菌种的选择对白灵菇栽培成败十分重要。不同菌株具有不同丰产性能，应选择产量高、商品性能高的优良菌种。鉴定菌种质量的好坏，目前还没有准确的方法，主要靠外观鉴定。一看长势，二看纯度，三看菌龄。
优良菌种菌丝致密洁白，上下均匀，无菌丝间断，表面菌丝旺盛。如果有基质干缩，料壁脱离，颜色发暗等现象，说明菌种老化；如使用老化菌种，则活力下降，不仅生长慢，产量低，而且抗逆性差，极易染杂。纯度主要看无红、黄、绿、黑等杂色斑点，菌丝上下一体，无抑制线，若壁周出现各色条纹、斑点，表明菌种不纯，不能用于生产。菌丝的菌龄主要看菌丝无发黄萎缩老化现象，培养基无收缩脱离瓶壁，无分泌黄色液的滞留和积聚等。