当时新疆反苏、反共政治集团根据政治目标、民族构成和实力地位主要有三派：一是以省府主席麦斯武德、省府秘书长艾沙为首的政客官员，他们虽曾表示归附国民党政府，并被蒋介石委以要职，但奉行泛突厥主义和泛伊斯兰主义，企图建立独立的“东土耳其斯坦伊斯兰教国”，在维吾尔族青年和知识分子中，尤其在南疆有一定势力和影响。由于其没有经济实力和军事武装，必须依赖宿主，伺机实现政治目标。二是以乌斯满、贾尼木汗为首的哈萨克族封建首领，他们没有明确清晰的国家观念和政治理想，思想意识浸渍浓厚的神化英雄主义色彩，实则仅代表本民族少数部落封建上层和狭隘宗教利益，曾武力反对盛世才和国民党省府参与三区革命，又分离投靠国民党，活动充满机会主义和流寇行为，富有冒险精神，武装活动有较强的生存能力、机动性和战斗力，因政治不成熟，易于被笼络、收买和利用。三是以骑一师师长马呈祥、七十八师师长叶成、一七九旅旅长罗恕人为首的国民党军主战派。他们分别受西北军阀马步芳、中央军胡宗南和国民党军统遥控，马呈祥骑兵一师在封建的、家长式的、宗教的统治下，十分顽固，仇视革命，作战肯于用命，有一定战斗力。他们政治上拥护国民党中央政府，反对新疆分裂独立，打着爱国靖边、保境安民的旗号以激励凝聚军心，但内部派系林立，矛盾重重；时局动荡，普遍感到前途迷茫，惶恐不安。此外，哈密专员、东疆警备司令尧乐博斯、省府副主席穆罕默德·伊敏及一些旧官员、政客、党（团）棍等也各成派系，然而各自集团利益、政治目标、思想信仰、社会基础却大相径庭，甚至格格不入。当国民党政府在内战中节节惨败，无暇西顾之际，新疆各势力集团都在寻觅抉择出路。美国领事馆作为国际冷战西方势力的代表，凭借其实力地位和二战后的影响，便一步步地从渗透勾结拉拢，到组织策划独立，最终成为各派反共集团的政治核心和行动指挥部。
早在1947年，美国领事馆就开始策划新疆“独立”，出面联络麦斯武德、艾沙、穆罕默德·伊敏等人，多次开会密谋。12月下旬在艾沙家开会，艾沙提出要向蒋介石要求给新疆“自治以上，独立以下”的权力，实质是脱离中央政府领导，向分裂迈出关键性的第一步。美国领事鲍懋勋清楚地认识这些分裂分子既无经济实力，又无军权，闹独立只能依靠西方势力，变为美国的附庸，故立即拍手称好，并居心险恶地鼓励说：“艾秘书长真是了不起，令人佩服。”当时美国策动分裂活动暂时还定位在承认国民党中央政府，争取“高度自治”范围。
1948年国民党在内战战场上屡尝败绩，统治地位开始动摇，美国策划的分裂活动也随之升级，提出完全独立的政治要求。1948年6月中旬，在迪化南公园（俗称夹河子，今新华南路南端西侧）伊敏家中秘密会议上，伊敏提出要依靠美国支持，实现新疆“独立”，鲍懋勋当即表示，他将竭尽全力帮助实现这一主张。同时，马克南策动乌斯满组织了“保卫宗教反苏反共反三区委员会”，由乌斯满任副委员长，在迪化三角地左公祠（今人民广场天山大厦以南）附近设指挥部，二道桥皇城（今团结路）一带驻骑兵，由美国和国民党军提供经费和枪支弹药。并组织哈族大队驻守阿山和中蒙边界一带，刺探情报，伺机进攻三区。乌斯满奉命回到三台，组成三个哈萨克大队，自任总指挥，建立了军事营地。当年7月底，美国领事参加在昌吉苗圃（今汇林生态发展公司一带）集会商讨“独立”阴谋和行动步骤，不仅确定了“独立”目标，而且研究了组织实施行动方案。鲍懋勋认为“独立”时机已成熟，会后交给艾沙3000元美金作活动经费。
1949年春，解放军席卷关内各地，国民党统治摇摇欲坠、濒于崩溃。美国为维护其长期经营的在华利益，扼制苏联势力东扩，一方面组织拼凑西北马步芳、马鸿逵等回族地方军阀，阴谋建立“伊斯兰教国”，利用其顽抗解放军。另一方面加紧汇聚新疆各派反共势力，实施独立阴谋。当年5月在美领事馆开会决定反对新疆解放的几种行动方案：（1）派艾沙到南疆各地活动，散布言论，制造独立气氛，全力宣传分裂，争取扩大社会基础。（2）派穆罕默德·伊敏到和田秘密筹备成立“东土耳其斯坦共和国”，积极争取国际各伊斯兰国家的同情支援，造成国际舆论和国家承认。（3）送麦斯武德到南疆活动，必要时在当地成立政府，对抗迪化省府，以天山分野，形成南北疆对峙，隔山划分美苏势力范围，徐图再进。（4）密切监视国民党省府和军队战和两派动向，如主和派陶峙岳与主战派叶成开战，支援叶成掌握全部军权，然后由麦斯武德、伊敏夺取政权，军政联合在迪化宣布成立“东土耳其斯坦共和国”，并武装抗击解放军进疆，拉拢回族独立团和哈族独立团卫戍“首都”迪化。继之，马克南数次到三台（今吉木萨尔），令乌斯满扩展势力，准备抵抗解放军，镇压“投降派”。此后鲍懋勋也来到三台，指示乌斯满与艾沙、穆罕默德·伊敏、尧乐博斯、麦斯武德、贾尼木汗等密切联系。巴说：“我希望你们之间要团结，不要闹意见，好好使用美国给你们的援助，以此反对共产党、反对三区。”在美国支持下，乌斯满等气焰更加嚣张，积极在迪化、昌吉、吉木萨尔、奇台、木垒各地组织武装，煽动叛乱。
