风波的导因是庚子事变，1900年8月，八国联军侵入北京，大学堂被俄、德侵略军盘踞，被迫停办。1901年9月7日，《辛丑条约》签订，局势平息。20日，丁韪良便急切致函主持北京朝政的庆亲王奕勖：“为呈恳王爷电奏请旨简派管学大臣事。窃以和局大定，回銮在即，学堂为中外注意，亟应振刷精神，从速规复”。丁折是大学堂停办后最早的复校吁请，却也暗藏私心。12月5日，清廷命各省选拔人才送大学堂复试，表明准备复校。1902年1月10日，即庚子避难在外的慈禧、光绪刚刚返回北京后的第三天，大学堂宣布恢复，张百熙出任新管学大臣。11日，朝廷令同文馆归并京师大学堂。丁认为机会已到，12日，丁将西学教习名单开送张百熙和清政府，并就补薪事展开交涉，但出乎其意料，交涉进行的并不顺利。张百熙将薪水事推向外务部和以前的管学大臣，27日，丁以总教习名义领衔联合英、法、德、俄等国聘任教习共8人向外务部递呈：“今该学堂既派有大臣管理，教习等束修即应由该大臣给发。乃新任张大臣百熙云：前十五个月束修应归前管学孙大臣家鼐发给。并云是款即或应由本大臣办理，亦须奉有外务部明文始能照办等语。查继孙大臣任者尚有许大臣景澄，彼时教习等束修均照常支领有案。今张大臣即派管该学，则束修自应由该大臣补发。况此等束修本应逐月支领，今迟延至此，似有未合。是以恳请中堂、王爷、大人转饬该大臣按照原立合同如数补发，俾免教习等据理索偿”。内中张百熙提出学堂经费与外务部有关确属事实，大学堂曾奏拨将户部存放华俄道胜银行的银两子息充经费。在张百熙看来，财政紧张，且又停学，洋教习并没有承担工作，停薪有其道理；在洋教习看来，停课并非他们的原因，且后任者不能对前任事项置之不理。其实，传教士对充任中国官学教习的待遇早有不满：“尝见今之延聘西师者，而叹其于尊儒重道之意犹多未尽矣，或薄其薪水，或杂其居处，或损其体面，更或严订合同以束缚而驰骤之，甚或以各项课程责诸一人之身。谁甘以明通博雅之西儒，俯就于迂拘粗率之华官乎？”
索薪风波不局限于递送公文，洋教习还径直与清朝外务部交涉。1902年1月28日，美国北长老会士医学教习满乐道（RobertColtman）赴外务部面谈要求补发薪水。次日，丁韪良亲赴外务部，声辩学堂停办与洋教习无关，“联军入城，中国衙署均被拆毁，不能办公，何论学堂”。强调既然海关中的洋员照发薪水，就不应对洋教习厚此薄彼。“自去岁乱起至此时所有总税司暨各省税司并未停发薪水，大学堂教习事同一律，何独向隅？”又声明洋教习与中国立有合同，中方不该违约。最后，丁韪良威胁：“此事如不照办，各国钦差必差人交涉事件。”还要求报告庆亲王，“请代我回明，并在王爷爵前请安问好，三五日内速赐一回信。遂辞去”。以求从更高层面对张百熙等形成压力。在外人追索下，外务部于2月5日函致张百熙，提议补发欠薪，但对洋教习提出“再行妥为位置”的续聘要求，则委诸张百熙处理。张百熙接手职任即遇到这件麻烦事，洋教习动辄要挟，更加重了张百熙的恶感，就此解聘洋教习也开始酝酿。13日，张入奏“中国学堂所请西人教习，向皆就近延其本居中国者，或为传教来华之神父，或为海关退出之废员。在教者本非专门而学者，亦难资深造，且西国学问数年一变，则其人才亦月异而岁不同”。张百熙向朝廷明确表示不再续聘传教士，拒聘理由也非常充分，这些传教士出身的具兼职性质的教习不能专致掌握日新月异的新知，也就不能胜任大学堂教职。传教士在大学堂中的地位根本动摇。
