母种菌种生产过程中应注意以下事项：
（1）认真编制菌种生产计划，母种在试管中长满后可以在冰箱中保存一定的时间，但原种或栽培种长满菌种瓶后，保存时间很短，一旦菌丝长好后应尽快投入使用。
（2）投入生产的菌种，不论是自己分离的还是外地引进的新菌种，均应经过出菇鉴定，全面考察生产性状、遗传性状和经济性状后，方能用于生产。菌种选择不慎，将会对生产造成不可估量的损失。
（3）已经选定的优良菌种，在保藏过程中要避免过多转管。移填时所造成的机械损伤及培养基变化所造成的不良影响，都会降低菌丝的生活力。一般认为，保藏的母种经过3～4代传接，就必须采用分离的方法进行复壮。
（4）母种培养时，常会遭杂菌污染。如果杂菌已将目的菌种的大部分包围了，就无法挽救。如果污染少量青霉、黄曲霉等真菌，只要母种菌丝与这些杂菌没有相连，或尚有一部分菌丝没有相连，并且这些杂菌的菌丝还没有产生孢子时，可以用无菌操作的方法仔细挑取没有与杂菌相连的菌丝，移接到另外的试管中继续培养，就能得到纯正的母种。如果污染少量细菌，可根据细菌只发生在培养基的表面，用无菌操作的方法在培养基底部挑取一小块带有菌丝的培养基，或许还可以培养出纯正的母种来。
这两个办法都是不得已而为之，其实最好的办法是在母种制作时，尽量多接一些试管，扣除一定的污染率，才能保证成功。