元朝灭亡后，明王朝建立，科举制进入了它的鼎盛时期。发展至清朝，形成一个层次、等级、条规名目繁多，且苛刻严格的体系。明洪武十七年（1384年），颁布《科举成式》，基本制定了明代以后二百五十多年的科举成文法规。清兵于顺治元年（1644年）入关，顺治三年（1646年）举行首届科举，大体照搬明代成例。此后二百五十多年间也无大的变化，明、清科举一脉相承，延续达五百多年。
（一）科举制度的鼎盛
明、清两代进一步地完善和发展了科举制度，使其高度定型化、程式化，最终达到鼎盛时期，并且完全成为取士之正途。宋代确立了三级科举考试制度，而明、清科举考试有童试、院试、乡试、会试、殿试等五级。
1.明、清时期的童试、院试、乡试、会试、殿试
童试：它是明、清两代最初级的地方县、府考试，也叫小考或小试。它是取得生员资格的入学考试，也可以看做是科举前的预备性考试。包括县、府两次考试，县试多在二月举行，府试多在四月份举行，通过者称为童生（凡未取得秀才资格的，不论年长年幼一律称童生）。但很多读书人，像《儒林外史》所描绘的周进、范进一样，考到须发皆白仍是一介童生，因为他们一直通不过竞争更激烈的“院试”。
院试：是国家科举考试的最初一级，在府城或直属省的州治所举行。院试之制正式确立是在明英宗正统元年（1436年）。当时，朝廷专设负责省级考选和教育的官员“提调学校官”。该职在南京、北京两京称为“学院”，因而称学院主持的考试为“院试”，并推及各省。各省主持学政的称“提学道”，简称“学道”，后统称学政、学台、宗师，任期为三年。在任期间要依次到所管辖的各府、直隶州主持院试。学政亲临考场，叫做“案临”。《儒林外史》中常有“某年宗师案临”之说，就是指学政主持院试。
院试包括岁试和科试两种考试。岁试的基本任务有二：一是从童生中选出秀才，二是对原有的生员（即秀才）进行甄别考试，按照成绩优劣分别给予奖惩。《儒林外史》第三回说周学道“先考了两场生员。第三场是南海、番禺两县童生”。这前两场便是甄别秀才的考试，后一场则是从童生中考取秀才。童生通过岁试，录取后称为生员（第一名叫案首），俗称秀才或相公。只要考取生员，就算是“进学”了，即成为国家的学生，同时脱离平民阶层，成为“士”了。清顺治九年（1652年）发布的“训士规条”规定，生员享受免丁粮（免役税）、食廪（国家供给衣食）、政治司法特权（官员对生员要以礼相待，生员见官不必下跪，生员犯法地方官须先报才能处理，不得像对一般百姓一样施用刑罚）。这三大特权是很吸引人的。因此，一般的人家无不竭力培养子弟读书，不求中举人、进士，至少也指望家门出个秀才。《儒林外史》第三回写到范进中秀才以后，他的老丈人胡屠户吩咐他说：“你如今中了相公，凡事要立起个体统来……若是家门口这些做田的，扒粪的，不过是平头百姓。你若同他们拱手作揖、平起平坐，就是坏了学校规矩，连我脸上都无光了。”
乡试：又称为“大比”，是在两京（南京和北京）及各省省城举行的考试。每三年一次，逢子、午、卯、酉年举行，又叫“乡闱”。考期多在秋季八月，所以又称“秋闱”。凡本省科举生员与监生均可应考。乡试的正副主考官一般由皇帝任命在京的翰林及进士出身的部院官充任。考试分三场，分别在八月初九日、十二日和十五日。考试有正规的考场，叫做贡院。贡院内建有一排排的号房，为考生住宿、答题之所。
乡试考中的称举人，俗称孝廉，第一名称解元，第二名至第十名称亚元。唐寅乡试第一，故称唐解元。乡试榜，明、清时称为“乙榜”，也称“乙科”，同时乡试发榜之时在九月，正值桂花飘香，所以又称乡试榜为“桂榜”。考中了举人，不仅可以参加全国性的会试，就是会试未能取中，也具备了做官的资格。可以说乡试是明、清两代士子参加科举最重要的也是最艰巨的一关。在清朝，除了按正常规制举行的乡试外，每逢遇到皇帝万寿（生日）、登基等庆典时，还额外有加科乡试，叫做恩科。
明、清乡试录取举人名额均由中央规定下达，各省按人口、物产、财赋多少分别为数十名到一百数十名不等，全国录取总额为1000—1300人。清代人口大大超过明代，但录取名额只略超过明代。
会试：是由礼部主持的全国考试，又称“礼闱”。在乡试的第二年（即丑、辰、未、戌年）的二月举行，故又称“春闱”。地点在京城的贡院。会试也分三场，分别在二月初九、十二、十五日举行。由于会试是较高一级的考试，因此主副考以及提调等官，都由较高级的官员担任。在明朝主考官多以翰林官充当，明末又多以内阁大学士担任。清朝时称主考官为大总裁，由内阁大学士或六部尚书充任。
会试被录取的人，称为贡士，俗称出贡，别称明经，第一名叫会元。会试发榜时，往往正值杏花开放，所以又称为“杏榜”。清朝新录取的贡士，在殿试之前，往往还需进行一次复试。复试结果，按成绩分为一、二、三等，这个等级对于以后授予官职有重要关系。