除旧布新，但迎新需在除旧前安排妥当，否则将出现人事断档。也是在2月13日，张百熙对若干重要职任进行改动，堪称是京师大学堂成立后最大的人事变动。“惟大学堂之设所以造就人才，而人才之出尤以总教习得人为第一要义，必得德望具备，品学兼优之人方足以膺此选。”张百熙因此推荐“学问纯粹，时事洞明，淹贯古今，详悉中外”的直隶知州吴汝纶为总教习；又保举“学识宏富，淹贯中西”的湖南试用道张鹤龄任副总教习，“才识练达，学问精深”的候补五品京堂于式枚为总办，“办事熟习，学识明通”的翰林院编修李家驹以及“处事精详，洞达中外”的工部主事赵从藩为副总办。朝廷当即批准荐请。张百熙的措置是对孙家鼐分设中西总教习设计的修正，而回归到梁启超起草的大学堂章程中不分中西而只设一位总教习，并由中国人担当的方案。
对新人事有所布局后，2月16日，张百熙回复外务部，报告对欠薪事的处理，特别提出对所有洋教习“一概辞退”的原则，“惟现在大学堂开办需时，各洋教习闲住一月，即需月修金。大学堂经费无多，不能不设法樽节。是以将各西教习不论去留，目前一概辞退”。决定按照合同补发洋教习的欠薪，解聘日另给3个月的修金并川资百两。辞退程序随即启动，为防止丁韪良等仍去找外务部或朝廷大老转圜留任，故而声明解聘是得到外务部和庆亲王同意的，以绝后路。对洋教习的全盘解聘委实是重大举动，自此，西学总教习一职被取消，西方传教士对大学堂的直接介预，或从同文馆起对中国最高官办教育机构的直接干预至此告终。此举并非完全因为经费问题，因张百熙在解聘洋教习的同时又聘请了新教习。
洋教习退出，那么，由谁来填补管理和教学真空呢？张百熙的作法是主要由国人来承担，对吴汝纶的聘请是其中重头。吴系桐城派大家，又对西学早有兴致，严复“精通外国语言文字，所译西书，自译书以来，盖未有能及者，而必就质于先生（吴如纶），先生每为审正”闭。此类兼通中西的博学通儒自是理想人选。1902年1月10日，张百熙被任命为管学大臣，14日即派后来担任大学堂杂务提调的汪立元传话拟聘吴如纶为总教习。吴却不愿应邀。为示诚意，17日，张百熙亲往劝驾，“张冶秋尚书亦先施执礼甚谦，面请余为教习，余面辞之”。两天后，张“又来见过，谈及学堂，仍坚请，吾固辞。则跪拜以请，吾无实而窃虚名，愧惭无似。公卿不下士，久也！尚书之折节下交，近古未尝有也”。以前任尚书和现任管学大臣之尊却向吴如纶行跪拜礼，被传诵一时。即便如此，吴如纶仍“申辞聘之意”。张百熙看面请未能奏效，便发动重量级人物劝驾。27日，肃亲王善耆“代张尚书劝驾，必以学堂事见委”，但吴仍坚守“吾老矣，实不能胜京师大学堂之任，仍守吾志可也。”自后，张百熙的关说更猛烈，28日，与吴如纶同在直督任下的“胡云楣侍郎见过，为张尚书劝驾，再三譬说，终不敢许”。
