（6）审核纳税人采用“还本”方式销售商品房和以房产补偿给拆迁户时，是否按规定申报纳税。
（7）审核纳税人在销售不动产过程中收取的价外费用，如天然气初装费、有线电视初装费等收益，是否按规定申报纳税。
（8）审核将房地产抵债转让给其他单位和个人或被法院拍卖的房产，是否按规定申报纳税。
（9）审核纳税人转让在建项目是否按规定申报纳税。
（10）审核以房地产或土地作价入股投资或联营从事房地产开发，或者房地产开发企业以其建造的商品房进行投资或联营，是否按规定申报纳税。
（三）扣除项目的审核
税务师事务所应当审核纳税人申报的扣除项目是否符合《土地增值税暂行条例实施细则》第七条规定的范围。
1.扣除项目审核的内容
（1）取得土地使用权所支付的金额。
（2）房地产开发成本，包括土地征用及拆迁补偿费、前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、公共配套设施费、开发间接费用。
（3）房地产开发费用。
（4）与转让房地产有关的税金。
（5）国家规定的其他扣除项目。
2.扣除项目审核的基本程序和方法
（1）评价与扣除项目核算相关的内部控制是否存在、有效且一贯遵守。
（2）获取或编制扣除项目明细表，并与明细账、总账及有关申报表核对是否一致。
（3）审核相关合同、协议和项目预（概）算资料，并了解其执行情况，审核成本、费用支出项目。
（4）审核扣除项目的记录、归集是否正确，是否取得合法、有效的凭证，会计及税务处理是否正确，确认扣除项目的金额是否准确。
（5）实地查看、询问调查和核实。剔除不属于清算项目所发生的开发成本和费用。
（6）必要时，利用专家审核扣除项目。
3.审核各项扣除项目的合法性与正确性
（1）扣除项目能够直接认定的，审核是否取得合法、有效的凭证。
（2）扣除项目不能够直接认定的，审核当期扣除项目分配标准和口径是否一致，是否按照规定合理分摊。
（3）审核并确认房地产开发土地面积、建筑面积和可售面积，是否与权属证、房产证、预售证、房屋测绘所测量数据、销售记录、销售合同、有关主管部门的文件等载明的面积数据相一致，并确定各项扣除项目分摊所使用的分配标准。
如果上述性质相同的三类面积所获取的各项证据发生冲突、不能相互印证时，税务师事务所应当追加审核程序，并按照外部证据比内部证据更可靠的原则，确认适当的面积。
审核并确认扣除项目的具体金额时，应当考虑总成本、单位成本、可售面积、累计已售面积、累计已售分摊成本、未售分摊成本（存货）等因素。
4.取得土地使用权支付金额的审核
（1）审核取得土地使用权支付的金额是否获取合法有效的凭证，口径是否一致。
（2）如果同一土地有多个开发项目，审核取得土地使用权支付金额的分配比例和具体金额的计算是否正确。
（3）审核取得土地使用权支付金额是否含有关联方的费用。
（4）审核有无将期间费用记入取得土地使用权支付金额的情形。
（5）审核有无预提的取得土地使用权支付金额。
（6）比较、分析相同地段、相同期间、相同档次项目，判断其取得土地使用权支付金额是否存在明显异常。
5.土地征用及拆迁补偿费的审核
（1）审核征地费用、拆迁费用等实际支出与概预算是否存在明显异常。
（2）审核支付给个人的拆迁补偿款所需的拆迁（回迁）合同和签收花名册，并与相关账目核对。
（3）审核纳税人在由政府或者他人承担已征用和拆迁好的土地上进行开发的相关扣除项目，是否按税收规定扣除。
6.前期工程费的审核
（1）审核前期工程费的各项实际支出与概预算是否存在明显异常。
（2）审核纳税人是否虚列前期工程费，土地开发费用是否按税收规定扣除。
7.建筑安装工程费的审核
（1）出包方式。
重点审核完工决算成本与工程概预算成本是否存在明显异常。当二者差异较大时，应当追加下列审核程序，以获取充分、适当、真实的证据：
①从合同管理部门获取施工单位与开发商签订的施工合同，并与相关账目进行核对；
②实地查看项目工程情况，必要时，向建筑监理公司取证；
③审核纳税人是否存在利用关联方（尤其是各企业适用不同的征收方式、不同税率，不同时段享受税收优惠时）承包或分包工程，增加或减少建筑安装成本造价的情形。
（2）自营方式。
重点审核施工所发生的人工费、材料费、机械使用费、其他直接费和管理费支出是否取得合法有效的凭证，是否按规定进行会计处理和税务处理。
8.基础设施费和公共配套设施费的审核
（1）审核各项基础设施费和公共配套设施费用是否取得合法有效的凭证。
（2）如果有多个开发项目，基础设施费和公共配套设施费用是否分项目核算，是否将应记入其他项目的费用记入了清算项目。
