木薯植株体内含有氰苷，味苦，能溶于水。在常温下，氰苷经酶的作用可以水解并生成氢氰酸。氢氰酸为剧毒物质，除木薯外，龙瓜豆、亚麻、三尖草等植物也含有氢氰酸。
木薯植株体内氢氰酸含量的多少，因品种、气候和土壤条件而异。一般来讲，甜种木薯氢氰酸含量较少，苦种木薯则含量较多。
鲜木薯植株全株都含有氢氰酸，其中地上部分的茎、叶氢氰酸含量约占全株氢氰酸含量的30%，地下部分的根部及块根氢氰酸含量占全株的70%。根部以块根含氢氰酸为最多，块根氢氰酸含量占全株氢氰酸含量的一半以上。在块根中，氢氰酸主要集中在皮层部分。
食用木薯时，根据氢氰酸集中分布在皮层，且能溶于水，以及加热挥发的特点，可采用浸水或加热等方法加以去除。
对于苦种木薯，去除木薯氢氰酸可采用生薯浸水法或干片浸水法。生薯浸水法，即将刚收获的鲜木薯刮去周皮，以去除大部分毒素，再切成薄片，泡在流动的水中（或在静水中，每天换水两次）浸渍三昼夜，便可食用；干片浸水法，即在木薯收获时刮去周皮切片晒干，煮食前浸水一昼夜，需换水两次，再煮熟食用无妨。
对于甜种木薯，脱除氢氰酸只要去除周皮，漂洗一次，即可煮熟食用。总之，通过适当处理的木薯，食用时是完全安全的。
在生产淀粉的过程中，以水为介质，经清洗、碎解、浸渍、筛分、分离、脱水、干燥、风冷等工序，都在水与热状态中进行，因此淀粉、薯渣、蛋白粉成品所含的氢氰酸甚微，对人体已无毒害。