1902年2月13日，张百熙具折朝廷由吴如纶担任总教习，以图既成事实。吴却顽强表示“将终守吾志不改”，15日，朝廷同意张百熙提名，命吴如纶任总教习，尽管吴仍坚执“吾不敢就，或当以征士自处乎？”但有违朝命还是对如纶形成压力。这天，曾国藩之孙曾广镕拿着张百熙“措辞甚苦”的信，函云：“且为学堂计、为士流计、为中国开化计筹之烂熟，乃上闻于朝。今挚公已奉朝命，若再固辞，是不翅劾弟于廷也。即归志坚决，亦乞暂留一年，布置一切，章程待酌就大概，仍由挚公核定。”吴如纶还是“终不敢应”。但日暮归家后发现“中岛在寓久候，为张尚书劝驾，因允暂不坚辞”。此处的“中岛”应为日本人中岛裁之，1897年入保定莲池书院师从吴如纶习理学，同时担任吴氏子弟的外语教师，1901年中岛又与吴如纶及《老残游记》作者刘铁云等共创北京东文学社。中岛也确有面子，诸多中国官绅劝驾乃至尚书下跪都不允，但其劝说，吴的口气即松动。此间，如纶的学识颇受日人推崇，曾往“见日本内田公使，谓极倾慕，又在本国曾见吾儿云（吴独子间生1901年6月赴日留学）。”态度有所变化的吴如纶表示，当“视章程中总教习职事如何，内度材力能堪与否再议辞受”。这时，大学堂章程似成就职关键，但在3月2日，绍英等人传达张百熙命令，邀吴如纶同往讨论“章程”，吴却“坚辞不往”。吴如纶是以章程为说词来推托就职，还是真正在意章程，亦难说。吴如纶表示愿往日本“访询学堂规制”，称“虑学校初立，其法未能尽善也，日本用西法久，学制尤明备，自求赴日本考求之”。张百熙听后“甚以为喜”，以为吴有受职之意，慨然同意赴日考察，“惟不能遂辞教习”，就是要带职前往，但吴仍不松口，声称接任要从日本回来后“再议”。吴如纶曾宣称其不愿就职是有“十虑”，即顾虑能力不足，“京城大学堂为天下观法之地，必得中西兼通之儒乃台旨献服众望，汝纶万不敢当”；再是不通西学，“于西学则一无所知，何能胜总教习之任？”还有是刚刚辞却直隶总督袁世凯续聘保定校士馆（原莲池书院）监督一职，“本谓衰老思南归耳，今应大学堂之命，何以对袁公？”但实际上有更深层的人脉和政见上的原委，2月18日，即吴如纶“拟暂不言辞”的两天后，在给其子的家信中有不为旁人道的表露：“张虽见爱，其办事尚少阅历。我言衰老精神短，彼乃为我觅帮办，帮办不由我请，张自用人，岂能帮我。且两人同办一事，必至各执意见，或相忿争。世言督、抚同城，教、官同印，妻、妾同夫，皆成仇敌，故办事必一人为主，乃可成也。万一就之，学堂既不能有效，我将为中外唾骂。满学皆张公自用之人，而我以一老翁周旋其间，安能有所作为！目前彼以劾己于廷为词，即难过执己见，虽云俟章程出再议辞就，便恐竟不得辞，终受其累耳。我尝告张尚书，谓科举不废，学校不兴。张云：今虽孔、孟复生，亦不能废科举。吾又言执事用我一年，四、五月方开办，其高才必皆专意科举之事，直至十月榜后，不能着实程功。张言：科举用策论，与学堂固一条鞭也。张不惜倾身下士，但亦自为名耳，其主见固亦自是而不能虚心者也。又其出荣相（荣禄）之门，再与我相见，皆云荣相亦以请我为然。前与我言，将奏加三品卿衔，今赏加五品卿衔者，闻荣相谓初来不必过优。吾早已无意世荣，李文忠往年曾与孟绂臣等谋为奏加卿衔，吾闻之，极力恳辞，以为在官不求荐达，岂罢官之后，仍以区区加衔为荣，文忠乃止。若斤斤于三品、五品之间，真腐鼠之一下耳。然足见其人唯荣相之指麾也。李希圣秒才也，张尚书欲用之，荣相指为康党，遂止不敢用。张、李，湖南同乡也，然尚如此。”