（3）审核各项基础设施费和公共配套设施费用是否含有其他企业的费用。
（4）审核各项基础设施费和公共配套设施费用是否含有以明显不合理的金额开具的各类凭证。
（5）审核是否将期间费用计入基础设施费和公共配套设施费用。
（6）审核有无预提的基础设施费和公共配套设施费用。
（7）获取项目概预算资料，比较、分析概预算费用与实际费用是否存在明显异常。
（8）审核基础设施费和公共配套设施应负担各项开发成本是否已经按规定分摊。
（9）各项基础设施费和公共配套设施费的分摊和扣除是否符合有关税收规定。
9.开发间接费用的审核
（1）审核各项开发间接费用是否取得合法有效凭证。
（2）如果有多个开发项目，开发间接费用是否分项目核算，是否将应记入其他项目的费用记入了清算项目。
（3）审核各项开发间接费用是否含有其他企业的费用。
（4）审核各项开发间接费用是否含有以明显不合理的金额开具的各类凭证。
（5）审核是否将期间费用计入开发间接费用。
（6）审核有无预提的开发间接费用。
（7）审核纳税人的预提费用及为管理和组织经营活动而发生的管理费用，是否在本项目中予以剔除。
（8）在计算加计扣除项目基数时，审核是否剔除了已计入开发成本的借款费用。
10.房地产开发费用的审核
（1）审核应据实列支的财务费用是否取得合法有效的凭证，除据实列支的财务费用外的房地产开发费用是否按规定比例计算扣除。
（2）利息支出的审核。企业开发项目的利息支出不能够提供金融机构证明的，审核其利息支出是否按税收规定的比例计算扣除；开发项目的利息支出能够提供金融机构证明的，应按下列方法进行审核：
①审核各项利息费用是否取得合法有效的凭证；如果有多个开发项目，利息费用是否分项目核算，是否将应记入其他项目的利息费用记入了清算项目；
②审核各项借款合同，判断其相应条款是否符合有关规定；
③审核利息费用是否超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额。
11.与转让房地产有关的税金审核
与转让房地产有关的税金审核，应当确认与转让房地产有关的税金及附加扣除的范围是否符合税收有关规定，计算的扣除金额是否正确。
对于不属于清算范围或者不属于转让房地产时发生的税金及附加，或者按照预售收入（不包括已经结转销售收入部分）计算并缴纳的税金及附加，不应作为清算的扣除项目。
12.加计扣除项目的审核
（1）对取得土地（不论是生地还是熟地）使用权后，未进行任何形式的开发即转让的，审核是否按税收规定计算扣除项目金额，核实有无违反税收规定加计扣除的情形。
（2）对于取得土地使用权后，仅进行土地开发（如“三通一平”等），不建造房屋即转让土地使用权的，审核是否按税收规定计算扣除项目金额，是否按取得土地使用权时支付的地价款和开发土地的成本之和计算加计扣除。
（3）对于取得了房地产产权后，未进行任何实质性的改良或开发即再行转让的，审核是否按税收规定计算扣除项目金额，核实有无违反税收规定加计扣除的情形。
（4）对于县级以上人民政府要求房地产开发企业在售房时代收的各项费用，审核其代收费用是否计入房价并向购买方一并收取，核实有无将代收费用作为加计扣除的基数的情形。
对于纳税人成片受让土地使用权后，分期分批开发、转让房地产的，审核其扣除项目金额是否按主管税务机关确定的分摊方法计算分摊扣除。
（四）应纳税额的审核
税务师事务所应按照税法规定审核清算项目的收入总额、扣除项目的金额，并确认其增值额及适用税率，正确计算应缴税款。审核程序通常包括：
（1）审核清算项目的收入总额是否符合税收规定，计算是否正确。
（2）审核清算项目的扣除金额及其增值额是否符合税收规定，计算是否正确。
①如果企业有多个开发项目，审核收入与扣除项目金额是否属于同一项目；
②如果同一个项目既有普通住宅，又有非普通住宅，审核其收入额与扣除项目金额是否分开核算；
③对于同一清算项目，一段时间免税、一段时间征税的，应当特别关注收入的实现时间及其扣除项目的配比。
（3）审核增值额与扣除项目之比的计算是否正确，并确认土地增值税的适用税率。
（4）审核并确认清算项目当期土地增值税应纳税额及应补或应退税额。
（五）鉴证报告的出具
鉴证报告是指税务师事务所按照相关法律、法规、规章及其他有关规定，在实施必要的审核程序后，出具含有鉴证结论或鉴证意见的书面报告。
1.鉴证报告的基本内容
（1）标题。鉴证报告的标题应当统一规范为“土地增值税清算税款鉴证报告”。
