药王孙思邈是我国伟大的医药科学家，儒家思想对他有较大而深刻的影响，这也是其医论思想的基础之一。
1.从孙氏的医德理论看儒家的“仁德”思想
孙思邈在《千金要方·大医精诚》中指出：“率尔自呈俊快，邀射名誉，甚为不仁矣。”“……谅非忠恕之道”。又在《要方·大医习业》中指出：“若不读五经，不知有仁义之道。”这里所讲的“仁”，是古代儒家的一种含义极广的道德范畴。《说文·人部》：“仁，亲也，从人、二。”《礼记·中庸》：“仁者人也，亲亲为大。”本指人与人之间相亲爱。显然，其“仁爱”指孔子所倡导的“仁者爱人”的思想。“仁”，源出《尚书》，是孔子追求的最高道德境界。“仁”是儒家理论的核心，包括恭、宽、信、敏、惠、智、勇、忠、恕、孝、悌等内容。
其实质是主张人与人之间相互亲爱。“己所不欲，勿施于人”，“己欲立而立人，己欲达而达人”为其实行方法。
孙思邈继承了儒家所倡导的仁爱思想中的合理部分，结合医学实践的要求，进行了充分的发挥和具体的阐述。孙思邈认为，医术是仁术，医生必须以仁爱之心待人。他说：“若有疾厄来求救者，不得问其贵贱贫富、长幼妍媸、怨亲善友、华夷愚智，普同一等，皆如至亲之想。”这就是说，不论求诊的病人地位高或低，是穷人还是富人，年龄大或年龄小，长得美或长得丑，聪明或愚笨，中国人或外国人，亲人还是仇人，都应当像对待最亲近的人一样，同等看待。在等级观念森严的封建社会里，孙氏主张人人普同一等，平等相待，这是非常难能可贵的。以病人的痛苦为痛苦，以抢救病人为神圣义务，是孙氏仁爱思想的又一方面。“见彼苦恼，若己有之”，“深心凄苍，勿避险戏，昼夜寒暑，饥渴疲劳，一心赴救”。看到患者被疾病折磨而痛苦，就像自己也有同样的痛苦一样，内心里深深地感到难受。要不避艰险，不分黑夜白天、天热天冷，以及自己的饥渴劳累，一心一意地前去救治。这种毫不利己、毫无考虑得失的崇高医德，充分体现出他的医学伦理观。
孙思邈强调：“君亲有疾不能疗之者，非忠孝也。”“上以疗君亲之疾，下以救贫贱之厄，中以保身长全以养其生。”显然，其为医是为了尽忠孝之道，济世活人，不受疾病折磨和养生保健。“廉洁”则是古代先贤所追求和奉行的行为美德，也是我们中华民族的传统美德。“医道，古称仙道，原为活人”，故孙思邈指出：“所以医人不得恃己之长，专心经略财产……”医者为病人诊治，除了抢救生命，解除痛苦，无欲无求，不得专心经略财产。孙思邈正是受儒家“仁爱”思想的影响，其医德理论和医疗实践都有深刻的反映。
2.从孙氏的养生理论看儒家的“仁德”思想
孔子说：“仁者寿。”又说：“大德必得其寿。”孔子这里所讲的“仁”、“德”，当然一般是指具有仁德的人。孙思邈养生大法、长寿之首即修行道德。其在《千金要方·养性序》中指出：“德行不克，纵服玉液金丹，未能延寿。”并强调道：“道德日全，不祈福而有福，不求寿而自延。此养生之大旨也。”孙思邈自幼博览群书，知识广泛，精通百家之说，加之主要生活和经历于隋唐两代，在政治经济、科学文化空前繁荣的盛唐时代，其养生观就是建立在儒家的道德至上之基础上的。
儒家信奉以仁义为核心的道德。儒家注意修身养性，主张节制****，屏息杂念，追求一种超前而高远的精神境界及淡远而平和的心理状态，即所谓“中和”。主要是培养一种能自觉实现儒家伦理价值的道德人格，圣贤气象，而追求这种目标时所能具有的养生效果，是次要的，“不求养生而所养在其中是之谓至德”。孙思邈在养生观上，亦重视道德修养，他说：“性既自善，内外百病皆悉不生，祸乱灾害亦尤由作，此养生大经也。”可见孙氏的道德观与儒学相同，认为道德修养在炼形之上，以神为主，而进行心性修养，是养生的关键。
