影响土地经营权流转进程的主要因素有以下三点：（1）思想认识上的误区制约着土地流转。一些农村基层干部片面理解中央的土地承包政策，将稳定农村土地承包关系与承包经营权流转完全对立开来，认为延长土地承包期30年不变是土地承包经营权流转的障碍，只有彻底打破家庭经营才能解决农村土地市场的建立，才能推进农业产业化和规模经营，因此在实际工作中形成两种倾向：一是无所作为、放任自流，把土地流转中所必须遵循的农户自愿原则完全看成农民的自主自发行为，疏于管理和服务，对土地流转情况胸中无数、底数不清，又对土地流转中出现的新问题研究不够，引导农村劳动力转移的办法不多，缺乏必要的推动措施，从而使土地承包经营权流转处于无序状态；二是行政包办代替，违背农民意愿，无偿或低价强行推动流转，热衷圈地搞政绩，侵犯农民的土地承包经营权。
（2）中介服务滞后，市场运作机制尚未形成，限制着土地承包经营权流转。虽然各乡镇建立了土地流转服务中心，但大部分有名无实，只在农经部门挂挂牌子，由农经站抓抓数字统计，没有真正按照市场经济运作的要求充当流转服务媒介、履行服务职能、发挥中介效能。流转信息畅通、发布功能齐全、中介服务完善、管理规范严密的土地流转市场运作机制尚未完全形成。
（3）农民的小农经济意识阻碍着土地经营权流转。绝大多数农民还是把承包地作为自己主要的生产资料和最终的生活保障。尽管目前农产品供求矛盾日益突出，农业效益比较低下，农民的种田积极性有所下降，部分劳力已开始转向农外产业并获得一定的收入，但由于劳动力转移的流转性和收益的不确定性，农户宁愿粗耕粗放，赔本经营，也寸土必争，不愿放弃土地承包经营权，对土地流转存有戒心，把土地看成了“保命田”、“退路田”。农民浓厚的恋土情结、保守思想在一定程度上阻碍了土地经营权流转的进程。