当年6月，解放军胜利打过长江之后，国民党残余势力狼狈逃窜，战局急转直下，中共在全国胜局已定。此时，苏联决定放弃在国共之间观望的态度，转而公开支持中共，其原因是据可靠情报，美国企图将西北“五马”军阀撤到新疆，与当地反共势力结合，组织“大伊斯兰教共和国”。此计划如果得逞，不仅在苏联脆弱的中亚腹地楔入反苏敌对前沿，形成第二个西柏林，而且不断影响和支持苏境内穆斯林民族反俄分离势力，严重阻碍苏联推行的俄罗斯化和社会主义化进程。因此，苏方紧急要求解放军加速向新疆进军，于是中共代表与斯大林商量，决定将进军新疆日期提前到1949年底。苏联表示积极提供空运和后勤支援。与此同时，鉴于时局骤变，新疆军政主战派和主和派斗争激化，8月初美领馆在迪化东郊水磨沟开会制定独立“建国”行动预案，决定：（1）如叶成、马呈祥、罗恕人死守新疆发生战争，则在迪化成立国家政府，由麦斯武德任主席，伊敏和尧乐博斯任副主席，叶成和乌斯满分任国防军正副总司令。（2）如果叶成态度动摇，迪化情况不许可时，则在和田成立政府，由伊敏任主席，尧乐博斯和艾沙任副主席，乌斯满任国防军总司令。（3）独立国家国旗定为白底配14条红色彩条，代表新疆14个民族，中间嵌星月伊斯兰教国标志。（4）无论发生什么情况，尧乐博斯都必须坚守哈密和乌斯满合力抗击解放军西进。此时，西北战场解放军连获大捷，在扶眉战役和兰州战役先后歼灭国民党胡宗南、马步芳主力，解放了青海西宁，向河西走廊挺进。美国策划的西北“五马”伊斯兰教国阴谋流产，便转而妄图凭借大漠戈壁，冰山险峰阻挡解放军西进，利用极端民族主义集团分裂新疆，在边远西陲建立反共基地。于是加紧汇聚各股反共势力合流，扶持反共实力派扩张势力，死心塌地抵抗解放军。
8月15日美领事鲍懋勋回国述职，副领事马克南主持领馆工作。此时在苏联总领事的协调联络下，省府军政界主和派陶峙岳、包尔汉联合，并与中共和三区伊方取得联系。新疆政坛斗争向主和派倾斜，马克南急忙拉拢主战派，交给叶成200两黄金作活动经费，资助叶武装暴动，但叶权衡利弊后，不想参与这一旨在分裂祖国又无胜利希望的行动，决定出走。马克南听后暴跳如雷，大骂：“这样胆小的东西，竟然还能当将军。”随即开会决定退守南疆，作最后抵抗。
9月中旬，新疆军政主和派已占上风，马克南见主战派迟迟不敢动手，并将分崩离析，飞鸟各投林。于是在美领馆召集会议，决定通知乌斯满让其集合所属骑兵部队，乘中秋夜突袭迪化，将陶峙岳等起义力量一网打尽，造成混乱局面。然后由麦斯武德出面收拾残局，掌握政权。同时发动哈密武装暴动，由尧乐博斯回哈密煽动驻军抢劫当地中央银行金库，纵火焚城，以阻止、困厄解放军进疆。伊敏则去南疆发动莎车、和田武装暴动。然而此时解放军已兵临新疆，各派反共集团大势已去。陶峙岳不仅制止了主战派的暴乱阴谋，而且说服马呈祥离新出国朝觐，叶成、罗恕人也被迫撤离，穆罕默德·伊敏、艾沙决定率邵分亲信出走巴基斯坦。马克南的阴谋再次破产。
9月25-26日，新疆省军政先后宣布和平起义。美领馆不甘心在新疆彻底覆灭，此时只有把希望寄托在乌斯满身上。9月27日马克南冒险秘密潜入巴里坤山区，给乌斯满部送去金银、武器、弹药，承诺将继续给其大量援助，并密谋在各地暴动，打游击，阻挠新疆解放。还亲自组织白俄军百余人，专门刺探苏联及三区情报。部署完毕后经西藏、印度回国。
新疆和平解放后，公安部门曾破获多起美国组织的潜伏人员进行煽动暴动、阴谋独立、搜集情报、颠覆破坏等活动，无疑是美国领事馆活动的余续，也是美国对华政策失败的一缕挽歌，宣告新疆旧时代的终结。
从1943年4月美国驻新疆领事馆开馆到1949年9月马克南撤离，美国驻新疆领事馆历经6年零5个月退出历史舞台。美领馆是美国对华外交政策的代表机构。抗日战争时期它曾为援华抗战作积极努力，解放战争时期美国推行国际冷战和在华援蒋反共政策。美国为实现其国际争霸目标，又秘密支持扶植中国西北回族军阀、新疆泛伊斯兰主义和泛突厥主义分子、西藏噶厦政府的分裂主义分子的分裂、割据、独立活动，留下一串未能得逞的纪录。回顾半个世纪前美国领事在新疆那段历史，留下了值得人们深思的启不。