儒家的儒学思想，无疑对孙思邈医德思想的形成产生了影响，对养生长寿理论也产生了不可估量的影响。他以养生长寿“生”与“死”、“福”与“寿”的高度，谈论生活中的福、祸、善、恶。《福寿论》中道：“福者造善之积也，祸者造不善之积也，鬼神盖不能为人之祸，亦不能致人之福。”这都是人自为之。“富贵者以轻势取为非分也，贫贱者以妄盗取为非分也。神已记之，人不知也”。“贫者多寿，富者多促。贫者多寿，以贫穷自困而常不足，不可罚寿；富者多促，而奢侈有余，所折其命也”。“官爵之非分者，崎岖而居之（指多方投机钻营，不择手段而官居显位），贿赂而得之，德薄而执其位，躁求而窃其禄，示其躁取而不强，强而取之非分也，即有灾焉、疾焉、死焉。神已记之，人不知也。”孙思邈深切地同情人民的疾苦，厌恶权贵者压榨百姓。“童仆之非分者，以良为贱，以是为非，苦不悯之，乐不容之，寒暑不念其勤劳，老病不矜其困惫，鞭挞不问其屈状，凌辱不问其亲疏，此非分也。神已记之，人不知也。”同时，还有车马之非分、妻妾之非分、屋宇之非分、粟帛之非分、衣食之非分、货易之非分等。其“非分”是善恶福祸，也就是说是道德、伦理的标准。“非”是恶、祸，是不应该、不应得；“分”是善、福，是应该、应得。善恶是人自为之，客观事实如实地记载下来，人自己还不知道（不认识）。“神已记之”的“神”字，不是所谓的迷信之神，而是指自然界（天道），就是事物发展的规律，就是客观存在。这富于哲理与独特见解的社会学、伦理道德和养生学论着至今仍值一读。
3.从孙氏贵人命论看儒家的仁德思想
在孙思邈之前的养生家提出过“天地之间人为贵”的论断。但是人的生命到底贵重到什么程度？没有答案。孙思邈从价值高度指出了人的生命无比贵重，最为宝贵，它的价值超过了千两黄金。这是他处于唐代商品经济有了一定发展的条件下，对人生命价值的哲学反思的结果。
孙思邈又说：“二仪之内阴阳之中，惟人最贵。”并指出“天地之性惟人最贵，人之所贵莫贵于生”。正因为人的生命非常珍贵，这就决定了人养生的必要。马克思指出：“人本身是人的最高本质。”
由于人的生命的价值是由人的本质所决定的，所以，我们就有理由认为：人本身是人的生命的最高价值。其本质是一切社会关系的总和。其本质的发展归根结底要随着人类社会的生产力的发展而发展，这就决定了人的生命价值的实现。故“人命至重，有贵千金”的论断，是科学的、超前的，这一论断是中国哲学史上关于人的生命价值理论的重大贡献。
孙思邈不仅从前人的学说中认识到人的生命价值的重要性，而且还提出了他的前人所没有明确提出的命题“一方济之，德逾于此”，即运用医术解救病痛，挽救生命，是医生的天职这样一个医学道德的准则。用医术济危救困治病救人，这个功德远远超过了黄金价值。孙氏在这里形象比拟了生命的价值，指出医者应以治病救人为己任，即“济”“德”，这是对唐以前有关生命价值认识的升华。
医生的济德职责大于任何价值观念，这对当时社会上一些人重财轻命，一些医生惟利是图、放弃职责的不良现象，无疑是脑后一针。
孙思邈幼时体弱多病，但由于他善于养生，勤于总结养生规律，一变羸弱之体，至百岁以上。指出：人的健康与长寿“并非鬼神”所致，“养生者宜适其旨趣，庶可免于夭横也”。进一步指出：“人之寿夭在于撙节……恣其****，则命同朝露也。”并还具体指出：“人生摄养得法不失一二百岁也，但不仙耳。”孙氏在谈到《千金》两方的价值时讲：“可以济物摄生，可以穷微尽性。”其著作的主要任务之一，就是探索人的养生规律。那么，探索的结论如何呢？
“寿夭休论命，修行在本人”。这实质上表明养生问题是一门有规律可循的科学的问题。孙氏从哲学、社会科学与自然科学的角度出发，全面地研究与揭示人的养生规律的问题。
