从金液方所用药物来看，生成王水、各种浓酸和氯水是不可能的，但是水银和覆盆子的醋浸液正和上列第三，四两法相合：如果用的是水银，它是能溶解金的；如果用的是酷和覆盆子，由于未成熟的覆盆子果实中含有氢氰酸，华池的醋浸液中含有氰离子和由其他药物提供的钠、钾离子，只要有空气存在，金也是可以慢慢溶解的。黄金这样难溶，而金液方中恰巧有能溶解金的水银和氢氰酸（覆盆子）存在，显然是炼丹家经过大量实验以后所得到的结果。因此，尽管方中药物复杂，有些反应还值得研究，可是它能溶解金这一点是可信的。在那么早的年代出现溶解金的方法，在化学史上也是一项重大成就。
硫黄的溶解《三十六水法》有“硫黄水”，使用的药物包括硫黄、白垩、醋和尿（氨水）等。用这些东西制成的溶液，应当含有多硫化钙，这种物质能使金属改变颜色，和金属盐生成有色沉淀，甚至能侵蚀贵金属。炼丹家制造这样的溶剂，似乎也是把它当作一种万能的“神丹”。
水法炼丹并不是千篇一律都使用醋和硝石，方法是多种多样的。《黄帝九鼎神丹经诀》有制取硫酸钾的方法：用热水溶化朴硝和硝石，取澄清的混合溶液加热蒸发，使它浓缩，然后在小盆中用冷水从外部降温，经过一宿的时间，溶液中生成的硫酸钾就慢慢结晶出来。这是利用溶解度不同制取药物的方法，也是化学史上的一项创造。
水法炼丹的另一发现，是水溶液中的金属置换作用。炼丹家早有金属互相“转化”的理论，他们为了制作“药金”，梦想找到使某种贱金属转化为黄金、白银的方法，从很早的时代就注意到溶液中金属互相取代的现象，以为那就是金属的“转化”。西汉的《淮南方毕术》已经有“曾青得铁则化为铜”的记载，曾青是硫酸铜。晋代葛洪进一步观察到，“以曾青涂铁，铁赤色如铜……外变而内不化也。”南北朝时期的陶弘景把实验扩大到硫酸铜以外，发现鸡屎矾（碱式碳酸铜或碱式硫酸铜）的性质和曾青相似，可以用来“合”（制造）“熟铜”。这说明炼丹家先后作了很多实验，对金属置换现象作了最早和相当细致的描述；但是由于受到时代条件的限制，他们还不能作出正确的解释。这一发现后来得到发展，成为湿法冶金胆铜法的起源。
三、炼丹术所用的药物
炼丹术所用的药物和工具同化学的产生有关，它究竟为化学提供了哪些药物和工具呢？谈这个问题要加一点说明：因为炼丹和医药本来有密切关系，古代许多炼丹家都兼搞医药，许多医家也兼搞炼丹，他们的著作往往没有一条清晰的界限。例如东汉的《神农本草经》是现存最古的本草学著作，一般认为是医家的书，但是书中把丹砂列为上品第一，把炼丹常用的四十多味金石药分别列入上、中、下三品，而且明确说划分等级的标准是“上药今人身安、命延、升天、神仙……”这就颇有炼丹术的意味。至于确实出于炼丹家之手的医药著作，如葛洪的《时后备急方》、陶弘景的《名医别录》、孙思遂的《千金翼方》等当然更是这样。在这种情况下，我们很难查明哪些先用于医药，哪些先用于炼丹，只好根据炼丹文献把炼丹用过的东西开列出来，不再考查它们的出处，当然里面有一些并不是炼丹家的发明或发现。
关于药物方面，化学史家袁翰青（1905-1994年）曾根据炼丹文献作出一个不完全的统计，包括无机物和有机物在内，总共约有六十多种。现在略加修改列在下面：
元素：汞、碳、锡、铅、铜、金、银等。
氧化物：三仙丹（HgO）、黄丹（PbO）、铅丹（Pb3O4）、砒霜（As4O6）、石英（SiO2）、紫石英（含Mn）、无名异（MnO2）、赤石脂（Fe2O3）、磁石（Fe3O4）、石灰（CaO）等。
硫化物：丹砂（HgS）、雄黄（As2S2）、雌黄（As2S3）、礜石（FeAsS）等。
氯化物：盐（包括戎盐、冰石等，NaCl）、硇砂（NH4Cl）、轻粉（Hg2Cl2）、水银霜（HgCl2）、卤咸（MgCl2）等。
硝酸盐：硝石（KNO3或NaNO3）。
硫酸盐：胆矾（CuSO4·5H2O）、绿矾（FeSO4·7H2O）、寒水石（CaSO4·2H2O）、朴硝（Na2SO4·10H2O）、明矾石（K2SO4Al2（SO4）3·2Al2O3·6H2O）等。
碳酸盐：石碱（Na2CO3）、灰霜（K2CO3）、白垩（包括石钟乳等，CaCO3）、炉甘石（ZnCO3）、石曾（Cu（OH）2·2CuCO3）、空青（Cu（OH）2·CuCO3）、铅白（Pb（OH）2·2PbCO3）等。