会试发榜后，皇帝赐“恩荣宴”于礼部，招待新贡士及诸位考官。明、清会试“正榜”以外一般还有“副榜”，录入副榜的举人虽不算贡士，但可被授予学校教官或其他较低级官职，或吸收入国子监为“监生”，获得国家一定的俸禄，而监生也不一定真的留在京师学习。
殿试：这是明、清科举的最后一级考试。明代殿试考场设在奏大殿或文华殿。清初在天安门外，后来改在太和殿的东西石阶下。乾隆以后改在保和殿。殿试的时间，明初规定是在会试当年的三月初一，从明宪宗成化八年（1472年）起，改为三月十五日。乾隆以后，殿试大都固定在四月二十一日举行。
殿试名义上由皇帝亲自主持。此外还要任命阅卷大臣、读卷大臣，协助皇帝评阅试卷。明、清两朝都只考策问一场。殿试结束后，次日读卷，第三日放榜。
明、清殿试结果亦按宋朝之制，一律不黜落，只排名次。录取分三甲：一甲三名，赐进士及第，第一名称状元、鼎元，第二名称榜眼，第三名称探花，合称三鼎甲。二甲赐进士出身，三甲赐同进士出身。二、三甲第一名皆称传胪。一、二、三甲通称进士。进士榜称“甲榜”，或称“甲科”。进士榜用黄纸书写，故叫黄甲，也称金榜，中进士称金榜题名。
此后，进入封官任用阶段。一甲的三名进士在殿试后立即授官职。一般是状元授翰林院修撰，榜眼、探花授翰林院编修。其余进士往往还要进行一次考试，清朝称为“馆选”或“朝考”，然后结合殿试名次，分别授予官职，优者也可进入翰林院。明代入翰林院的进士任“庶吉士”（即处理日常政务之官）。自明朝英宗起，逐渐形成“非进士不入翰林，非翰林不入内阁”的惯例。明代宰辅大臣一百七十余人，翰林庶吉士出身者占十分之九。清承明制，亦特重翰林，甚至连他们谒见交往用的名片字都写得特别大。明、清两代凡是通过乙榜中举人，再通过甲榜中进士而做官的人，叫做“两榜出身”或“科甲出身”。是最正牌、最响亮的资格；如果单是举人出身，虽也能候选授官，但品级既低，候选亦难。
2.贡生和监生
明、清以前，学校只是为科举输送考生的途径之一。而明、清两代都实行“科举必由学校”之制。参加科考的士人，必须是官办学校的生员；地方学校的优秀生员，可被选送到京师国子监读书，称为贡生。国子监生员可直接选授官职。特别是明初，国子监生员作为官员来源，其人数甚至一度超过科举，但随着科举制度的发展，监生直接做官的机会越来越少，国子监也渐渐跟各地方学校一样，成为科举预备场所。国子监生员也要通过会试取得进士身份，才可望有大的政治前途。但终明、清之世，监生一直有被选授官职的可能。所以，一般生员入国子监的积极性很高，明、清时被选入国子监的生员主要有以下几种：
岁贡：地方学校按年向国子监“贡送”数名生员。开始数量不定，明孝宗（1488—1505）、世宗（1522—1566）时规定县学每年贡送一人，府学每年贡送两人，州学每两年贡送三人，以后遂为定制。清初沿用明制。行之既久，地方学校常将生员论资排辈按年贡出，俗称“挨贡”，实际上是对那些久不中举人的老资格生员的照顾。“挨贡”一般至少要十年。
选贡：由于岁贡论资排辈，许多有才华的生员都不能及时被选，于是明孝宗时又在岁贡之外另行考选学行兼优、年富力强、累试优等的生员，这种选拔称为“选贡”。
优贡：清代时设置，相当于明代的选贡。每三年一次，由学政从生员中考选优秀的人入国子监学习，称为优员。但学政考取后，还要到京城进行廷试，合格后方予认可。
副贡：在各省乡试中未能考中举人但成绩较优异者，另录入“副榜”。选取副榜生员入贡国子监，称“副贡”。
恩贡：国家遇有庆典或皇帝登基、诞辰时增加名额，称为“恩贡”。
明、清时代入国子监学习的，通称监生。监生大体有以下几种：以举人身份入国子监读书的称为“举监”，生员入国子监读书的称贡监，官僚子弟入监的称荫监，捐资入监的称例监。皇帝恩赐入监的称为“恩监”，多为文武官员为国死难者的子弟。
3.鹿鸣宴、琼林宴
明、清科举中，乡试中举者，省总督、巡抚要礼请他们赴“鹿鸣宴”。会试、殿试后，礼部要礼请全部中试进士赴“琼林宴”。所谓“鹿鸣宴”，始于唐代，当时乡贡考试后，州县长官要宴请中举者，宴会上要歌《诗·小雅·鹿鸣》，因而得名。明、清时期也沿用之，歌《鹿鸣》，跳魁星舞。起初菜肴丰盛，后渐至只有清酒一杯，徒具形式而已。
“琼林宴”源于宋代，宋徽宗政和二年（1112年）前，每科新进士都要被邀请到琼林苑（汴京城西的名苑）赴宴，元代以后虽不再在琼林苑设宴，但一直习惯地把宴请新科进士之宴称为“琼林宴”。
4.连中三元、进士题名碑
中国古代科举考试中乡试中解元，会试中会元，殿试中状元，一身兼有解元、会元、状元的，称为“连中三元”。这是人生金榜题名中的最高境界，是每一位读书人的梦想，但这种机遇太少了。明、清两代一共产生过二百位状元，明代八十八位，清代一百一十二位，仅有三位是“连中三元”的幸运儿。他们是：明正统十年（1445年）乙丑科状元商辂，浙江淳安人。清乾隆四十六年（1781年）辛丑科状元钱棨，江南（江苏）人。清嘉庆二十五年（1820年）庚辰科状元陈继吕也是连中三元。