孙思邈以其141岁寿龄，显赫于民族之林，铭载于古今之史，皆依其情操之高尚，胸怀之仁慈，不愧为一位功高万代、德昭日月的苍生大医。《要方·养性·序》中给人们算了一笔账：“吾常思一日一夜有十二时；十日十夜，百二十时；百日百夜，一千二百时；千日千夜，一万二千时；此为三十年。若长寿者九十年，只三十六万时，百年之内，斯须之间，数时之活，朝菌蟪蛄不足为喻，焉可不能摄养。”这笔细账说明，孙认为人生的机会是可贵的，人生的时间是短暂的，对一些无谓轻生而懒于养生的人是一个十分科学的警告。故又批判了那些“驰骋六性，孜孜汲汲，追求名利，千诈万巧，于名于利，若存若亡；于非名非利，亦若存若亡。所以没身不殆也”。自然界万事万物之中，只有人的生命最为宝贵。张仲景也曾对当时社会一些士大夫阶层不珍惜生命，但“兢逐荣势，企踵权豪，孜孜汲汲，惟名利是务”的不良现象作了尖锐批评，认为这是“华其外而粹其内”。
4.从孙氏的著述医论看“天人合一”的学说
孙思邈在著述中有不少言论与“天人合一”学说有密切关系。
“天人合一”学说，在中国源远流长，两千多年前成书的《周易》，就已反映出天道与人道相通，自然规律与人的活动相通而且相合为一的思想。《周易·说卦》载：“昔者圣人之作《易》，将以顺性命之理，足以立天之道曰阴与阳，立地之道曰柔与刚，立人之道曰仁与义。”这段话明确指出天道与人道遵循的法则相通。产生于中国本土并在世界上有广泛影响的儒家与道家思想学说，在继承天人合一思想的同时，又各自进行了侧重不同的发展。
儒家学说强调天的社会伦理属性，认为人性本于天道，天命决定人事。如果要对孙思邈天人合一思想以道家与儒家的学说予以界定，他的医学与养生理论多属于道家思想体系，而其对治国与济世的看法，则又多带有儒家学说色彩。如孙氏在《要方·养性》中指出：“一人之身，一国之象也。胸腹之位，犹宫室也；四肢之列，犹郊境也；骨节之分，犹百宫也。神犹君也，血犹臣也，气犹民也，知治身则能治国也。夫爱民，所以安其国；惜其气，所以全其身。民散则国亡，气竭则身死。”
据《旧唐书·孙思邈传》等史籍记载，有“初唐四杰”之誉的著名诗人卢照邻对孙思邈以师礼事之。卢患有难治之病，向孙请教医理，孙曰：“吾闻善言天者必质之于人，善言人者亦本之于天。天有四时五行，寒暑迭代，其转运也，和而为雨，怒而为风，凝而为霜雪，张而为虹霓，此天地之常数也。人有四肢五脏，一觉一寐，呼吸吐纳，精气往来，流为营卫，彰而为气色，发而为声音，此人之常数也。阳用其形，阴用其精，天人之所同也。及其失也，蒸则生热，否则生寒，结而为瘤赘，陷而为痈疽，奔而为喘乏，竭而为焦枯，诊发乎面，变动乎形，推此以及天地亦如之。故五纬盈缩，星辰错行，日月薄蚀，孛慧飞流，此天地之危诊也。寒暑不时，天地之蒸否也；石立土踊，天地之瘤赘也；山崩土陷，天地之痈疽也；奔风暴雨，天地之喘乏也；湖川渎涸，天地之焦枯也。良医导之以药石，救之以针剂；圣人和之以至德，辅之以人事，故形体有可愈之疾，天地有可消之灾。”这里孙氏关于天的解释完全指的是自然之天，并以自然之天的正常运行规律与异常气候变化来比喻人的健康与疾病、正常与异常都是自然的、客观的。孙氏总是以天作为人之根本。因而只要处理得当，人的疾病和天的灾祸都是可以消除的。
孙思邈在《要方·治病略例》中指出：“夫天布五行，以植万类；人禀五常，以为五脏，经络腑腧，阴阳会通，玄冥幽微，变化难极。”
又指出：人“头圆法天，足方象地，眼目应日月，五脏法五星，六腑法六律，以心为中极。大肠长一丈二尺，以应十二时，小肠长二丈四尺，以应二十四气。身三百六十五骼，以应一岁，人有九窍，以应九州。天有寒暑，人有虚实，天有刑德，人有爱憎，天有阴阳，人有男女。”天气变化时，有风雨霜雪等经常发生的现象，而人有四肢和五脏，也有睡眠、呼吸、气血循环、声音等活动。天与人都有阴阳变化规律，这是共同之处，如果活动失调，人就会发生多种疾病。孙氏上述的这些看法是他天人合一思想学说中最具代表性的。