良。……知针知药，乃为良医。”他不仅用针灸疗法除疾治病，而且深入研究，反复探讨实践，不断发现问题，提出问题。在理论上纠正了前人穴位混杂的现象，统一了针灸腧穴。在《千金要方》中撰写专列《针灸》专卷。首绘了背、仰、侧彩色三人《明堂针灸图》，载记孔穴650处；并载奇穴达187处之多，而且许多奇穴至今仍在沿用，疗效甚着，如“八风”、“十宣”等都是孙思邈发现的有效奇穴，为我国的针灸学展示了新的容貌。
孙思邈认为：“人有老少，体有长短，肌有肥瘦，皆须精思商量，准而折之。”故首创“指寸法”，即以“仍取病者男左女右手中指第一节为一寸”。这种“以病人指寸量之”度病人身上穴位，是相当科学的，不失为取穴之要。这确是对我国针灸技术的发展，也是对针灸医疗的伟大贡献。
孙思邈又发明了“以痛取穴”，针刺治病，疗效显着，即沿用至今的“阿是穴”，这更是对针灸学的一大贡献。“阿是穴”首创见于《千金要方》卷二十九《针灸上·灸例第六》：“有阿是之法，言人有病痛即令捏其上，若果当其处，不问孔穴，即得便快，成痛处云阿是，灸刺皆验，故曰阿是穴也。”“阿”即是对按、捏所致痛感而发出的惊叫之声；“是”则是“这”。自此之后，阿是穴应用日渐扩大，影响深远。1000多年来，即今人谓“特殊过敏点”、“反应点”、“压痛点”等。其唐代以后也曾称为“天应穴”、“不定穴”等皆如是也。孙思邈这种勇于创新、善于发现、苦于钻研的精神，值得我们永远学习。