（2）收件人。鉴证报告的收件人是指注册税务师按照业务约定书的要求致送鉴证报告的对象，一般是指鉴证业务的委托人。鉴证报告应当载明收件人的全称。
（3）引言段。鉴证报告的引言段应当表明委托人和受托人的责任，说明对委托事项已进行鉴证审核以及审核的原则和依据等。
（4）审核过程及实施情况。鉴证报告的审核过程及实施情况应当披露以下内容：
①简要评述与土地增值税清算有关的内部控制及其有效性；
②简要评述与土地增值税清算有关的各项内部证据和外部证据的相关性和可靠性；
③简要陈述对委托单位提供的会计资料及纳税资料等进行审核、验证、计算和进行职业推断的情况。
（5）鉴证结论或鉴证意见。注册税务师应当根据鉴证情况，提出鉴证结论或鉴证意见，并确认出具鉴证报告的种类。
（6）鉴证报告的要素还应当包括：税务师事务所所长和注册税务师签名或盖章；
载明税务师事务所的名称和地址，并加盖税务师事务所公章；注明报告日期；注明鉴证报告的使用人；附送与土地增值税清算税款鉴证相关的审核表及有关资料。
2.鉴证报告的类型
税务师事务所经过审核鉴证，应当根据鉴证情况，出具真实、合法的鉴证报告。鉴证报告分为以下四种：
（1）无保留意见的鉴证报告；
（2）保留意见的鉴证报告；
（3）无法表明意见的鉴证报告；
（4）否定意见的鉴证报告。
上述鉴证报告应当附有《企业基本情况和土地增值税清算税款申报审核事项说明及有关附表》。
3.无保留意见的鉴证报告
税务师事务所经过审核鉴证，确认涉税鉴证事项符合下列所有条件，应当出具无保留意见的鉴证报告：
（1）鉴证事项完全符合法定性标准，涉及的会计资料及纳税资料遵从了国家法律、法规及税收有关规定；
（2）注册税务师已经按本准则的规定实施了必要的审核程序，审核过程未受到限制；
（3）注册税务师获取了鉴证对象信息所需的充分、适当、真实的证据，完全可以确认土地增值税的具体纳税金额。
税务师事务所出具无保留意见的鉴证报告，可以作为办理土地增值税清算申报或审批事宜的依据。
4.保留意见的鉴证报告
税务师事务所经过审核鉴证，认为涉税鉴证事项总体上符合法定性标准，但还存在下列情形之一的，应当出具保留意见的鉴证报告：
（1）部分涉税事项因税收法律、法规及其具体政策规定或执行时间不够明确；
（2）经过咨询或询证，对鉴证事项所涉及的具体税收政策在理解上与税收执法人员存在分歧，需要提请税务机关裁定；
（3）部分涉税事项因审核范围受到限制，不能获取充分、适当、真实的证据，虽然影响较大，但不至于出具无法表明意见的鉴证报告。
税务师事务所应当对能够获取充分、适当、真实证据的部分涉税事项，确认其土地增值税的具体纳税金额，并对不能确认具体金额的保留事项予以说明，提请税务机关裁定。
税务师事务所出具的保留意见的鉴证报告，可以作为办理土地增值税清算申报或审批事宜的依据。
5.无法表明意见的鉴证报告
税务师事务所因审核范围受到限制，认为对企业土地增值税纳税申报可能产生的影响非常重大和广泛，以至于无法对土地增值税纳税申报发表意见，应当出具无法表明意见的鉴证报告。
税务师事务所出具的无法表明意见的鉴证报告，不能作为办理土地增值税清算申报或审批事宜的依据。
6.否定意见的鉴证报告
税务师事务所经过审核鉴证，发现涉税事项总体上没有遵从法定性标准，存在违反相关法律、法规或税收规定的情形，经与被审核单位的治理层、管理层沟通或磋商，在所有重大方面未能达成一致意见，不能真实、合法地反映鉴证结果的，应当出具否定意见的鉴证报告。
税务师事务所出具否定意见的鉴证报告，不能作为办理土地增值税清算申报或审批事宜的依据。
二、土地增值税的清算审核
（一）清算审核的方法
清算审核包括案头审核、实地审核。案头审核是指对纳税人报送的清算资料进行数据、逻辑审核，重点审核项目归集的一致性、数据计算准确性等。实地审核是指在案头审核的基础上，通过对房地产开发项目实地查验等方式，对纳税人申报情况的客观性、真实性、合理性进行审核。
清算审核时，应审核房地产开发项目是否以国家有关部门审批、备案的项目为单位进行清算；对于分期开发的项目，是否以分期项目为单位清算；对不同类型房地产是否分别计算增值额、增值率，缴纳土地增值税。
（二）对销售收入的审核
审核收入情况时，应结合销售发票、销售合同（含房管部门网上备案登记资料）、商品房销售（预售）许可证、房产销售分户明细表及其他有关资料，重点审核销售明细表、房地产销售面积与项目可售面积的数据关联性，以核实计税收入；对销售合同所载商品房面积与有关部门实际测量面积不一致，而发生补、退房款的收入调整情况进行审核；对销售价格进行评估，审核有无价格明显偏低情况。