吴如纶一味拒绝，张百熙已有不良观感，3月19日。“张尚书来谢东游之行，至归时不入学堂则仍未定议。据陈伯乎言，近日尚书似不坚执初意，然则面言固未便径露本意也”。29日，善耆请客，张百熙及大学堂同仁出席，吴如纶晚至，席间，张百熙告诉吴如纶其游访日本事可能有变化。吴出访事已定，张百熙故作此言，或是为表不满。5月23日，“胡梅轩来，告以张尚书已代备一切，惟请自定行期，吾告胡君拟挟二学徒往游，并携中岛同往”。6月8日晨，如纶至北京“火车站，学堂诸公均送行”，吴踏上东游日本的旅途，京师大学堂的人事更迭也告一段落。此一更迭转换饶有意致，不仅实现屏除西人干预的局面，而且初步开始了京师大学堂聘请外国教习和学习外国路径由西到东，即由欧美而日本的转变。1902年的人事纠葛是重要拐点，自此，西人在京师大学堂中的地位不再，转由日本教习担纲，日本文学博士服部宇之吉、法学博士岩谷孙藏及经济学教习杉荣三郎等30余名日本教习陆续受聘大学堂。由西到东，这并非京师大学堂独然，而是那个时代日本对华影响渐行渐大的趋势实录，是20世纪初叶西学东渐由日本转手的时代背景的表现。
三、结论
西方教士介入中国的新教育体制，主观原因是教育为一切改革的基础，是培养人的事业，教会也作“人”的事业，如能得人心，对福音传播有无尚益处，亦与基督教义的普世宗旨吻合。一些教会人士也想就此侧身中国政坛，取得客卿地位，以期对中国有更大影响，何况大学堂乃当时中国的最高学府和最高教育管理机构。“故为今日计，当视教习一项差使，实尤要于练兵、征税各差使”。客观原因为西方教士在新学领域有独到优势，他们是在华兴办新式学堂的前驱先路。近代型的高等教育为中国自古所无，近代学科谱系和专业分类均从西方移植，国人在这方面，缺乏既成经验和资源，只能相当程度上倚重西人。
但是，大学堂诞生之日，正是中国近代民族主义勃兴之时，传教士部分掌握中国国立大学的状况毕竟与此相悖。鉴于此，即便受传教士影响很深并曾任李提摩太中文秘书的梁启超对同文馆的洋教习有很不客气地评说：“半属无赖之工匠，不学之教士”，“国家岁废巨万之孥，而养无量数至粗极陋之西人”，正是“数十年变法之所以无效”的原因之一。同样鉴于此，戊戌年任命丁韪良时就与他“订明权限，非其所应办之事，概不与闻”。庚子后，民族主义的理念更盛，时论对受教者也多有检点，翰林院侍读学士恽毓鼎入奏：“同文馆之设所以广方言储译才也。前岁洋兵入京，此辈半为所用，稍知自好者，尚能不忘本来。其不肖者，遂乃依恃洋人鱼肉闾里，甚至凌侮朝官，目无法纪。国家岁糜巨款，培植多方，而所得人才乃至于此，殊堪痛恨”。这也是中方约束外人干预中国教育的一大张本，防止培养洋奴。
除民族主义的考量外，传教士被替代还有职业原因。教士的本职是传教，从事教育自来便不专业。故以教育专家替代非专业的教士，以专职更新兼差，是提高教育质素的必然举措。狄考文对此有预见，“凡事初创不得不假手于人，继而力能自为，仍复权归于己，往往然也。中国初设西堂，一面延聘西人使经理之教导之，一面即当选择国中聪颖之满汉子弟，如京师同文馆各官学，如外省方言实学储材各馆，不乏已通西文之学生。令其分赴各国，初习语言文字，继入分门之专学堂。速则四年、六年，缓亦不过十年、八年，必能学成回国，以充总办教习之选，岂终假手他人哉！”狄氏设身处地给中国高等教育的发展规划出大致路向，先借西方之才，然后派中国留学生，最后完成人才替代，实现教育主权完归。由于同样原因，张百熙任上，对中国留学生多有期盼，“当所选之留学生放洋时，百熙至京师前门东西站，躬送登车，勉以救国大业，盹诚恳挚，感人至深；故光绪三十三年丁未殁之日，生徒集祭，咸痛哭失声云。”