木薯淀粉加工工艺与甘薯淀粉加工工艺基本相同，其过程是：水洗→剥皮→洗涤→切断→磨碎→筛分→流槽分离→粗粉→精制→干燥→成品淀粉。
木薯的清洗必须彻底，所有细微污物都应洗净，因为木薯淀粉颗粒的旁边有一凹处，污物易附于淀粉颗粒凹处，在以后水洗时不易除掉，影响淀粉的色泽和品质。
也可以采取其他变性方法，例如将天然木薯淀粉放进蒸汽中处理，淀粉在被加热过程中，也吸收了大量水分。含有100%相对湿度的洗净的木薯，在破碎前应该剥皮，因为木薯的皮层含有有毒物质——氰化物。木薯汁中的一种酶作用于氰化物则生成氢氰酸，遇铁生成蓝色的普鲁士蓝，影响淀粉的色泽。所以在生产木薯淀粉时，应避免使用铁制设备，而且必须除去木薯的内外皮，以防止淀粉着色，保证淀粉质量。
将去皮后的木薯，再用清水洗涤，切成块，然后送入锤碎机进行磨碎，为了使木薯块根得到充分磨碎，可以采用二次磨碎处理。在磨碎过程中，不断加水，磨碎的薯糊用离心筛或平摇筛分离粉渣，并用流槽分离蛋白质、可溶性糖类等杂质，得到粗制淀粉。
经过流槽处理后的淀粉乳再加入0.3％的氢氧化钠溶液处理，最后用水洗净或在粗淀粉中加入硫酸、亚硫酸或硫酸铝等化学品，进行精制。淀粉乳经精制后，除去相应的杂质，然后进行清洗、脱水、干燥，即可得成品淀粉。