翻袋的作用，一是检查菌袋发菌情况、有无漏接菌种及是否出现杂菌污染等，发现上述情况时，要及时进行处理，避免拖延时间，造成损失。二是调换菌袋的位置，使菌袋发菌均匀一致，据观察，在堆垛中上、中、下3个位置温度差别较大，一般规律为中间高上下低，如果不翻袋，上、中、下各层的菌袋发菌不齐，不便管理。
翻袋在发菌期间是重要的管理措施之一，一定要引起重视，定期翻袋，发现问题，及时处理。发现漏接菌种的要补接；发现杂菌的，在早期只是一个小的斑块，用75％的酒精或福尔马林局部注射，将杂菌斑覆盖，用手在上面揉一下，即可杀死杂菌。注射药液的针孔，用胶布贴上密封，以免再感染。
当菌袋菌丝布满菌袋两端料面时进行第一次翻袋，将中间上下、左右位置的菌袋互调，注意翻袋时不要改变菌袋的放置方向，这样有利于菌丝的生长。第一次翻袋后每隔7～10天再翻袋一次。
翻袋间隔时间和翻袋次数，要根据气温高低和菌丝生长情况而定，当菌丝大量繁殖时或气温高的情况下应勤翻多翻，当气温低时少翻。