硼酸盐：硼砂（Na2B4O7）。
硅酸盐：云母（白色，H2KAl3(SiO4)3）、滑石（H2Mg2（SiO3）4）、阳起石（Ca（Mg，Fe）3（SiO3）4）、长石（K2O·Al2O3·6SiO2）、不灰木（石棉，H4Mg3Si2O7）、白玉（Na2O·Al2O3·4SiO2）等。
合金鍮石（铜锌合金）、白金（白铜，铜镍合金）、白镴（铅锡合金）、各种金属的汞齐等。
混合的石质高岭土（SiO2、Al2O3等）、禹余粮（含褐铁旷和粘土的砂粒）、石中黄子（夹有黄色粘土的砂粒）等。
有机溶剂醋（CH3COOH）、酒（CH3CH2OH）。
当然、这统计还不够完整，因为不仅植物性、动物性药物没有列入，即使单从金石药来看，恐怕也不止这六十多种。不过，我们从这里可以对古代炼丹的常用药物得到一个大概的印象。
四、炼丹术所用的工具和设备
关于工具和设备见于炼丹文献的大约有十多种，就是丹炉、丹鼎、水海、石榴罐、甘蜗子、抽汞器、华池、研磨器、绢筛、马尾罗等。
丹炉也叫丹灶。南宋吴悞《丹房须知》（公元1163年成书）有“既济炉”和“未济炉”。安置在丹炉内部的反应室，就是丹鼎，又名“神室”、“匮”、“丹合”，有的像葫芦，有的像坩埚；有的用金属（金、银、铜）制作，有的用瓷制。《金丹大要》有“悬胎鼎”，内分三层，“悬于灶中，不着地”。《金华冲碧丹经要旨》说，神室上面安置有一种银制的“水海”，用以降温。《修炼大丹要旨》中另有一种“水火鼎”，可能是鼎本身具有盛水的部分。总之，这些东西是炼丹的主要工具，可以放在炉中加热，使药物在里面熔化并起反应，或使它升华。
除丹鼎外，拣丹家还有专用于从丹砂中抽汞的蒸馏器，可以叫它“抽汞器”。《金华冲碧丹经要旨》所载的是简单的一种，分两部分，上部形似圆底烧瓶，叫做“石榴罐”，下部作桶形，叫做“甘埚子”。用的时候加热，使罐中生成的水银蒸气在甘祸子的冷水中成为液体水银。南宋吴悞《丹房须知》有另一种比较复杂的蒸馏器的图，虽然没有说明用什么材料制成以及大小、用法等，但是从图上可以清楚出地看，下部是加热的炉，上部是盛丹砂等药物的密闭容器，旁边通一根管子，使容器里所生的水银蒸气可以流入放在旁边的冷凝罐里。这样的蒸馏设备，即使在今天看来也是相当完善的，当然是在长期炼丹实践中逐步改进的产物，它的成型当在吴悞之前。西方科学史家一向认为蒸馏器是阿拉伯人发明的，其实我国古代炼丹家早已有制造这种设备的传统。
五、中西炼丹术的关系
化学这门科学是在欧洲中世纪炼金术的基础上发展起来的，而欧洲中世纪炼金术是导源于阿拉伯炼金术的，这在化学史上早已是公认的事实。但是，直到二十世纪三十年代以前，人们还不知道八世纪出现的阿拉伯炼金术同中国炼丹术有密切的关系。
在中国炼丹术和阿拉伯炼金术之间，有许多相似的地方：我国古代炼丹家追求一种既能使人“长生”、又能“点铁成金”的“神丹”，阿拉伯炼金家也追求这种万能药剂，叫它做“那黎克色”或“哲人石”。我国古代炼丹家试图用某种方法使硫化汞化为黄金，他们也企图用硫和汞制作黄金。我国古书《淮南子·坠形训》有关于金属在地下生长、转化的理论，阿拉伯炼金家伊本·海彦也有类似的说法。由于阿拉伯炼金术出现很晚，中国和阿拉伯当时已经有文化交流，这些相似之处自应看作是中国炼丹术西传的证据。
更值得注意的是，中国炼丹术很早就使用古希腊和埃及所不知道的硝石和砌砂，阿拉伯和波斯不但也使用这些药物，而且硝石在阿拉伯和埃及都叫“中国雪”，在波斯叫“中国盐”。此外，阿拉伯和波斯炼金术家都在七种金属中列入“中国金属”或“中国铜”。这可以说是中国炼丹术传人中亚和埃及的铁证。至于阿拉伯语称炼金术为al-kimiya，有人说kimiya是汉语“金液”两字的古音，这是完全可能的，因为唐宋两代我国和中亚来往频繁，尤其是宋代和大食（阿拉伯帝国）海上贸易十分发达，福建泉州是重要贸易港口之一，泉州话到现在读“金液”两字的音还是kim-ya。
可是在二十世纪初期，西方学者对这些事实完全茫然了。他们不但把古希腊和埃及当作炼金术的惟一发源地，并且有人硬说什么中国炼丹术。